1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...gggtctttattgggggttataatttaattctagcttctaaaaaaaatgcttacctattgggcattcacagaaaccactcaattattatgtttttgtgcagCGGAATTATGATGTATCTCTCCCACATAACAAAATCCCTGAAGCATTATGTGAGCTTTCCAAACAATTGGCAAAACCTGCTTTGCCTGGTGGTGTTGAGT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA11G37040.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTAGAAAGTTGCGATGGAGCACCCTTGGCCTACAATTTGATTGGTCCAAG CGGAATTATGATGTATCTCTCCCACATAACAAAATCCCTGAAGCATTATGTEST: gi|209712171|gb|BW681377.1|BW681377
genomic: TTAGAAAGTTGCGATGGAGCACCCTTGGCCTACAATTTGATTGGTCCAAGgtaagatatg ... ttttgtgcagCGGAATTATGATGTATCTCTCCCACATAACAAAATCCCTGAAGCATTATGT
EST: TTAGAAAGTTGCGATGGAGCACCCTTGGCCTACAATTTGATTGGTCCAAG CGGAATTATGATGTATCTCEST: gi|6071440|gb|AW100827.1|AW100827
genomic: TTAGAAAGTTGCGATGGAGCACCCTTGGCCTACAATTTGATTGGTCCAAGgtaagatatg ... ttttgtgcagCGGAATTATGATGTATCTC
EST: TTAGAAAGTTGCGATGGAGCACCCTTGGCCTACAATTTGATTGGTCCAAG CGGAATTATGATGTATCTCTCCCACATAACAAAATCCCTGAAGCATTATGTEST: gi|192299837|gb|FG990074.1|FG990074
genomic: TTAGAAAGTTGCGATGGAGCACCCTTGGCCTACAATTTGATTGGTCCAAGgtaagatatg ... ttttgtgcagCGGAATTATGATGTATCTCTCCCACATAACAAAATCCCTGAAGCATTATGT
EST: TTAGAAAGTTGCGATGGAGCACCCTTGGCCTACAATTTGATTGGTCCAAG CGGAATTATGATGTATCTCTCCCACATAACAAAATCCCTGAAGCATTATGT
genomic: TTAGAAAGTTGCGATGGAGCACCCTTGGCCTACAATTTGATTGGTCCAAGgtaagatatg ... ttttgtgcagCGGAATTATGATGTATCTCTCCCACATAACAAAATCCCTGAAGCATTATGT
atgcttacctattgggcattcacagaaaccactcaattattatgtttttgtgcagCGGAATTATGATGTATCTCTCCCACATAACAAAATCCCTGAAGCATTATGTGAGCTTTCCAAACAATTGGCAAAACCTGCTTTGCCTGGTGGTGTTGAGT
tgcttac putative branch site (score: 2)
tgttttt putative PPT
tcaattattatgtttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gggtctttattgggggttataatttaattctagcttctaaaaaaaatgcttacctattgggcattcacagaaaccactcaattattatgtttttgtgcagCGGAATTATGATGTATCTCTCCCACATAACAAAATCCCTGAAGCATTATGTGAGCTTTCCAAACAATTGGCAAAACCTGCTTTGCCTGGTGGTGTTGAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - -gggggtt
- - - - - - - - - - - - - - - - gcttcta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcattca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccactca