Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TATTAAGGATCCAAGCTCTACGTTGCCATCCTATATATTGTCAAAATGGGACAAGACTGAATGTAATTCCTGTGCTGGCATCTCGTTCCCAAGCTCTCAGgtattttgaatcatcattccaaaaattcaatcaagtcaaaagttagagtactgcatttctttctgacattttggcatgaaattatgaattaaggaactatttttcgtttctcttgcatgatttcctctactgtgacatgatgccctttaccttcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G11820.1
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|11413849|gb|BF425860.1|BF425860
EST:     ACAAGACTGAATGTAATTCCTGTGCTGGCATCTCGTTCCCAAGCTCTCAG                         ATACCTGTATGTTCGATGGGGTTNTGAACTGTCNAAGATGGTGGTGTTCGT
genomic: ACAAGACTGAATGTAATTCCTGTGCTGGCATCTCGTTCCCAAGCTCTCAGgtattttgaa ... ttaccttcagATACCTGTATGTTCGATGGGGTTTTGAACTGTCAAAGATGGTGGTGTTCGT
EST: gi|11688267|gb|BF595943.1|BF595943
EST:     CAAGACTGAATGTAATTCCTGTGCTGGCATGTAGTTCCACAA-CTCTCAG                         ATATGTGAATGTTCGATGG
genomic: CAAGACTGAATGTAATTCCTGTGCTGGCATCTCGTTCC-CAAGCTCTCAGgtattttgaa ... ttaccttcagATACCTGTATGTTCGATGG
EST: gi|58017251|gb|CX703993.1|CX703993
EST:     ACAAGACTGAATGTAATTCCTGTGCTGGCATCTCGTTCCCAAGCTCTCAG                         ATACCTGTATGTTCGATGGGGTTTTGAACTGTCAAAGATGGTGGTGTTCGT
genomic: ACAAGACTGAATGTAATTCCTGTGCTGGCATCTCGTTCCCAAGCTCTCAGgtattttgaa ... ttaccttcagATACCTGTATGTTCGATGGGGTTTTGAACTGTCAAAGATGGTGGTGTTCGT
EST: gi|6567259|gb|AW234870.1|AW234870
EST:     ACAAGACTGAATGTAATTCCTGTGCTGGCATCTCGTTCCCAAGCTCTCAG                         ATACCTGTATGTTCGATGGGGTTTTGAACTGTCAAAGATGGTGGTGTTCGT
genomic: ACAAGACTGAATGTAATTCCTGTGCTGGCATCTCGTTCCCAAGCTCTCAGgtattttgaa ... ttaccttcagATACCTGTATGTTCGATGGGGTTTTGAACTGTCAAAGATGGTGGTGTTCGT
EST: gi|5819920|gb|AI988187.1|AI988187
EST:     ACAAGACTGAATGTAATTCCTGTGCTGGCATCTCGTTCCCAAGCTCTCAG                         ATACCTGTATGTTCGATGGGGTTTTGAACTGTCAAAGATGGTGGTGTTCGT
genomic: ACAAGACTGAATGTAATTCCTGTGCTGGCATCTCGTTCCCAAGCTCTCAGgtattttgaa ... ttaccttcagATACCTGTATGTTCGATGGGGTTTTGAACTGTCAAAGATGGTGGTGTTCGT
EST: gi|7690945|gb|AW759081.1|AW759081
EST:     ACAAGACTGAATGTAATTCCTGTGCTGGCATCTCGTTCCCAAGCTCTCAG                         ATACCTGTATGTTCGATGGGGTTTTGAACTGTCAAAGATGGTGGTGTTCGT
genomic: ACAAGACTGAATGTAATTCCTGTGCTGGCATCTCGTTCCCAAGCTCTCAGgtattttgaa ... ttaccttcagATACCTGTATGTTCGATGGGGTTTTGAACTGTCAAAGATGGTGGTGTTCGT
EST: gi|22522112|gb|BU080923.1|BU080923
EST:     ACAAGACTGAATGTAATTCCTGTGCTGGCATCTCGTTCCCAAGCTCTCAG                         ATACCTGTATGTTCGATGGGGTTTTGAACTGTCAAAGATGGTGGTGTTCGT
genomic: ACAAGACTGAATGTAATTCCTGTGCTGGCATCTCGTTCCCAAGCTCTCAGgtattttgaa ... ttaccttcagATACCTGTATGTTCGATGGGGTTTTGAACTGTCAAAGATGGTGGTGTTCGT
EST: gi|10843300|gb|BF066607.1|BF066607
EST:     ACAAGACTGAATGTAATTCCTGTGCTGGCATCTCGTTCCCAAGCTCTCAG                         ATACCTGTATGTTCGATGGGGTTTTGAACTGTCAAAGATGGTGGTGTTCGT
genomic: ACAAGACTGAATGTAATTCCTGTGCTGGCATCTCGTTCCCAAGCTCTCAGgtattttgaa ... ttaccttcagATACCTGTATGTTCGATGGGGTTTTGAACTGTCAAAGATGGTGGTGTTCGT
EST: gi|6725090|gb|AW309489.1|AW309489
EST:     ACAAGACTGAATGTAATTCCTGTGCTGGCATCTCGTTCCCAAGCTCTCAG                         ATACCTGTATGTTCGATGGGGTTTTGAACTGTCAAAGATGGTGGTGTTCGT
genomic: ACAAGACTGAATGTAATTCCTGTGCTGGCATCTCGTTCCCAAGCTCTCAGgtattttgaa ... ttaccttcagATACCTGTATGTTCGATGGGGTTTTGAACTGTCAAAGATGGTGGTGTTCGT
EST: gi|19269422|gb|BM885678.1|BM885678
EST:     ACAAGACTGAATGTAATTCCTGTGCTGGCATCTCGTTCCCAAGCTCTCAG                         ATACCTGTATGTTCGATGGGGTTTTGAACTGTCAAAGATGGTGGTGTTCGT
genomic: ACAAGACTGAATGTAATTCCTGTGCTGGCATCTCGTTCCCAAGCTCTCAGgtattttgaa ... ttaccttcagATACCTGTATGTTCGATGGGGTTTTGAACTGTCAAAGATGGTGGTGTTCGT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TATTAAGGATCCAAGCTCTACGTTGCCATCCTATATATTGTCAAAATGGGACAAGACTGAATGTAATTCCTGTGCTGGCATCTCGTTCCCAAGCTCTCAGgtattttgaatcatcattccaaaaattcaatcaagtcaaaagttagagtactgcatttctttctgacattttggcatgaaattatgaattaaggaactatttttcgtttctcttgcatgatttcctctactgtgacatgatgccctttaccttcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAAGCT