1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
GAGAAGATGACCCAAATTATGTTTGAGACTTTCAATGTGCCTGCCATGTATGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAGgtttgtttctgtgattgatcttggatttaccaattttactatactgtggtcatgtgatttcaattggattgggccagttatttgaataaatgctgtatgt...
species | Glycine max |
transcript | GLYMA08G19420.1 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAG GTATTGTGCTTGATTCTGGCGATGGTGTGAGCCACACAGTTCCCATATATGEST: gi|19452328|gb|BM953738.1|BM953738
genomic: TGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAGgtttgtttct ... cattaaacagGTATTGTGCTTGATTCTGGTGATGGTGTGAGCCACACAGTTCCCATATATG
EST: TGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAG GTATTGTGCTTGAEST: gi|21993760|gb|BQ785288.1|BQ785288
genomic: TGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAGgtttgtttct ... cattaaacagGTATTGTGCTTGA
EST: TGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAG GTATTGTGCTTGATTCTGGTGATGGTGTGAGCCACACAGTTCCCATATATGEST: gi|209728466|gb|BW654970.1|BW654970
genomic: TGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAGgtttgtttct ... cattaaacagGTATTGTGCTTGATTCTGGTGATGGTGTGAGCCACACAGTTCCCATATATG
EST: TGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAG GTATTGTGCTTGATTCTGGTGATGGTGTGAGCCACACAGTTCCCATATATGEST: gi|7796620|gb|AW782017.1|AW782017
genomic: TGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAGgtttgtttct ... cattaaacagGTATTGTGCTTGATTCTGGTGATGGTGTGAGCCACACAGTTCCCATATATG
EST: TGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAG GTATTGTGCTTGATTCTGGTGATGGTGTGAGCCACACAGTTCCCATATATGEST: gi|213599978|gb|DB966466.1|DB966466
genomic: TGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAGgtttgtttct ... cattaaacagGTATTGTGCTTGATTCTGGTGATGGTGTGAGCCACACAGTTCCCATATATG
EST: TGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAG GTATTGTGCTTGATTCTGGTGATGGTGTGAGCCACACAGTTCCCATATATGEST: gi|21888779|gb|BQ741992.1|BQ741992
genomic: TGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAGgtttgtttct ... cattaaacagGTATTGTGCTTGATTCTGGTGATGGTGTGAGCCACACAGTTCCCATATATG
EST: TGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAG GTATTGTGCTTGATTCTGGTGATGGTGTGAGCCACACAGTTCCCATATATGEST: gi|15815712|gb|BI787987.1|BI787987
genomic: TGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAGgtttgtttct ... cattaaacagGTATTGTGCTTGATTCTGGTGATGGTGTGAGCCACACAGTTCCCATATATG
EST: TGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAG GTATTGTGCTTGATTCTGGTGATGGTGTGAGCCACACAGTTCCCATATATGEST: gi|209709094|gb|BW658810.1|BW658810
genomic: TGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAGgtttgtttct ... cattaaacagGTATTGTGCTTGATTCTGGTGATGGTGTGAGCCACACAGTTCCCATATATG
EST: TGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAG GTATTGTGCTTGATTCTGGTGATGGTGTGAGCCACACAGTTCCCATATATGEST: gi|209725128|gb|BW659810.1|BW659810
genomic: TGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAGgtttgtttct ... cattaaacagGTATTGTGCTTGATTCTGGTGATGGTGTGAGCCACACAGTTCCCATATATG
EST: TGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAATGGAAGAACTACAG GTATTGTGCTTGATTCTGGTGATGGTGTGAGCCACACAGTTCCCATATATGEST: gi|254341929|gb|GR853066.1|GR853066
genomic: TGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAGgtttgtttct ... cattaaacagGTATTGTGCTTGATTCTGGTGATGGTGTGAGCCACACAGTTCCCATATATG
EST: TGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAG GTATTGTGCTTGATTCTGGTGATGGTGTGAGCCACACAGTTCCCATATATGEST: gi|19934990|gb|BQ080020.1|BQ080020
genomic: TGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAGgtttgtttct ... cattaaacagGTATTGTGCTTGATTCTGGTGATGGTGTGAGCCACACAGTTCCCATATATG
EST: TGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAG GTATTGTGCTTGATEST: gi|13481730|gb|BG511073.1|BG511073
genomic: TGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAGgtttgtttct ... cattaaacagGTATTGTGCTTGAT
EST: TGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAG GTATTGTGCTAGATTCTGGTGATGGTGTGAGCCACACAGTTCCCATEST: gi|19269584|gb|BM885840.1|BM885840
genomic: TGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAGgtttgtttct ... cattaaacagGTATTGTGCTTGATTCTGGTGATGGTGTGAGCCACACAGTTCCCAT
EST: TGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAG GTATTGTGCTTGATTCTGGTGATGGTGTGAGCCAEST: gi|37997297|gb|CF808886.1|CF808886
genomic: TGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAGgtttgtttct ... cattaaacagGTATTGTGCTTGATTCTGGTGATGGTGTGAGCCA
EST: TGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAG GTATTGTGCTTGATTCEST: gi|254314534|gb|GR829527.1|GR829527
genomic: TGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAGgtttgtttct ... cattaaacagGTATTGTGCTTGATTC
EST: TGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAG GTATTGTGCTTGATTCTGGTGATGGTGTGAGCCACACAGTTCCCATATATGEST: gi|192294121|gb|FG986210.1|FG986210
genomic: TGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAGgtttgtttct ... cattaaacagGTATTGTGCTTGATTCTGGTGATGGTGTGAGCCACACAGTTCCCATATATG
EST: TGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAG GTATTGTGCTTGATTCTGGTGATGGTGTGAGCCACACAGTTCCCATATATGEST: gi|10237624|gb|BE806512.1|BE806512
genomic: TGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAGgtttgtttct ... cattaaacagGTATTGTGCTTGATTCTGGTGATGGTGTGAGCCACACAGTTCCCATATATG
EST: TGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAG GTATTGTGCTTGATTCTGGTGATGGTGTGAGCCACACAGTTCCCATATATGEST: gi|5760178|gb|AI965541.1|AI965541
genomic: TGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAGgtttgtttct ... cattaaacagGTATTGTGCTTGATTCTGGTGATGGTGTGAGCCACACAGTTCCCATATATG
EST: TGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAG GTATTGTGCTTGATTCTGGTGATGGTGTGAGCCACACAGTTCCCATATATGEST: gi|13477495|gb|BG507357.1|BG507357
genomic: TGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAGgtttgtttct ... cattaaacagGTATTGTGCTTGATTCTGGTGATGGTGTGAGCCACACAGTTCCCATATATG
EST: TGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAG GTATTGTGCTTGATTCTGGTGATGGTGTGAGCCACACAGTTCCCATATATGEST: gi|13478134|gb|BG507739.1|BG507739
genomic: TGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAGgtttgtttct ... cattaaacagGTATTGTGCTTGATTCTGGTGATGGTGTGAGCCACACAGTTCCCATATATG
EST: TGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTATCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAG GTATTGTGCTTGATTCTGGTGATGGTGTGAGCCACACAGTTCCCATATATGEST: gi|254325319|gb|GR838200.1|GR838200
genomic: TGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAGgtttgtttct ... cattaaacagGTATTGTGCTTGATTCTGGTGATGGTGTGAGCCACACAGTTCCCATATATG
EST: TGTTGCAATTCACGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAG GTATTGTGCTTGATTCTGGTGATGGTGTGAGCCACACAGTTCCCATATATGEST: gi|254348917|gb|GR852596.1|GR852596
genomic: TGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAGgtttgtttct ... cattaaacagGTATTGTGCTTGATTCTGGTGATGGTGTGAGCCACACAGTTCCCATATATG
EST: TGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAG GTATTGTGCTTGATTCTGGTGATGGTGTGAGCCACACAGTTCCCATATATGEST: gi|213588504|gb|DB961621.1|DB961621
genomic: TGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAGgtttgtttct ... cattaaacagGTATTGTGCTTGATTCTGGTGATGGTGTGAGCCACACAGTTCCCATATATG
EST: TGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAG GTATTGTGCTTGATTCTGGTGATGGTGTGAGCCACACAGTTCCCATATATGEST: gi|14125881|gb|BG790319.1|BG790319
genomic: TGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAGgtttgtttct ... cattaaacagGTATTGTGCTTGATTCTGGTGATGGTGTGAGCCACACAGTTCCCATATATG
EST: GTCTCTGTATGCCAGTGGACGAACTACAG GTATTGTGCTTGATTCTGGTGATGGTGTGAGCCACACAGTTCCCATATATGEST: gi|16346363|gb|BI971958.1|BI971958
genomic: GTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAGgtttgtttct ... cattaaacagGTATTGTGCTTGATTCTGGTGATGGTGTGAGCCACACAGTTCCCATATATG
EST: TGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAG GTATTGTGCTTGATTCTGGTGATGGTGTGAGCCACACAGTTCCCATATATG
genomic: TGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAGgtttgtttct ... cattaaacagGTATTGTGCTTGATTCTGGTGATGGTGTGAGCCACACAGTTCCCATATATG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GAGAAGATGACCCAAATTATGTTTGAGACTTTCAATGTGCCTGCCATGTATGTTGCAATTCAGGCTGTCTTGTCTCTGTATGCCAGTGGAAGAACTACAGgtttgtttctgtgattgatcttggatttaccaattttactatactgtggtcatgtgatttcaattggattgggccagttatttgaataaatgctgtatgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC