1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...tttctttcgttgataataagaataataatttaatcgttcccaggagatgggggttttgtttattaataattttcttagatttgacaagtgtttgtgacagGTGAGGGAATTGGAAACGGATCCGCTGTTCAATTCGGGCCGTGGATCTGCCCTGACAGAAAAAGGAACGGTGGAGATGGAGGCTAGCATCATGGATGGTC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA17G35650.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCTCTGCTCTAAATTCTAATCTTCCCGCCATAGATGTCGTTGAACTTGTG GTGAGGGAATTGGAAACGGATCCGCTGTTCAATTCGGGCCGTGGATCTGCCEST: gi|10846578|gb|BF069419.1|BF069419
genomic: TCTCTGCTCTAAATTCTAATCTTCCCGCCATAGATGTCGTTGAACTTGTGgtaatctcat ... tttgtgacagGTGAGGGAATTGGAAACGGATCCGCTGTTCAATTCGGGCCGTGGATCTGCC
EST: TCTCTGCTCTAAATTCTAATCTTCCCGCCATAGATGTCGTCGAACTTGTG GTGAGGGAATTGGAAACGGATCCGCTGTTCAATTCGGGCCGTGGATCTGCCEST: gi|9986744|gb|BE660852.1|BE660852
genomic: TCTCTGCTCTAAATTCTAATCTTCCCGCCATAGATGTCGTTGAACTTGTGgtaatctcat ... tttgtgacagGTGAGGGAATTGGAAACGGATCCGCTGTTCAATTCGGGCCGTGGATCTGCC
EST: TCTCTGCTCTAAATTCTAATCTTCCCGCCATAGATGTCGTTGAACTTGTG GTGAGGGAATTGGAAACGGATCCGCTGTTCAATTCGGGCCGTGGATCTGCCEST: gi|105633504|gb|DW246867.1|DW246867
genomic: TCTCTGCTCTAAATTCTAATCTTCCCGCCATAGATGTCGTTGAACTTGTGgtaatctcat ... tttgtgacagGTGAGGGAATTGGAAACGGATCCGCTGTTCAATTCGGGCCGTGGATCTGCC
EST: TCTCTGCTCTAAATTCTAATCTTCCCGCCATAGATGTCGTCGAACTTGTG GTGAGGGAATTGGAAACGGATCCGCTGTTCAATTCGGGCCGTGGATCTGCCEST: gi|16105208|gb|BI892948.1|BI892948
genomic: TCTCTGCTCTAAATTCTAATCTTCCCGCCATAGATGTCGTTGAACTTGTGgtaatctcat ... tttgtgacagGTGAGGGAATTGGAAACGGATCCGCTGTTCAATTCGGGCCGTGGATCTGCC
EST: TCTCTGCTCTAAATTCTAATCTTCCCGCCATAGATGTCTTTGATCTTGTG GTGAGGGAATTGGAAACGGATCCGCTGTTCAATTCGGGCCGTGGATCTGCCEST: gi|208340690|gb|GE133626.1|GE133626
genomic: TCTCTGCTCTAAATTCTAATCTTCCCGCCATAGATGTCGTTGAACTTGTGgtaatctcat ... tttgtgacagGTGAGGGAATTGGAAACGGATCCGCTGTTCAATTCGGGCCGTGGATCTGCC
EST: TCTCTGCTCTAAATTCTAATCTTCCCGCCATAGATGTCGTTGAACTTGTG GTGAGGGAATTGGAAACGGATCCGCTGTTCAATTCGGGCCGTGGATCTGCC
genomic: TCTCTGCTCTAAATTCTAATCTTCCCGCCATAGATGTCGTTGAACTTGTGgtaatctcat ... tttgtgacagGTGAGGGAATTGGAAACGGATCCGCTGTTCAATTCGGGCCGTGGATCTGCC
gatgggggttttgtttattaataattttcttagatttgacaagtgtttgtgacagGTGAGGGAATTGGAAACGGATCCGCTGTTCAATTCGGGCCGTGGATCTGCCCTGACAGAAAAAGGAACGGTGGAGATGGAGGCTAGCATCATGGATGGTC
ttttgtttattaataa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tttctttcgttgataataagaataataatttaatcgttcccaggagatgggggttttgtttattaataattttcttagatttgacaagtgtttgtgacagGTGAGGGAATTGGAAACGGATCCGCTGTTCAATTCGGGCCGTGGATCTGCCCTGACAGAAAAAGGAACGGTGGAGATGGAGGCTAGCATCATGGATGGTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - -aagaataa
- - - - - - - - - - - - - - - - - cgttccc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gggggtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgacaag