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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgcactttgttgtttcatttatgatttgcctgtaggcagtagctaccaaatgccagcaatattatttactatcacatctctctctttatgtctatatatatatatatatattattgaacatgtattctgagcatttggtttgtttgcagGATGCTATTGAGAAGCTTTTAATCTGAAAAATTCATAATCGGTATGATAAATTCATAATCGATATGATGGGCTTCTTGAGTCGTGGCAATTGCTCCTTCT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G12430.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298182539|gb|HO031274.1|HO031274
EST:     TGACAACTAATGAAGGGAGTCAATTGAAATCTCAAATTCAGCAACTAAAG                         GATGCTATTGAGAAGCTTTTAATCTGAAAAATTCATAATCGGTATGATAAA
genomic: TGACAACTAATGAAGGGAGTCAATTGAAATCTCAAATTCAGCAACTAAAGgtatgcactt ... ttgtttgcagGATGCTATTGAGAAGCTTTTAATCTGAAAAATTCATAATCGGTATGATAAA
EST: gi|298180380|gb|HO025581.1|HO025581
EST:     TGACAACTAATGAAGGGAGTCAATTGAAATCTCAAATTCAGCAACTAAAG                         GATGCTATTGAGAAGCTTTTAATCTGAAAAATTCATAATCGGTATGATAAA
genomic: TGACAACTAATGAAGGGAGTCAATTGAAATCTCAAATTCAGCAACTAAAGgtatgcactt ... ttgtttgcagGATGCTATTGAGAAGCTTTTAATCTGAAAAATTCATAATCGGTATGATAAA
EST: gi|6725768|gb|AW310167.1|AW310167
EST:     TGACAACTAATGAAGGGAGTCAATTGAAATCTCAAATTCAGCAACTAAAG                         GATGCTATTGAGAAGCTTTTAATCTGAAAAATTCATAATCGGTATGATAAA
genomic: TGACAACTAATGAAGGGAGTCAATTGAAATCTCAAATTCAGCAACTAAAGgtatgcactt ... ttgtttgcagGATGCTATTGAGAAGCTTTTAATCTGAAAAATTCATAATCGGTATGATAAA
EST: gi|298185053|gb|HO030266.1|HO030266
EST:     TGACAACTAATGAAGGGAGTCAATTGAAATCTCAAATTCAGCAACTAAAG                         GATGCTATTGAGAAGCTTTTAATCTGAAAAATTCATAATCGGTATGATAAA
genomic: TGACAACTAATGAAGGGAGTCAATTGAAATCTCAAATTCAGCAACTAAAGgtatgcactt ... ttgtttgcagGATGCTATTGAGAAGCTTTTAATCTGAAAAATTCATAATCGGTATGATAAA
EST: gi|298171220|gb|HO016252.1|HO016252
EST:     TGACAACTAATGAAGGGAGTCAATTGAAATCTCAAATTCAGCAACTAAAG                         GATGCTATTGAGAAGCTTTTAATCTGAAAAATTCATAATCGGTATGATAAA
genomic: TGACAACTAATGAAGGGAGTCAATTGAAATCTCAAATTCAGCAACTAAAGgtatgcactt ... ttgtttgcagGATGCTATTGAGAAGCTTTTAATCTGAAAAATTCATAATCGGTATGATAAA
EST: gi|298195944|gb|HO044335.1|HO044335
EST:     TGACAACTAATGAAGGGAGTCAATTGAAATCTCAAATTCAGCAACTAAAG                         GATGCTATTGAGAAGCTTTTAATCTGAAAAATTCATAATCGGTATGATAAA
genomic: TGACAACTAATGAAGGGAGTCAATTGAAATCTCAAATTCAGCAACTAAAGgtatgcactt ... ttgtttgcagGATGCTATTGAGAAGCTTTTAATCTGAAAAATTCATAATCGGTATGATAAA
EST: gi|6566245|gb|AW233926.1|AW233926
EST:     TGACAACTAATGAAGGGAGTCAATTGAAATCTCAAATTCAGCAACTAAAG                         GATGCTATTGAGAAGCTTTTAATCTGAAAAATTCATAATCGGTATGATAAA
genomic: TGACAACTAATGAAGGGAGTCAATTGAAATCTCAAATTCAGCAACTAAAGgtatgcactt ... ttgtttgcagGATGCTATTGAGAAGCTTTTAATCTGAAAAATTCATAATCGGTATGATAAA
EST: gi|193711701|gb|FK648290.1|FK648290
EST:     TGACAACTAATGAAGGGAGTCAATTGAAATCTCAAATTCAGCAACTAAAG                         GATGCTATTGAGAAGCTTTTAATCTGAAAAATTCATAATCGGTATGATAAA
genomic: TGACAACTAATGAAGGGAGTCAATTGAAATCTCAAATTCAGCAACTAAAGgtatgcactt ... ttgtttgcagGATGCTATTGAGAAGCTTTTAATCTGAAAAATTCATAATCGGTATGATAAA
EST: gi|26059372|gb|CA802286.1|CA802286
EST:     TGACAACTAATGAAGGGAGTCAATTGAAATCTCAAATTCAGCAACTAAAG                         GATGCTATTGAGAAGCTTTTAATCTGAAAAATTCATAATCGGTATGATAAA
genomic: TGACAACTAATGAAGGGAGTCAATTGAAATCTCAAATTCAGCAACTAAAGgtatgcactt ... ttgtttgcagGATGCTATTGAGAAGCTTTTAATCTGAAAAATTCATAATCGGTATGATAAA
EST: gi|298189335|gb|HO037738.1|HO037738
EST:     TGACAACTAATGAAGGGAGTCAATTGAAATCTCAAATTCAGCAACTAAAG                         GATGCTATTGAGAAGCTTTTAATCTGAAAAATTCATAATCGGTATGATAAA
genomic: TGACAACTAATGAAGGGAGTCAATTGAAATCTCAAATTCAGCAACTAAAGgtatgcactt ... ttgtttgcagGATGCTATTGAGAAGCTTTTAATCTGAAAAATTCATAATCGGTATGATAAA
EST: gi|18039291|gb|BM307585.1|BM307585
EST:     TGACAACTAATGAAGGGAGTCAATTGAAATCTCAAATTCAGCAACTAAAG                         GATGCTATTGAGAAGCTTTTAATCTGAAAAATTCATAATCGGTATGATAAA
genomic: TGACAACTAATGAAGGGAGTCAATTGAAATCTCAAATTCAGCAACTAAAGgtatgcactt ... ttgtttgcagGATGCTATTGAGAAGCTTTTAATCTGAAAAATTCATAATCGGTATGATAAA
EST: gi|298164419|gb|HO014064.1|HO014064
EST:     TGACAACTAATGAAGGGAGTCAATTGAAATCTCAAATTCAGCAACTAAAG                         GATGCTATTGAGAAGCTTTTAATCTGAAAAATTCATAATCGGTATGATAAA
genomic: TGACAACTAATGAAGGGAGTCAATTGAAATCTCAAATTCAGCAACTAAAGgtatgcactt ... ttgtttgcagGATGCTATTGAGAAGCTTTTAATCTGAAAAATTCATAATCGGTATGATAAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatatatatatatatattattgaacatgtattctgagcatttggtttgtttgcagGATGCTATTGAGAAGCTTTTAATCTGAAAAATTCATAATCGGTATGATAAATTCATAATCGATATGATGGGCTTCTTGAGTCGTGGCAATTGCTCCTTCT
                                            tttgttt  CT-rich tract
     atatatatatattatt  TA-rich tract