Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCATGATTGCGCCTGGGATGATGGCTCCGGGTATGGTGTTTGGTCCTGCCTATGGCTACGCATCGCCAGgtgagggtcgtaggtttgcttagcaatctgcgggcattcgcccaacgcaaagttgctgcctgcag

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDP05806
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|10789639|gb|AV627004.1|AV627004
EST:     GATGGCTCCGGGTATGGTGTTTGGTCCTGCCTATGGCTACGCATCGCCAG                         GCCCCATCTCAACTATGACAACAGCAGATGGGCTTCGGGGTGCATATGCTT
genomic: GATGGCTCCGGGTATGGTGTTTGGTCCTGCCTATGGCTACGCATCGCCAGgtgagggtcg ... ctgcctgcagGCCCCATCTCAACTATGACAACAGCAGATGGGCTTCGGGGTGCATATGCTT
EST: gi|10789608|gb|AV626973.1|AV626973
EST:     GATGGCTCCGGGTATGGTGTTTGGTCCTGCCTATGGCTACGCATCGCCAG                         GCCCCATCTCAACTATGACAACAGCAGATGGGCTTCGGGGTGCATATGCTT
genomic: GATGGCTCCGGGTATGGTGTTTGGTCCTGCCTATGGCTACGCATCGCCAGgtgagggtcg ... ctgcctgcagGCCCCATCTCAACTATGACAACAGCAGATGGGCTTCGGGGTGCATATGCTT
EST: gi|10792473|gb|AV629839.1|AV629839
EST:     GATGGCTCCGGGTATGGTGTTTGGTCCTGCCTATGGCTACGCATCGCCAG                         GCCCCATCTCAACTATGACAACAGCAGATGGGCTTCGGGGTGCATATGCTT
genomic: GATGGCTCCGGGTATGGTGTTTGGTCCTGCCTATGGCTACGCATCGCCAGgtgagggtcg ... ctgcctgcagGCCCCATCTCAACTATGACAACAGCAGATGGGCTTCGGGGTGCATATGCTT
EST: gi|10791527|gb|AV628893.1|AV628893
EST:     GATGGCTCCGGGTATGGTGTTTGGTCCTGCCTATGGCTACGCATCGCCAG                         GCCCCATCTCAACTATGACAACAGCAGATGGGCTTCGGGGTGCATATGCTT
genomic: GATGGCTCCGGGTATGGTGTTTGGTCCTGCCTATGGCTACGCATCGCCAGgtgagggtcg ... ctgcctgcagGCCCCATCTCAACTATGACAACAGCAGATGGGCTTCGGGGTGCATATGCTT
EST: gi|10793639|gb|AV631005.1|AV631005
EST:     GATGGCTCCGGGTATGGTGTTTGGTCCTGCCTATGGCTACGCATCGCCAG                         GCCCCATCTCAACTATGACAACAGCAGATGGGCTTCGGGGTGCATATGCTT
genomic: GATGGCTCCGGGTATGGTGTTTGGTCCTGCCTATGGCTACGCATCGCCAGgtgagggtcg ... ctgcctgcagGCCCCATCTCAACTATGACAACAGCAGATGGGCTTCGGGGTGCATATGCTT
EST: gi|10127586|gb|BE726290.1|BE726290
EST:     GATGGCTCCGGGTATGGTGTTTGGTCCTGCCTATGGCTACACATCGCCAG                         GCCCCATCTGAACTATGACAACAGCAGATGGGCTTGGGGGTGCATATGCTT
genomic: GATGGCTCCGGGTATGGTGTTTGGTCCTGCCTATGGCTACGCATCGCCAGgtgagggtcg ... ctgcctgcagGCCCCATCTCAACTATGACAACAGCAGATGGGCTTCGGGGTGCATATGCTT
EST: gi|10793380|gb|AV630746.1|AV630746
EST:     GATGGCTCCGGGTATGGTGTTTGGTCCTGCCTATGGCTACGCATCGCCAG                         GCCCCATCTCAACTATGACAACAGCAGATGGGCTTCGGGGTGCATATGCTT
genomic: GATGGCTCCGGGTATGGTGTTTGGTCCTGCCTATGGCTACGCATCGCCAGgtgagggtcg ... ctgcctgcagGCCCCATCTCAACTATGACAACAGCAGATGGGCTTCGGGGTGCATATGCTT
EST: gi|49468598|gb|BP096459.1|BP096459
EST:     GATGGCTCCGGGTATGGTGTTTGGTCCTGCCTATGGCTACGCATCGCCAG                         GCCCCATCTCAACTATGACAACAGCAGATGGGCTTCGGGGTGCATATGCTT
genomic: GATGGCTCCGGGTATGGTGTTTGGTCCTGCCTATGGCTACGCATCGCCAGgtgagggtcg ... ctgcctgcagGCCCCATCTCAACTATGACAACAGCAGATGGGCTTCGGGGTGCATATGCTT