1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
gtattttgaatcatcattccaaaaattcaatcaagtcaaaagttagagtactgcatttctttctgacattttggcatgaaattatgaattaaggaactatttttcgtttctcttgcatgatttcctctactgtgacatgatgccctttaccttcagATACCTGTATGTTCGATGGGGTTTTGAACTGTCAAAGATGGTGGTGTTCGTCGGAGAATGTGGTGACACAGATTACGAAGGACTTCTTGGTGGTCTACAC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA17G11820.1 |
intron # | 12 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACAAGACTGAATGTAATTCCTGTGCTGGCATCTCGTTCCCAAGCTCTCAG ATACCTGTATGTTCGATGGGGTTNTGAACTGTCNAAGATGGTGGTGTTCGTEST: gi|11688267|gb|BF595943.1|BF595943
genomic: ACAAGACTGAATGTAATTCCTGTGCTGGCATCTCGTTCCCAAGCTCTCAGgtattttgaa ... ttaccttcagATACCTGTATGTTCGATGGGGTTTTGAACTGTCAAAGATGGTGGTGTTCGT
EST: CAAGACTGAATGTAATTCCTGTGCTGGCATGTAGTTCCACAA-CTCTCAG ATATGTGAATGTTCGATGGEST: gi|58017251|gb|CX703993.1|CX703993
genomic: CAAGACTGAATGTAATTCCTGTGCTGGCATCTCGTTCC-CAAGCTCTCAGgtattttgaa ... ttaccttcagATACCTGTATGTTCGATGG
EST: ACAAGACTGAATGTAATTCCTGTGCTGGCATCTCGTTCCCAAGCTCTCAG ATACCTGTATGTTCGATGGGGTTTTGAACTGTCAAAGATGGTGGTGTTCGTEST: gi|6567259|gb|AW234870.1|AW234870
genomic: ACAAGACTGAATGTAATTCCTGTGCTGGCATCTCGTTCCCAAGCTCTCAGgtattttgaa ... ttaccttcagATACCTGTATGTTCGATGGGGTTTTGAACTGTCAAAGATGGTGGTGTTCGT
EST: ACAAGACTGAATGTAATTCCTGTGCTGGCATCTCGTTCCCAAGCTCTCAG ATACCTGTATGTTCGATGGGGTTTTGAACTGTCAAAGATGGTGGTGTTCGTEST: gi|5819920|gb|AI988187.1|AI988187
genomic: ACAAGACTGAATGTAATTCCTGTGCTGGCATCTCGTTCCCAAGCTCTCAGgtattttgaa ... ttaccttcagATACCTGTATGTTCGATGGGGTTTTGAACTGTCAAAGATGGTGGTGTTCGT
EST: ACAAGACTGAATGTAATTCCTGTGCTGGCATCTCGTTCCCAAGCTCTCAG ATACCTGTATGTTCGATGGGGTTTTGAACTGTCAAAGATGGTGGTGTTCGTEST: gi|7690945|gb|AW759081.1|AW759081
genomic: ACAAGACTGAATGTAATTCCTGTGCTGGCATCTCGTTCCCAAGCTCTCAGgtattttgaa ... ttaccttcagATACCTGTATGTTCGATGGGGTTTTGAACTGTCAAAGATGGTGGTGTTCGT
EST: ACAAGACTGAATGTAATTCCTGTGCTGGCATCTCGTTCCCAAGCTCTCAG ATACCTGTATGTTCGATGGGGTTTTGAACTGTCAAAGATGGTGGTGTTCGTEST: gi|22522112|gb|BU080923.1|BU080923
genomic: ACAAGACTGAATGTAATTCCTGTGCTGGCATCTCGTTCCCAAGCTCTCAGgtattttgaa ... ttaccttcagATACCTGTATGTTCGATGGGGTTTTGAACTGTCAAAGATGGTGGTGTTCGT
EST: ACAAGACTGAATGTAATTCCTGTGCTGGCATCTCGTTCCCAAGCTCTCAG ATACCTGTATGTTCGATGGGGTTTTGAACTGTCAAAGATGGTGGTGTTCGTEST: gi|10843300|gb|BF066607.1|BF066607
genomic: ACAAGACTGAATGTAATTCCTGTGCTGGCATCTCGTTCCCAAGCTCTCAGgtattttgaa ... ttaccttcagATACCTGTATGTTCGATGGGGTTTTGAACTGTCAAAGATGGTGGTGTTCGT
EST: ACAAGACTGAATGTAATTCCTGTGCTGGCATCTCGTTCCCAAGCTCTCAG ATACCTGTATGTTCGATGGGGTTTTGAACTGTCAAAGATGGTGGTGTTCGTEST: gi|6725090|gb|AW309489.1|AW309489
genomic: ACAAGACTGAATGTAATTCCTGTGCTGGCATCTCGTTCCCAAGCTCTCAGgtattttgaa ... ttaccttcagATACCTGTATGTTCGATGGGGTTTTGAACTGTCAAAGATGGTGGTGTTCGT
EST: ACAAGACTGAATGTAATTCCTGTGCTGGCATCTCGTTCCCAAGCTCTCAG ATACCTGTATGTTCGATGGGGTTTTGAACTGTCAAAGATGGTGGTGTTCGTEST: gi|19269422|gb|BM885678.1|BM885678
genomic: ACAAGACTGAATGTAATTCCTGTGCTGGCATCTCGTTCCCAAGCTCTCAGgtattttgaa ... ttaccttcagATACCTGTATGTTCGATGGGGTTTTGAACTGTCAAAGATGGTGGTGTTCGT
EST: ACAAGACTGAATGTAATTCCTGTGCTGGCATCTCGTTCCCAAGCTCTCAG ATACCTGTATGTTCGATGGGGTTTTGAACTGTCAAAGATGGTGGTGTTCGT
genomic: ACAAGACTGAATGTAATTCCTGTGCTGGCATCTCGTTCCCAAGCTCTCAGgtattttgaa ... ttaccttcagATACCTGTATGTTCGATGGGGTTTTGAACTGTCAAAGATGGTGGTGTTCGT
tttcgtttctcttgcatgatttcctctactgtgacatgatgccctttaccttcagATACCTGTATGTTCGATGGGGTTTTGAACTGTCAAAGATGGTGGTGTTCGTCGGAGAATGTGGTGACACAGATTACGAAGGACTTCTTGGTGGTCTACAC
tgccctttaccttc CT-rich tract
atgattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtattttgaatcatcattccaaaaattcaatcaagtcaaaagttagagtactgcatttctttctgacattttggcatgaaattatgaattaaggaactatttttcgtttctcttgcatgatttcctctactgtgacatgatgccctttaccttcagATACCTGTATGTTCGATGGGGTTTTGAACTGTCAAAGATGGTGGTGTTCGTCGGAGAATGTGGTGACACAGATTACGAAGGACTTCTTGGTGGTCTACAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG