1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' |
gtactgttttgctaatcattactgtttcttacttgtgttatgtttcttgccagtactatttctgtgaaatatgttctcattagtggcgtaaattttgtttcagTATGTGATGTTCTATGCATGTGCACTGGACCCTGAAGGATGTGGTGTGAAATTTGCCATGGTTCTTGCTGATATGTTTGGATGTGATGTTAATCCCCCTA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA16G21590.1 |
intron # | 10 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTTCATTTCAGAGAACCGTATTGAATGCGTACAAGTCAAAATTTACCCAG TATGTGATGTTCTATGCATGTGGCACTGGGACCCTGAAGGATGEST: gi|193475675|gb|FK439390.1|FK439390
genomic: CTTCATTTCAGAGAACCGTATTGAATGCGTACAAGTCAAAATTTACCCAGgtactgtttt ... tttgtttcagTATGTGATGTTCTATGCATGTG-CACTGG-ACCCTGAAGGATG
EST: CTTCATTTCAGAGAACCGTATTGAATGCGTACAAGTCAAAATTT-CCCAG TATGTGATGTTCTATGEST: gi|9566005|gb|BE475576.1|BE475576
genomic: CTTCATTTCAGAGAACCGTATTGAATGCGTACAAGTCAAAATTTACCCAGgtactgtttt ... tttgtttcagTATGTGATGTTCTATG
EST: AACCGTATTGAATGCGTACAAGTCAAAATTTACCCAG TATGTGATGTTCTATGCATGTGCACTGGACCCTGAAGGATGTGGTGTGAAAEST: gi|15199487|gb|BI423855.1|BI423855
genomic: AACCGTATTGAATGCGTACAAGTCAAAATTTACCCAGgtactgtttt ... tttgtttcagTATGTGATGTTCTATGCATGTGCACTGGACCCTGAAGGATGTGGTGTGAAA
EST: CTTCATTTCAGAGAACCGTATTGAATGCGTACAAGTCAAAATTTACCCAG TATGTGATGTTCTATGCATGTGCACTGGACCCTGAAGGATGTGGTGTGAAAEST: gi|192298474|gb|FG988475.1|FG988475
genomic: CTTCATTTCAGAGAACCGTATTGAATGCGTACAAGTCAAAATTTACCCAGgtactgtttt ... tttgtttcagTATGTGATGTTCTATGCATGTGCACTGGACCCTGAAGGATGTGGTGTGAAA
EST: CGTATTGAATGCGTACAAGTTCAAAATTTTACCCAG TATGTGATGTTCTATGCATGTGCACTGGACCCCTGAAGGATGTGGTGTGA
genomic: CGTATTGAATGCGTACAAG-TCAAAA-TTTACCCAGgtactgtttt ... tttgtttcagTATGTGATGTTCTATGCATGTGCACTGGA-CCCTGAAGGATGTGGTGTGA
gccagtactatttctgtgaaatatgttctcattagtggcgtaaattttgtttcagTATGTGATGTTCTATGCATGTGCACTGGACCCTGAAGGATGTGGTGTGAAATTTGCCATGGTTCTTGCTGATATGTTTGGATGTGATGTTAATCCCCCTA
ttttgtttc CT-rich tract
taaattttgtttca TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtactgttttgctaatcattactgtttcttacttgtgttatgtttcttgccagtactatttctgtgaaatatgttctcattagtggcgtaaattttgtttcagTATGTGATGTTCTATGCATGTGCACTGGACCCTGAAGGATGTGGTGTGAAATTTGCCATGGTTCTTGCTGATATGTTTGGATGTGATGTTAATCCCCCTA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT