Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtatgttcactttgaattgttttatccttgcttattatgaatccttttttgaatttctttttgaatgtggaatgaacagGTGGACTATCAACAATAAGTACTACACTGCTGATGTTTCTCTTTGGATGGCTCATCTTCACGACGATTTTTCTGCTGCCAACGTGACCCTGTCTCGACGA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G21560.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA16G21560.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv07s0031g02260.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
------gtatgtatgttcactttgaattgttttatccttgcttat------tatgaatcc-----ttttttgaatttctttttgaatgtggaatgaacagGTGGACTATCAACAATAAGTACTACACTGCTGATGTTTCTCTTTGGATGGCTCATCTTCACGACGATTTTTCTGCTGCCAACGTGACCCTGTCTCGACGA-
       || | || ||    |  ||   |   |   | |  |||      ||||| |||     |||||  |||    ||  |  | | |  | |||||||||||||||||||  |||||||| || |||||||||||  | |||||||| |||||||| || |  |||||    |  ||| || |  || || ||| | 
ttttttttaagaatttttttctaaaacattgccaaattggaatatgtaacatatgattccaacagtttttaaaatgcagttacgggttttgttttaacagGTGGACTATCAACACAAAGTACTATACAGCTGATGTTTCAGTATGGATGGCCCATCTTCATGAAGGGTTTTCGATAGGGAACCTGCCAATG-CTTGACCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192297628|gb|FG989921.1|FG989921
EST:     GTTGATGTTGATGATGCTTTTGATTCGGCTTCTCGAGTGAATGTCCATGG                         GTGGACTATCAACAATAAGTACTACACTGCTGATGTTTCTCTTTGGATGGC
genomic: GTTGATGTTGATGATGCTTTTGATTCGGCTTCTCAAGTGAATGTCCATGGgtatgtatgt ... gaatgaacagGTGGACTATCAACAATAAGTACTACACTGCTGATGTTTCTCTTTGGATGGC
EST: gi|192333176|gb|FK026505.1|FK026505
EST:     GTTGATGTTGATGATGCTTTTGATTCGGCTTCTCAAGTGAATGTCCATGG                         GTGGACTATCAACAATAAGTACTACACTGCTGATGTTTCTCTTTGGATGGC
genomic: GTTGATGTTGATGATGCTTTTGATTCGGCTTCTCAAGTGAATGTCCATGGgtatgtatgt ... gaatgaacagGTGGACTATCAACAATAAGTACTACACTGCTGATGTTTCTCTTTGGATGGC
EST: gi|151405714|gb|EV275528.1|EV275528
EST:     GTTGATGTTGATGATGCTTTTGATTCGGCTTCTCAAGTGAATGTCCATGG                         GTGGACTATCAACAATAAGTACTACACTGCTGATGTTTCTCTTTGGATGGC
genomic: GTTGATGTTGATGATGCTTTTGATTCGGCTTCTCAAGTGAATGTCCATGGgtatgtatgt ... gaatgaacagGTGGACTATCAACAATAAGTACTACACTGCTGATGTTTCTCTTTGGATGGC
EST: gi|298189562|gb|HO037965.1|HO037965
EST:     GTTGATGTTGATGATGCTTTTGATTCGGCTTCTCAAGTGAATGTCCACGG                         GTGGACTATCAACAATAAGTACTACACTGCTGATGTTTCTCTTTGGATGGC
genomic: GTTGATGTTGATGATGCTTTTGATTCGGCTTCTCAAGTGAATGTCCATGGgtatgtatgt ... gaatgaacagGTGGACTATCAACAATAAGTACTACACTGCTGATGTTTCTCTTTGGATGGC
EST: gi|151409293|gb|EV279101.1|EV279101
EST:     GTTGATGTTGATGATGCTTTTGATTCGGCTTCTCAAGTGAATGTCCATGG                         GTGGACTATCAACAATAAGTACTACACTGCTGATGTTTCTCTTTGGATGGC
genomic: GTTGATGTTGATGATGCTTTTGATTCGGCTTCTCAAGTGAATGTCCATGGgtatgtatgt ... gaatgaacagGTGGACTATCAACAATAAGTACTACACTGCTGATGTTTCTCTTTGGATGGC
EST: gi|209728151|gb|BW655386.1|BW655386
EST:     GTTGATGTTGATGATGCTTTTGATTCGGCTTCTCAAGTGAATGTCCATGG                         GTGGACTATCAACAATAAGTACTACACTGCTGATGTTTCTCTTTGGATGGC
genomic: GTTGATGTTGATGATGCTTTTGATTCGGCTTCTCAAGTGAATGTCCATGGgtatgtatgt ... gaatgaacagGTGGACTATCAACAATAAGTACTACACTGCTGATGTTTCTCTTTGGATGGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tccttgcttattatgaatccttttttgaatttctttttgaatgtggaatgaacagGTGGACTATCAACAATAAGTACTACACTGCTGATGTTTCTCTTTGGATGGCTCATCTTCACGACGATTTTTCTGCTGCCAACGTGACCCTGTCTCGACGA
                    ttttttgaatttcttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgtatgttcactttgaattgttttatccttgcttattatgaatccttttttgaatttctttttgaatgtggaatgaacagGTGGACTATCAACAATAAGTACTACACTGCTGATGTTTCTCTTTGGATGGCTCATCTTCACGACGATTTTTCTGCTGCCAACGTGACCCTGTCTCGACGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC