Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTCGCGTTTTGCTCTAAATGGTTCCCACCGGGTCAAAGTCATTGGATGGATTTGTGACGCCGTTTCACTCAGTGTCTTTGCATCACCTCTAAGCATTATGgtgagttaattaattaattaattaattatctatcgaccccttctcatgcatacatatattattaattatctgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G19580.3
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6665883|gb|AW277342.1|AW277342
EST:     TTTGTGACGCCGTTTCACTCANTGTCTTTGCATCACCTCTAAGCATGATG                         GCAAAAGTGATTAGAACAAAGAGTGTACAGTTTATGCCCTTCTATGTGGCA
genomic: TTTGTGACGCCGTTTCACTCAGTGTCTTTGCATCACCTCTAAGCATTATGgtgagttaat ... ttatctgcagGCAAAAGTGATTAGAACAAAGAGTGTACAGTTTATGCCCTTCTATTTGTCA
EST: gi|298199219|gb|HO042582.1|HO042582
EST:     TTTGTGACGCCGTTTCACTCAGTGTCTTTGCATCACCTCTAAGCATTATG                         GCAAAAGTGATTAGAACAAAGAGTGTACAGTTTATGCCCTTCTATTTGTCA
genomic: TTTGTGACGCCGTTTCACTCAGTGTCTTTGCATCACCTCTAAGCATTATGgtgagttaat ... ttatctgcagGCAAAAGTGATTAGAACAAAGAGTGTACAGTTTATGCCCTTCTATTTGTCA
EST: gi|5753452|gb|AI960739.1|AI960739
EST:     TTTGTGACGCCGTTTCACTCAGTGTCTTTGCATCACCTCTAAGCATTATG                         GCAAAAGTGATTAGAACAAAGAGTGTACAGTTTATGCCCTTCTATTTGTCA
genomic: TTTGTGACGCCGTTTCACTCAGTGTCTTTGCATCACCTCTAAGCATTATGgtgagttaat ... ttatctgcagGCAAAAGTGATTAGAACAAAGAGTGTACAGTTTATGCCCTTCTATTTGTCA
EST: gi|207753675|gb|GD723273.1|GD723273
EST:     TTTGTGACGCCGTTTCACTCAGTGTCTTTGCATCACCTCTAAGCATTATG                         GCAAAAGTGATTAGAACAAAGAGTGTACAGTTTATGCCCTTCTATTTGT
genomic: TTTGTGACGCCGTTTCACTCAGTGTCTTTGCATCACCTCTAAGCATTATGgtgagttaat ... ttatctgcagGCAAAAGTGATTAGAACAAAGAGTGTACAGTTTATGCCCTTCTATTTGT
EST: gi|7587864|gb|AW703671.1|AW703671
EST:     TTTGTGACGCCGTTTCACTCAGTGTCTTTGCATCACCTCTAAGCATTATG                         GCAAAAGTGATTAGAACAAAGAGTGTACAGTTTATGCCCTTCTATTTGTCA
genomic: TTTGTGACGCCGTTTCACTCAGTGTCTTTGCATCACCTCTAAGCATTATGgtgagttaat ... ttatctgcagGCAAAAGTGATTAGAACAAAGAGTGTACAGTTTATGCCCTTCTATTTGTCA
EST: gi|6666164|gb|AW277623.1|AW277623
EST:     TTTGTGACGCCGTTTCACTCAGTGTCTTTGCATCACCTCTAAGCATTATG                         GCAAAAGTGATTAGAACAAAGAGTGTACAGTTTATGCCCTTCTATTTGTCA
genomic: TTTGTGACGCCGTTTCACTCAGTGTCTTTGCATCACCTCTAAGCATTATGgtgagttaat ... ttatctgcagGCAAAAGTGATTAGAACAAAGAGTGTACAGTTTATGCCCTTCTATTTGTCA