1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
CCTTTTTATTGCTTCTTCCGTCCACTGTGAAGACCCATATCGGTACCTCACTTGGAAGGTCACCTATGGTGACATCTATCCTCTTGGTGTCAAGCAACAAgtactttcttttctttttcctaaataactaactgtcactattgttccttgttgatctcgtgcttctgttcttctgagaaaggaaacgcttttttcttagccatatcggctcatggaggggtagtttttgttgaacatgtttcgattttgcag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA17G01580.1 |
intron # | 1 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CTTGGAAGGTCACCTATGGTGACATCTATCCTCTTGGTGTCAAGCAACAA GGGATCTTAATTEST: gi|9204473|gb|BE330697.1|BE330697
genomic: CTTGGAAGGTCACCTATGGTGACATCTATCCTCTTGGTGTCAAGCAACAAgtactttctt ... gattttgcagGGGATCTTAATT
EST: CTTGGAAGGTCACCTATGGTGACATCTATCCTCTTGGTGTCAAGCAACAA GGGATCTTAATTAATGGGCAGTTTCCAGGGCCTCAAATAGATGCTGTTACAEST: gi|16997237|gb|BM086609.1|BM086609
genomic: CTTGGAAGGTCACCTATGGTGACATCTATCCTCTTGGTGTCAAGCAACAAgtactttctt ... gattttgcagGGGATCTTAATTAATGGGCAGTTTCCAGGGCCTCAAATAGATGCTGTTACA
EST: TTACAAGCAACAACTTAACGCTTAACAACAGCACTCTCCCTAATCCTTCTGTGTATGCAAAATGAGACCATGCAAATGCAAATGCAATGEST: gi|7588537|gb|AW704260.1|AW704260
genomic: TTACAAGCAACAACTTAACGCTTAACAACAGCACTCTCCCTAATCCTTCTGTGTATGCAAAATGAGACCATGCAAATGCAAATGCAATG
EST: TTCACATTACAAGCAACAACTTAACGCTTAACAACAGCACTCTCCCTAATCCTTCTGTGTATGCAAAATGAGACCATGCAAATGCAAATGCAATGEST: gi|213598785|gb|DB968256.1|DB968256
genomic: TTCACATTACAAGCAACAACTTAACGCTTAACAACAGCACTCTCCCTAATCCTTCTGTGTATGCAAAATGAGACCATGCAAATGCAAATGCAATG
EST: ATCTATAATGTAAAGGGAAGGGAGGTTCACATTCACATTACAAGCAACAACTTAACGCTTAACAACAGCACTCTCCCTAATCCTTCTGTGTATGCAAAATGAGACCATGCAAATGCAAATGCAATGEST: gi|213618027|gb|DB963660.1|DB963660
genomic: ATCTATAATGTAAAGGGAAGGGAGGTTCACATTCACATTACAAGCAACAACTTAACGCTTAACAACAGCACTCTCCCTAATCCTTCTGTGTATGCAAAATGAGACCATGCAAATGCAAATGCAATG
EST: ATCTATAATGTAAAGGGAAGGGAGGTTCACATTCACATTACAAGCAACAACTTAACGCTTAACAACAGCACTCTCCCTAATCCTTCTGTGTATGCAAAATGAGACCATGCAAATGCAAATGCAATGEST: gi|193347125|gb|FK310211.1|FK310211
genomic: ATCTATAATGTAAAGGGAAGGGAGGTTCACATTCACATTACAAGCAACAACTTAACGCTTAACAACAGCACTCTCCCTAATCCTTCTGTGTATGCAAAATGAGACCATGCAAATGCAAATGCAATG
EST: CTTGGAAGGTCACCTATGGTGACATCTATCCTCTTGGTGTCAAGCAACAA GGGATCTTAATTAATGGGCAGTTTCCAGGGCCTCAAATAGATGCTGTTACAEST: gi|7926178|gb|AW832204.1|AW832204
genomic: CTTGGAAGGTCACCTATGGTGACATCTATCCTCTTGGTGTCAAGCAACAAgtactttctt ... gattttgcagGGGATCTTAATTAATGGGCAGTTTCCAGGGCCTCAAATAGATGCTGTTACA
EST: GGTTCACATTCACATTACAAGCAACAACTTAACGCTTAACAACAGCACTCTCCCTAATCCTTCTGTGTATGCAAAATGAGACCATGCAAATGCAAATGCAATG
genomic: GGTTCACATTCACATTACAAGCAACAACTTAACGCTTAACAACAGCACTCTCCCTAATCCTTCTGTGTATGCAAAATGAGACCATGCAAATGCAAATGCAATG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CCTTTTTATTGCTTCTTCCGTCCACTGTGAAGACCCATATCGGTACCTCACTTGGAAGGTCACCTATGGTGACATCTATCCTCTTGGTGTCAAGCAACAAgtactttcttttctttttcctaaataactaactgtcactattgttccttgttgatctcgtgcttctgttcttctgagaaaggaaacgcttttttcttagccatatcggctcatggaggggtagtttttgttgaacatgtttcgattttgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA