Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ggtcagtcacttggtcctgattatttgatgattatagtagttatcactcaagttcttatattgattattttttgttcggttattttgctattgtgcaGAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTATGATGAGTTAGCCTTGAAAAAGGCCGTTGCAAATCAGCCCGTGAGCGTT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G35720.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|17964286|gb|BM271023.1|BM271023
EST:     GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAG                         GAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
genomic: GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAGggtcagtcac ... ctattgtgcaGAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
EST: gi|7691191|gb|AW759323.1|AW759323
EST:     GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAG                         GAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
genomic: GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAGggtcagtcac ... ctattgtgcaGAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
EST: gi|254334234|gb|GR849152.1|GR849152
EST:     GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAG                         GAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
genomic: GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAGggtcagtcac ... ctattgtgcaGAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
EST: gi|254328813|gb|GR833185.1|GR833185
EST:     GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAG                         GAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
genomic: GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAGggtcagtcac ... ctattgtgcaGAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
EST: gi|6134132|gb|AW132525.1|AW132525
EST:     GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAG                         GAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
genomic: GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAGggtcagtcac ... ctattgtgcaGAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
EST: gi|209728995|gb|BW655025.1|BW655025
EST:     GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAG                         GAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
genomic: GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAGggtcagtcac ... ctattgtgcaGAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
EST: gi|27427369|gb|CA938889.1|CA938889
EST:     GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAG                         GAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
genomic: GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAGggtcagtcac ... ctattgtgcaGAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
EST: gi|209705144|gb|BW653353.1|BW653353
EST:     GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAG                         GAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
genomic: GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAGggtcagtcac ... ctattgtgcaGAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
EST: gi|13311593|gb|BG405244.1|BG405244
EST:     GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAG                         GAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
genomic: GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAGggtcagtcac ... ctattgtgcaGAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
EST: gi|120494577|gb|EH222744.1|EH222744
EST:     GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAG                         GAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
genomic: GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAGggtcagtcac ... ctattgtgcaGAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
EST: gi|7796732|gb|AW782126.1|AW782126
EST:     GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAG                         GAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
genomic: GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAGggtcagtcac ... ctattgtgcaGAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
EST: gi|15000556|gb|BI321370.1|BI321370
EST:     ATGAGGATTTCTCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAG                         GAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
genomic: ATGAGGATTAC-CCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAGggtcagtcac ... ctattgtgcaGAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
EST: gi|27427104|gb|CA938624.1|CA938624
EST:     GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAG                         GAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAA
genomic: GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAGggtcagtcac ... ctattgtgcaGAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAA
EST: gi|10235249|gb|BE804086.1|BE804086
EST:     GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAG                         GAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
genomic: GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAGggtcagtcac ... ctattgtgcaGAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
EST: gi|254324088|gb|GR840513.1|GR840513
EST:     GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAG                         GAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
genomic: GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAGggtcagtcac ... ctattgtgcaGAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
EST: gi|254333593|gb|GR848511.1|GR848511
EST:     GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAG                         GAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
genomic: GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAGggtcagtcac ... ctattgtgcaGAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
EST: gi|17519808|gb|BM188850.1|BM188850
EST:     GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAG                         GAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
genomic: GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAGggtcagtcac ... ctattgtgcaGAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
EST: gi|151399187|gb|EV269058.1|EV269058
EST:     GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAG                         GAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
genomic: GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAGggtcagtcac ... ctattgtgcaGAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
EST: gi|19934759|gb|BQ079789.1|BQ079789
EST:     GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAG                         GAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
genomic: GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAGggtcagtcac ... ctattgtgcaGAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
EST: gi|11274192|gb|BF324560.1|BF324560
EST:     ATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTAGATGGTAGATGCGACACATATATG                         GAAAA-TGCTAAAGGTCGTT-CTATTGATGACTACCAAGATGTTGCTGTC
genomic: ATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATA-Gggtcagtcac ... ctattgtgcaGAAAAATGCTAAAG-TCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCC
EST: gi|17153062|gb|BM142995.1|BM142995
EST:     GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAG                         GAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
genomic: GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAGggtcagtcac ... ctattgtgcaGAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
EST: gi|20449653|gb|BQ253777.1|BQ253777
EST:     GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAG                         GAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
genomic: GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAGggtcagtcac ... ctattgtgcaGAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
EST: gi|298185537|gb|HO030750.1|HO030750
EST:     GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACGCATATAG                         GAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
genomic: GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAGggtcagtcac ... ctattgtgcaGAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
EST: gi|9986653|gb|BE660761.1|BE660761
EST:     GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAG                         GAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACCAAGATGTTCCTGCCTA
genomic: GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAGggtcagtcac ... ctattgtgcaGAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
EST: gi|15201513|gb|BI424911.1|BI424911
EST:     GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAG                         GAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
genomic: GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAGggtcagtcac ... ctattgtgcaGAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
EST: gi|19348120|gb|BM892652.1|BM892652
EST:     GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAG                         GAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
genomic: GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAGggtcagtcac ... ctattgtgcaGAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
EST: gi|16995696|gb|BM085068.1|BM085068
EST:     GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAG                         GAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
genomic: GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAGggtcagtcac ... ctattgtgcaGAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
EST: gi|16996010|gb|BM085382.1|BM085382
EST:     GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAG                         GAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
genomic: GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAGggtcagtcac ... ctattgtgcaGAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
EST: gi|19452660|gb|BM954070.1|BM954070
EST:     TGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAG                         GAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
genomic: TGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAGggtcagtcac ... ctattgtgcaGAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
EST: gi|120494943|gb|EH223110.1|EH223110
EST:     GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAG                         GAAAAATGCTAAAGTCG
genomic: GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAGggtcagtcac ... ctattgtgcaGAAAAATGCTAAAGTCG
EST: gi|10845827|gb|BF068869.1|BF068869
EST:     GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAG                         GAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
genomic: GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAGggtcagtcac ... ctattgtgcaGAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
EST: gi|15815733|gb|BI788008.1|BI788008
EST:     GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAG                         GAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
genomic: GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAGggtcagtcac ... ctattgtgcaGAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
EST: gi|19934762|gb|BQ079792.1|BQ079792
EST:     GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAG                         GAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA
genomic: GATGAGGATTACCCATACCGTGGTGTTGATGGTAGATGCGACACATATAGggtcagtcac ... ctattgtgcaGAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atcactcaagttcttatattgattattttttgttcggttattttgctattgtgcaGAAAAATGCTAAAGTCGTTTCTATTGATGACTACGAAGATGTTCCTGCCTATGATGAGTTAGCCTTGAAAAAGGCCGTTGCAAATCAGCCCGTGAGCGTT
                tattgat  putative branch site (score: 3)
                                        ttttgct  putative PPT
       aagttcttatattgat  TA-rich tract