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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCACCATTCCTATTCTTCTTTCCACATATGCAAAGCTTCTTATGCACGCTCAACCCCCGGATCCAGAACTGCAAAAAAAAGTTTGGGCTGTATTTAAGAAgtgagacttgctaactttgttgtccttcctcaatgttttgcttgtcatcatatgtactgtcttttttggtaaccaaatgaagtttcctaaatgagttttgttttcgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G22770.2
intron # 17
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT5G22770.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 17
lower sequence: Vv06s0061g01170.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 16
CCACCATTCCTATTCTTCTTTCCACATATGCAAAGCTTCTTATGCACGCTCAACCCCCGGATCCAGAACTGCAAAAAAAAGTTTGGGCTGTATTTAAGAAgtgagacttgctaactttgttgtccttcctcaatgttt-tgcttgtcatcatatgtactgtcttttttggtaaccaaatgaagtttcctaaatgagttttgttttcg-cag
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CTACAGTTCCTATTCTTCTTTCAACATATGCTAAGATTTTGATGCACACTCAACCCTCAGACCCAGAACTACAGAATCAGATTTGGGCAATATTCAGCAAgtgagat---aaagtttaaccaatactgatttatatttctttttattacactagaagttgatatctcctgaaacattgtggaattctttaacacaattttgcattcttcag