Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagcgaaaataaacaaagcgaggcagtcgatgcgaccaaagtcaagtcgacgaccgaatttacgcattgcctctgttgcagGCATGATTGCGCCTGGGATGATGGCTCCGGGTATGGTGTTTGGTCCTGCCTATGGCTACGCATCGCCAG

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDP05806
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|10789639|gb|AV627004.1|AV627004
EST:     CGGCCCGCAGACCCAATGGGTGCCTGTGGGAGTTCCCTACGTGCCAAATG                         GCATGATTGCGCCTGGGATGATGGCTCCGGGTATGGTGTTTGGTCCTGCCT
genomic: CGGCCCGCAGACCCAATGGGTGCCTGTGGGAGTTCCCTACGTGCCAAATGgtaagcgaaa ... tctgttgcagGCATGATTGCGCCTGGGATGATGGCTCCGGGTATGGTGTTTGGTCCTGCCT
EST: gi|10789608|gb|AV626973.1|AV626973
EST:     CGGCCCGCAGACCCAATGGGTGCCTGTGGGAGTTCCCTACGTGCCAAATG                         GCATGATTGCGCCTGGGATGATGGCTCCGGGTATGGTGTTTGGTCCTGCCT
genomic: CGGCCCGCAGACCCAATGGGTGCCTGTGGGAGTTCCCTACGTGCCAAATGgtaagcgaaa ... tctgttgcagGCATGATTGCGCCTGGGATGATGGCTCCGGGTATGGTGTTTGGTCCTGCCT
EST: gi|10792473|gb|AV629839.1|AV629839
EST:     CGGCCCGCAGACCCAATGGGTGCCTGTGGGAGTTCCCTACGTGCCAAATG                         GCATGATTGCGCCTGGGATGATGGCTCCGGGTATGGTGTTTGGTCCTGCCT
genomic: CGGCCCGCAGACCCAATGGGTGCCTGTGGGAGTTCCCTACGTGCCAAATGgtaagcgaaa ... tctgttgcagGCATGATTGCGCCTGGGATGATGGCTCCGGGTATGGTGTTTGGTCCTGCCT
EST: gi|10791527|gb|AV628893.1|AV628893
EST:     CGGCCCGCAGACCCAATGGGTGCCTGTGGGAGTTCCCTACGTGCCAAATG                         GCATGATTGCGCCTGGGATGATGGCTCCGGGTATGGTGTTTGGTCCTGCCT
genomic: CGGCCCGCAGACCCAATGGGTGCCTGTGGGAGTTCCCTACGTGCCAAATGgtaagcgaaa ... tctgttgcagGCATGATTGCGCCTGGGATGATGGCTCCGGGTATGGTGTTTGGTCCTGCCT
EST: gi|10793639|gb|AV631005.1|AV631005
EST:     CGGCCCGCAGACCCAATGGGTGCCTGTGGGAGTTCCCTACGTGCCAAATG                         GCATGATTGCGCCTGGGATGATGGCTCCGGGTATGGTGTTTGGTCCTGCCT
genomic: CGGCCCGCAGACCCAATGGGTGCCTGTGGGAGTTCCCTACGTGCCAAATGgtaagcgaaa ... tctgttgcagGCATGATTGCGCCTGGGATGATGGCTCCGGGTATGGTGTTTGGTCCTGCCT
EST: gi|10127586|gb|BE726290.1|BE726290
EST:     CGGCCCGCAGACCCAATGGGTGCCTGTGGGAGTTCCCTACGTGCCAAATG                         GCATGATTGCGCCTGGGATGATGGCTCCGGGTATGGTGTTTGGTCCTGCCT
genomic: CGGCCCGCAGACCCAATGGGTGCCTGTGGGAGTTCCCTACGTGCCAAATGgtaagcgaaa ... tctgttgcagGCATGATTGCGCCTGGGATGATGGCTCCGGGTATGGTGTTTGGTCCTGCCT
EST: gi|10793380|gb|AV630746.1|AV630746
EST:     CGGCCCGCAGACCCAATGGGTGCCTGTGGGAGTTCCCTACGTGCCAAATG                         GCATGATTGCGCCTGGGATGATGGCTCCGGGTATGGTGTTTGGTCCTGCCT
genomic: CGGCCCGCAGACCCAATGGGTGCCTGTGGGAGTTCCCTACGTGCCAAATGgtaagcgaaa ... tctgttgcagGCATGATTGCGCCTGGGATGATGGCTCCGGGTATGGTGTTTGGTCCTGCCT
EST: gi|49468598|gb|BP096459.1|BP096459
EST:     CGGCCCGCAGACCCAATGGGTGCCTGTGGGAGTTCCCTACGTGCCAAATG                         GCATGATTGCGCCTGGGATGATGGCTCCGGGTATGGTGTTTGGTCCTGCCT
genomic: CGGCCCGCAGACCCAATGGGTGCCTGTGGGAGTTCCCTACGTGCCAAATGgtaagcgaaa ... tctgttgcagGCATGATTGCGCCTGGGATGATGGCTCCGGGTATGGTGTTTGGTCCTGCCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcgatgcgaccaaagtcaagtcgacgaccgaatttacgcattgcctctgttgcagGCATGATTGCGCCTGGGATGATGGCTCCGGGTATGGTGTTTGGTCCTGCCTATGGCTACGCATCGCCAG
                                        ttgcctct  CT-rich tract
                              aattta  TA-rich tract