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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TATGCAAACTGTGCAACGGGAACGCCACCATATCTTGGTCCCCAATGTTCGACCCTATTGCAGTTAACCCCTGCGTTTGTCCTACTTGCGAAGGTAACAGgttaggctccgtttcactcttcttcatgctatgcctggtttgatattcgatgcgaattttgagtatgtatgcttgctgatgttgggttagaggataactg...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G12640.2
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209717809|gb|BW668946.1|BW668946
EST:     GACCCTATTGCAGTTAACCCCTGCGTTTGTCCTACTTGCGAAGGTAACAG                         AGTTCAACGCTGTTTGAACTGTCTTGGAAAAGGCTATGATTGACCTATTAT
genomic: GACCCTATTGCAGTTAACCCCTGCGTTTGTCCTACTTGCGAAGGTAACAGgttaggctcc ... ggttgtgcagAGTTCAACGCTGTTTGAACTGTCTTGGAAAAGGCTATGATTGACCTATTAT
EST: gi|209717808|gb|BW668945.1|BW668945
EST:     GACCCTATTGCAGTTAACCCCTGCGTTTGTCCTACTTGCGAAGGTAACAG                         AGTTCAACGCTGTTTGAACTGTCTTGGAAAAGGCTATGATTGACCTATTAT
genomic: GACCCTATTGCAGTTAACCCCTGCGTTTGTCCTACTTGCGAAGGTAACAGgttaggctcc ... ggttgtgcagAGTTCAACGCTGTTTGAACTGTCTTGGAAAAGGCTATGATTGACCTATTAT
EST: gi|31561872|gb|CD487710.1|CD487710
EST:     GACCCTATTGCAGTTAACCCCTGCGTTTGTCCTACTTGCGAAGGTAACAG                         AGTTCAACGCTGTTTGAACTGTCTTGGAAAAGGCTATGATTGACCTATTAT
genomic: GACCCTATTGCAGTTAACCCCTGCGTTTGTCCTACTTGCGAAGGTAACAGgttaggctcc ... ggttgtgcagAGTTCAACGCTGTTTGAACTGTCTTGGAAAAGGCTATGATTGACCTATTAT
EST: gi|58024486|gb|CX711227.1|CX711227
EST:     GACCCTATTGCAGTTAACCCCTGCGTTTGTCCTACTTGCGAAGGTAACAG                         AGTTCAACGCTGTTTGAACTGTCTTGGAAAAGGCTATGATTGACCTATTAT
genomic: GACCCTATTGCAGTTAACCCCTGCGTTTGTCCTACTTGCGAAGGTAACAGgttaggctcc ... ggttgtgcagAGTTCAACGCTGTTTGAACTGTCTTGGAAAAGGCTATGATTGACCTATTAT
EST: gi|193319771|gb|FK285194.1|FK285194
EST:     GACCCTATTGCAGTTAACCCCTGCGTTTGTCCTACTTGCGAAGGTAACAG                         AGTTCAACGCTGTT
genomic: GACCCTATTGCAGTTAACCCCTGCGTTTGTCCTACTTGCGAAGGTAACAGgttaggctcc ... ggttgtgcagAGTTCAACGCTGTT
EST: gi|298172604|gb|HO019644.1|HO019644
EST:     GACCCTATTGCAGTTAACCCCTGCGTTTGTCCTACTTGCGAAGGTAACAG                         AGTTCAACGCTGTTTGAACTGTCTTGGAAAAGGCTATGATTGACCTATTAT
genomic: GACCCTATTGCAGTTAACCCCTGCGTTTGTCCTACTTGCGAAGGTAACAGgttaggctcc ... ggttgtgcagAGTTCAACGCTGTTTGAACTGTCTTGGAAAAGGCTATGATTGACCTATTAT
EST: gi|193336802|gb|FK304540.1|FK304540
EST:     GACCCTATTGCAGTTAACCCCTGCGTTTGTCCTACTTGCGAAGGTAACAG                         AGTTCAACGCTGTTTGAACTGTCTTGGAAAAGGCTATGATTGACCTATTAT
genomic: GACCCTATTGCAGTTAACCCCTGCGTTTGTCCTACTTGCGAAGGTAACAGgttaggctcc ... ggttgtgcagAGTTCAACGCTGTTTGAACTGTCTTGGAAAAGGCTATGATTGACCTATTAT