Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CGCTGACGCTCTTTCGCGAAACACTCCCCTTGCTGCGGTTGCTCCATCACCTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAGGTgtgttttgttcaccgattctgcgatttgcgttttcgtctgatgaatttttgtgtttacatggcgtttttggttactggatccgtaaacttttgttgtgct...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G19420.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|19452328|gb|BM953738.1|BM953738
EST:     CTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAA-G-                         GTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
genomic: CTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAGGTgtgttttgtt ... tctgctacagGTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
EST: gi|10709340|gb|BF009064.1|BF009064
EST:     CTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAA-G-                         GTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
genomic: CTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAGGTgtgttttgtt ... tctgctacagGTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
EST: gi|21993760|gb|BQ785288.1|BQ785288
EST:     CTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAA-G-                         GTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
genomic: CTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAGGTgtgttttgtt ... tctgctacagGTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
EST: gi|209728466|gb|BW654970.1|BW654970
EST:     CT-A--A--T---CACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAA-G-                         GTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
genomic: CTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAGGTgtgttttgtt ... tctgctacagGTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
EST: gi|7796620|gb|AW782017.1|AW782017
EST:     TGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAA-G-                         GTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
genomic: TGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAGGTgtgttttgtt ... tctgctacagGTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
EST: gi|213599978|gb|DB966466.1|DB966466
EST:     CT-A--A--T---CACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAA-G-                         GTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
genomic: CTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAGGTgtgttttgtt ... tctgctacagGTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
EST: gi|21888779|gb|BQ741992.1|BQ741992
EST:     CTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGT-AATCACGTTTAGTTCGCACAA-G-                         GTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
genomic: CTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAGGTgtgttttgtt ... tctgctacagGTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
EST: gi|209709094|gb|BW658810.1|BW658810
EST:     CT-A--A--T---CACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAA-G-                         GTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
genomic: CTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAGGTgtgttttgtt ... tctgctacagGTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
EST: gi|209725128|gb|BW659810.1|BW659810
EST:     CT-A--A--T---CACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAA-G-                         GTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
genomic: CTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAGGTgtgttttgtt ... tctgctacagGTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
EST: gi|254341929|gb|GR853066.1|GR853066
EST:     CTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAA-G-                         GTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
genomic: CTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAGGTgtgttttgtt ... tctgctacagGTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
EST: gi|19934990|gb|BQ080020.1|BQ080020
EST:     CTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAA-G-                         GTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
genomic: CTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAGGTgtgttttgtt ... tctgctacagGTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
EST: gi|13481730|gb|BG511073.1|BG511073
EST:     CACTTCCCCTGTAAATCAAGTTTAGTTCGCACAA-G-                         GTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
genomic: CACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAGGTgtgttttgtt ... tctgctacagGTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
EST: gi|19269584|gb|BM885840.1|BM885840
EST:     CTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAA-G-                         GTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
genomic: CTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAGGTgtgttttgtt ... tctgctacagGTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
EST: gi|37997297|gb|CF808886.1|CF808886
EST:     CTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAA-G-                         GTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
genomic: CTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAGGTgtgttttgtt ... tctgctacagGTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
EST: gi|254314534|gb|GR829527.1|GR829527
EST:     CCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAA-G-                         GTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
genomic: CCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAGGTgtgttttgtt ... tctgctacagGTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
EST: gi|192294121|gb|FG986210.1|FG986210
EST:     CTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTGGTTCGCACAA-G-                         GTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
genomic: CTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAGGTgtgttttgtt ... tctgctacagGTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
EST: gi|207690279|gb|GD672896.1|GD672896
EST:     TTTAGTTCGCACAA-G-                         GTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
genomic: TTTAGTTCGCACAAGGTgtgttttgtt ... tctgctacagGTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
EST: gi|254325319|gb|GR838200.1|GR838200
EST:     CCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAA-G-                         GTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
genomic: CCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAGGTgtgttttgtt ... tctgctacagGTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
EST: gi|254348917|gb|GR852596.1|GR852596
EST:     CTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAA-G-                         GTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA
genomic: CTAATCACTTCCCCACTTCCCCTGTAAATCACGTTTAGTTCGCACAAGGTgtgttttgtt ... tctgctacagGTTTTAAAAAATGGCTGATGCTGAGGACATTCAACCTCTTGTTGTTGATAA