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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTCGCTGACGCTCTTTCGCGAAACACTCCCCTTGCTGCGGTTGCTCCATCACCTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAGgtgtgttttgttcaccgattctgcgatttgcgttttcgtctgatgaatttttgtgtttacatggcgtttttggttactggatccgtaaacttttgttgtg...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G19420.2
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|19269584|gb|BM885840.1|BM885840
EST:     ACCTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAG                         GTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
genomic: ACCTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAGgtgtgttttg ... tctgctacagGTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
EST: gi|209712712|gb|BW684642.1|BW684642
EST:     ACCT-A--A--T---CACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAG                         GTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
genomic: ACCTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAGgtgtgttttg ... tctgctacagGTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
EST: gi|7796620|gb|AW782017.1|AW782017
EST:     TGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAG                         GTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
genomic: TGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAGgtgtgttttg ... tctgctacagGTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
EST: gi|254348917|gb|GR852596.1|GR852596
EST:     ACCTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAG                         GTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
genomic: ACCTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAGgtgtgttttg ... tctgctacagGTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
EST: gi|7478918|gb|AW666456.1|AW666456
EST:     ACCTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAG                         GTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
genomic: ACCTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAGgtgtgttttg ... tctgctacagGTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
EST: gi|254325319|gb|GR838200.1|GR838200
EST:     CCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAG                         GTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
genomic: CCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAGgtgtgttttg ... tctgctacagGTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
EST: gi|19452328|gb|BM953738.1|BM953738
EST:     ACCTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAG                         GTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
genomic: ACCTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAGgtgtgttttg ... tctgctacagGTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
EST: gi|21888779|gb|BQ741992.1|BQ741992
EST:     ACCTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGT-AATCACGTTTAGTTCGCACAAG                         GTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
genomic: ACCTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAGgtgtgttttg ... tctgctacagGTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
EST: gi|213592306|gb|DB971546.1|DB971546
EST:     ACCT-A--A--T---CACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAG                         GTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
genomic: ACCTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAGgtgtgttttg ... tctgctacagGTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
EST: gi|207690279|gb|GD672896.1|GD672896
EST:     TTTAGTTCGCACAAG                         GTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
genomic: TTTAGTTCGCACAAGgtgtgttttg ... tctgctacagGTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
EST: gi|21993760|gb|BQ785288.1|BQ785288
EST:     ACCTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAG                         GTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
genomic: ACCTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAGgtgtgttttg ... tctgctacagGTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
EST: gi|37997297|gb|CF808886.1|CF808886
EST:     ACCTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAG                         GTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
genomic: ACCTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAGgtgtgttttg ... tctgctacagGTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
EST: gi|13481730|gb|BG511073.1|BG511073
EST:     CACTTCCCCTGTAAATCAAGTTTAGTTCGCACAAG                         GTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
genomic: CACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAGgtgtgttttg ... tctgctacagGTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
EST: gi|192294121|gb|FG986210.1|FG986210
EST:     ACCTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTGGTTCGCACAAG                         GTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
genomic: ACCTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAGgtgtgttttg ... tctgctacagGTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
EST: gi|209725128|gb|BW659810.1|BW659810
EST:     ACCT-A--A--T---CACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAG                         GTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
genomic: ACCTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAGgtgtgttttg ... tctgctacagGTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
EST: gi|209709094|gb|BW658810.1|BW658810
EST:     ACCT-A--A--T---CACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAG                         GTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
genomic: ACCTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAGgtgtgttttg ... tctgctacagGTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
EST: gi|213587883|gb|DB959707.1|DB959707
EST:     ACCT-A--A--T---CACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAG                         GTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
genomic: ACCTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAGgtgtgttttg ... tctgctacagGTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
EST: gi|209728466|gb|BW654970.1|BW654970
EST:     ACCT-A--A--T---CACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAG                         GTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
genomic: ACCTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAGgtgtgttttg ... tctgctacagGTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
EST: gi|254314534|gb|GR829527.1|GR829527
EST:     CCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAG                         GTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
genomic: CCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAGgtgtgttttg ... tctgctacagGTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
EST: gi|213588628|gb|DB957664.1|DB957664
EST:     ACCT-A--A--T---CACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAG                         GTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
genomic: ACCTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAGgtgtgttttg ... tctgctacagGTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
EST: gi|10709340|gb|BF009064.1|BF009064
EST:     ACCTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAG                         GTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
genomic: ACCTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAGgtgtgttttg ... tctgctacagGTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
EST: gi|213599978|gb|DB966466.1|DB966466
EST:     ACCT-A--A--T---CACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAG                         GTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
genomic: ACCTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAGgtgtgttttg ... tctgctacagGTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
EST: gi|19934990|gb|BQ080020.1|BQ080020
EST:     ACCTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAG                         GTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
genomic: ACCTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAGgtgtgttttg ... tctgctacagGTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
EST: gi|254341929|gb|GR853066.1|GR853066
EST:     CTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAG                         GTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
genomic: CTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAGgtgtgttttg ... tctgctacagGTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA