Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgtactgatgttttttccccctcctattctcaacatcccccctcccacctcccccctttatgtgtacttacaagtaaaatgtattagtttatggaaagcattgagtgtttactttgttctcttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCATCGGAAGTGCTTCTAAGTTGGGTCAAGAGCTGGATGGTGATCAAGTTCTT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G19420.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G19420.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os11g06390.6 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gtttgtactgatgttttttccccctcctattctcaacatcccccctcccacctcccccctttatgtgtacttacaagtaaaatgtattagtttatggaaagcattgagtgtttactttgttctcttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCATCGGAAGTGCTTCTAAGT--TGGGTCAAGAGCTGGATGGTGATCAAGTTCTT
                                           |||  | ||| | |  | |  | |||   | ||   |  | | |  | ||   |  | |||       ||  ||||   |||    | |||||||||||||| ||||| || |||||||| || || ||||| || ||||| ||||||||||||||||   ||| |    |   |  |    |  | |     
--------------------------------------gtaaaccttacgcctacactttatgag-gtagcaagaatgcaggtatttctgctttctgttaacatca-----ttcttttggcatctatgctacagATGTGGATCTCAAAGGGAGAGTATGATGAGTCGGGTCCAGCAATTGTTCACCGGAAGTGCTTCTAAGCTCTGGCTTTTTAATCGCTTATCTACAAGGCAG--

upper sequence: GLYMA08G19420.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os01g64630.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gtttgtactgatgttttttccccctcctattctcaacatcccccctcccacctcccccctttatgtgtacttacaagtaaaatgtattagtttatggaaagcattgagtgtttactttgttctcttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCATCGGAAGTGCTTCTAAGTTGG-GTCAAGAGCTGGATGGTGATCAAGTTCTT
                              |||    ||   | || | |  ||  |  |  |  ||   || | | |       |||    | || ||| |        |  ||||  ||          |||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||| ||||  ||||| ||   |||||||||||||||| | |   |||  || |   | ||||  |  | 
-----------------------------gtctagtaatatgcactactatttcttctttgaaattggtatttctattgctgatcattttgctctgcaaaactaatgacatccacttaatttgtc-----acagATGTGGATCTCCAAGGCCGAATACGATGAATCTGGTCCAGGCATCGTCCACATGAAGTGCTTCTAAGTTTGTGGGCAGATTTGTACCATTATCAGCTGAT-

upper sequence: GLYMA08G19420.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os10g36650.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gtttgtactgatgttttttccccctcctattctcaacatcccccctcccacctcccccctttatgtgtacttacaagtaaaatgtattagtttatggaaagcattgagtgtttactttgttctcttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCATCGGAAGTGCTTCTAAGTTGGGTCAAGAGCTGGATGGTGATCAAGTTCTT
                                  ||        |  ||| |       | |   |  |||| | ||     |  |  || || | ||   |||    ||||| ||||  | | || | |||||||||||||||| | ||  || ||||| |||||||| ||||||||||| ||  |||||||||||||  |  || | ||   |   |        |   | |
--------------------------------gtaatgcaaaatcatccaacagttaattcttgatacactttctagattgttcgagaaggttcttga---cat---atgttt-ctttccttttttttgtgcagATGTGGATCTCAAGGGCTGAGTATGAAGAATCTGGCCCAGCTATCGTCCACAGGAAGTGCTTCTAGATGTGGCCTAGCTGTATCTTTCATGAGAACCCCT

upper sequence: GLYMA08G19420.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os05g36290.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gtttgtactgatgttttttccccctcctattctcaacatcccccctcccacctcccccctttatgtgtacttacaagtaaaatgtattagtttatggaaagcattgagtgtttactttgttctcttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCATCGGAAGTGCTTCTAAGTTGGGT-CAAGAGCTGGATGGTGATCAAGTTCTT-
                                   ||||    ||       |     ||       ||  |  |  ||      ||    | | | |   |||         |     ||   ||     |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || |  || || |||  ||||||||||| || |   | | |    || |  | | |  | |||   
------------------------------aagagacatagaaccggaagtgtaatagctgctgtcataactgtatttattgcacatatcctca-gaatcacatctgacaacgataacatttgttt---cacagATGTGGATCTCCAAGGGCGAGTATGATGAATCTGGTCCTGGCATTGTCCATATGAAGTGCTTCTGAGCTTCTTGCCAAGTTTGTAGAGCGGT--ATTTCAAG

upper sequence: GLYMA08G19420.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os01g73310.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
----------------gtttgtactgatgttttttccccctcctattctcaac-atcccccctcccacctcccccctttatgtgtacttacaag--taaaatgtattagtttatggaaagcat-tgag---tgtttactttgttctcttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCATCGGAAGTGCTTCTAAGTTGGGTCAAGAGCTGGATGGTGATCAAGTTCTT---
                     | || |  |  |  ||        |||  ||| |   |    || | |       ||||| ||| |  || |   |  | | || | ||||    || |||  || |   ||||| ||| |   |  || |  ||||||||||| || ||||  || |||||||||||||| ||||| || |||||  |||||||||||| ||||   ||    ||||    |||     |||  |   
gtaagtccttatcattacagcttcttagatgctcaccagaattagttcataactacttcataaccaatccattttgtttatttgtccacaccaagttgtattttaatggttttgctaatgcacatgtgatttgtttgcttggcattgataaaaacagATGTGGATATCGAAGGATGAGTATGATGAATCTGGCCCAGCAATTGTTCACAGGAAGTGCTTCTGAGTT---TCTCATGCTGCCCTGTGCGTCGGTTTGTACT

upper sequence: GLYMA08G19420.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G126190_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
gtttgtactgatgttttttccccctc-ctattctcaacatcccccctcccacctcccccctttatgtgtacttacaagtaaaatgtattagtttatggaaagcattgagtgtttactttgttctcttata-tgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCATCGGAAGTGCTTCTAAGTTGGGTCAAGAGCTGGATGGTGATCAAGTTCTT
        | |    || |  | ||   |||| || |  | |     |  |  | ||  | ||  | ||| || || ||||  | |  | |||     ||| |||     | |    | ||  |  |||  | |||||||||||||| ||||  || || ||||| || || ||||| || ||||| |||||||||||||||| |          ||   |    ||    |   |
------gttaaaaccttataacacttgttattttccagttgctatggcaaatattccaacctttcg-gtagttcca-gtaagctct--tggttct--aaaaacat-----gctc---tcgtatttatatgctacagATGTGGATCTCAAAGGCTGAGTACGATGAGTCAGGACCAGCGATTGTTCACCGGAAGTGCTTCTAAGCTCAAGGGCCCCCTTCGTCCCCATTCTATGTAT

upper sequence: GLYMA08G19420.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv12s0178g00200.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
gtttgtactgatgttttttccccctcctattctcaacatcccccctcccacctcccccctttatgtgtacttacaagtaaaatgtattagtttatggaaagcattgagtgtttactttgttctcttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCATCGGAAGTGCTTCTAAGTTGGGTCAAGAGCTGGATGGTGATCAAGTTCTT
                                  || ||              ||    | |  ||| | | | |   ||   || |  | || |    ||  |       | | |   ||     || ||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| || || || || |||||  |||||||||||||| ||                               
------------------------------gtaaaaaattgttttatttgtgcccatgatgtgggtggaatgatagtcaaggagtttgtgattgt---tagtctcagagtctcattccatttaaaaat-tgcagATGTGGATATCCAAGGGTGAATACGATGAATCCGGTCCTGCCATTGTTCACAGGAAGTGCTTCTAATTT-------------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254336617|gb|GR842796.1|GR842796
EST:     GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG                         ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: gi|16347144|gb|BI972739.1|BI972739
EST:     GTGTCTGGATTGGGGGCTCTATCTTGGGATCACTTAGCACCTTCCAACAG                         ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: gi|37994160|gb|CF805906.1|CF805906
EST:     GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG                         ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: gi|254340888|gb|GR854616.1|GR854616
EST:     GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG                         ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: gi|254340887|gb|GR854615.1|GR854615
EST:     GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG                         ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: gi|11688644|gb|BF596320.1|BF596320
EST:     GCACCTTCCAACAG                         ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
genomic: GCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: gi|209728467|gb|BW654971.1|BW654971
EST:     GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG                         ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: gi|9563973|gb|BE473482.1|BE473482
EST:     GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG                         ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: gi|254341930|gb|GR853067.1|GR853067
EST:     GTCTGGATTTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCCAACAG                         ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCA
genomic: GTCTGGA-TTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTT-CCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCA
EST: gi|18733322|gb|BM527544.1|BM527544
EST:     GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG                         ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: gi|208114189|gb|GD909854.1|GD909854
EST:     GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATTACTTAGCACCTTCCAACAG                         ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: gi|208204109|gb|GE007390.1|GE007390
EST:     CACTTAGCACCTTCCAACAG                         ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
genomic: CACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: gi|5820128|gb|AI988334.1|AI988334
EST:     GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG                         ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGNTCAT
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: gi|31461788|gb|CD403816.1|CD403816
EST:     GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG                         ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: gi|192320063|gb|FK012593.1|FK012593
EST:     GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG                         ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATTTGGGCCAGCTATCGTTCAT
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: gi|209724346|gb|BW666632.1|BW666632
EST:     GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG                         ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: gi|18039466|gb|BM307760.1|BM307760
EST:     GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG                         ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: gi|15204485|gb|BI427253.1|BI427253
EST:     GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG                         ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: gi|120495575|gb|EH223742.1|EH223742
EST:     GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG                         ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: gi|254327324|gb|GR836933.1|GR836933
EST:     GTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG                         ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
genomic: GTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: gi|19348583|gb|BM893115.1|BM893115
EST:     GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG                         ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: gi|15664540|gb|BI701911.1|BI701911
EST:     GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG                         ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: gi|151411654|gb|EV281465.1|EV281465
EST:     GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG                         ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGACCAGCTATCGTTCAT
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: gi|10235694|gb|BE804582.1|BE804582
EST:     GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG                         ATGTGGATCTTTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTAT
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTAT
EST: gi|254332550|gb|GR846488.1|GR846488
EST:     GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG                         ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: gi|192294932|gb|FG986651.1|FG986651
EST:     GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG                         ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: gi|213598510|gb|DB975941.1|DB975941
EST:     ATCACTTAGCACCTTCCAACAG                         ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAG
genomic: ATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: gi|209709095|gb|BW658811.1|BW658811
EST:     GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG                         ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: gi|254332549|gb|GR846487.1|GR846487
EST:     GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG                         ATGTGGATCTCTAAGGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCA
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGG-CGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCA
EST: gi|209725129|gb|BW659811.1|BW659811
EST:     GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG                         ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: gi|22524082|gb|BU082893.1|BU082893
EST:     GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG                         ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCCTTCAT
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: gi|207838686|gb|GD810404.1|GD810404
EST:     GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG                         ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: gi|22523328|gb|BU082139.1|BU082139
EST:     GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG                         ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: gi|15203415|gb|BI426183.1|BI426183
EST:     GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG                         ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: gi|254314535|gb|GR829528.1|GR829528
EST:     GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG                         ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: gi|8401686|gb|BE057320.1|BE057320
EST:     ATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG                         ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
genomic: ATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: gi|214008043|gb|DB988458.1|DB988458
EST:     GTATATGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG                         ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATAAGGGCCAGCTATCGTTCAT
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: gi|13481082|gb|BG510425.1|BG510425
EST:     GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG                         ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: gi|37996793|gb|CF808382.1|CF808382
EST:     GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG                         ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: gi|192320064|gb|FK012594.1|FK012594
EST:     GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG                         ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
EST: gi|9258855|gb|BE347002.1|BE347002
EST:     GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAG                         ATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT
genomic: GTGTCTGGATTGGTGGCTCTATCTTGGCATCACTTAGCACCTTCCAACAGgtttgtactg ... ttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaatgtattagtttatggaaagcattgagtgtttactttgttctcttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCATCGGAAGTGCTTCTAAGTTGGGTCAAGAGCTGGATGGTGATCAAGTTCTT
                               tttactttgttctctt  CT-rich tract
     tattagtttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtttgtactgatgttttttccccctcctattctcaacatcccccctcccacctcccccctttatgtgtacttacaagtaaaatgtattagtttatggaaagcattgagtgtttactttgttctcttatatgcagATGTGGATCTCTAAGGGCGAATATGATGAATCTGGGCCAGCTATCGTTCATCGGAAGTGCTTCTAAGTTGGGTCAAGAGCTGGATGGTGATCAAGTTCTT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA