1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
ACCCAGCAGCATGAAAATCAAGGTGGTTGCACCTCCTGAGAGAAAGTACAGTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactgatgttttttccccctcctattctcaacatcccccctcccacctcccccctttatgtgtacttacaagtaaaatgtattagtttatggaaagcattgagtgtttactttgttctcttatatgcag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA08G19420.2 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCATEST: gi|16347144|gb|BI972739.1|BI972739
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: GTGTCTGGATTGGGGGCTCTATCTTGGGATCACTTAGCACCTTCCAACAG ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCATEST: gi|37994160|gb|CF805906.1|CF805906
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCATEST: gi|254340888|gb|GR854616.1|GR854616
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCATEST: gi|254340887|gb|GR854615.1|GR854615
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCATEST: gi|11688644|gb|BF596320.1|BF596320
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: GCACCTTCCAACAG ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCATEST: gi|209728467|gb|BW654971.1|BW654971
genomic: GCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCATEST: gi|9563973|gb|BE473482.1|BE473482
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCATEST: gi|254341930|gb|GR853067.1|GR853067
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: GTCTGGATTTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCCAACAG ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAEST: gi|18733322|gb|BM527544.1|BM527544
genomic: GTCTGGA-TTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTT-CCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCA
EST: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCATEST: gi|208114189|gb|GD909854.1|GD909854
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATTACTTAGCACCTTCCAACAG ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCATEST: gi|208204109|gb|GE007390.1|GE007390
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: CACTTAGCACCTTCCAACAG ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCATEST: gi|5820128|gb|AI988334.1|AI988334
genomic: CACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGNTCATEST: gi|31461788|gb|CD403816.1|CD403816
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCATEST: gi|192320063|gb|FK012593.1|FK012593
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATTTGGGCCAGCTATCGTTCATEST: gi|209724346|gb|BW666632.1|BW666632
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCATEST: gi|18039466|gb|BM307760.1|BM307760
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCATEST: gi|15204485|gb|BI427253.1|BI427253
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCATEST: gi|120495575|gb|EH223742.1|EH223742
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCATEST: gi|254327324|gb|GR836933.1|GR836933
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: GTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCATEST: gi|19348583|gb|BM893115.1|BM893115
genomic: GTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCATEST: gi|15664540|gb|BI701911.1|BI701911
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCATEST: gi|151411654|gb|EV281465.1|EV281465
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGACCAGCTATCGTTCATEST: gi|10235694|gb|BE804582.1|BE804582
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG ATGTGGATCTTTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATEST: gi|254332550|gb|GR846488.1|GR846488
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTAT
EST: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCATEST: gi|192294932|gb|FG986651.1|FG986651
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCATEST: gi|213598510|gb|DB975941.1|DB975941
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: ATCACTTAGCACCTTCCAACAG ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAGEST: gi|209709095|gb|BW658811.1|BW658811
genomic: ATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCATEST: gi|254332549|gb|GR846487.1|GR846487
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG ATGTGGATCTCTAAGGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAEST: gi|209725129|gb|BW659811.1|BW659811
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGG-CGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCA
EST: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCATEST: gi|22524082|gb|BU082893.1|BU082893
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCCTTCATEST: gi|207838686|gb|GD810404.1|GD810404
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCATEST: gi|22523328|gb|BU082139.1|BU082139
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCATEST: gi|15203415|gb|BI426183.1|BI426183
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCATEST: gi|254314535|gb|GR829528.1|GR829528
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCATEST: gi|8401686|gb|BE057320.1|BE057320
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: ATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCATEST: gi|214008043|gb|DB988458.1|DB988458
genomic: ATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: GTATATGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATAAGGGCCAGCTATCGTTCATEST: gi|13481082|gb|BG510425.1|BG510425
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCATEST: gi|37996793|gb|CF808382.1|CF808382
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCATEST: gi|192320064|gb|FK012594.1|FK012594
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCATEST: gi|9258855|gb|BE347002.1|BE347002
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ACCCAGCAGCATGAAAATCAAGGTGGTTGCACCTCCTGAGAGAAAGTACAGTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactgatgttttttccccctcctattctcaacatcccccctcccacctcccccctttatgtgtacttacaagtaaaatgtattagtttatggaaagcattgagtgtttactttgttctcttatatgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG