Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTAGCCCTGTTGGTCATCAGTCTACCCATGATATCTTTTCTGGTCAGTTAGCAGCGTTGGTAGCTACTACAATTGAGCATGTCATAGCTCCTGATGTCAGgtaatatgatatgtgagactttacgtccttctagcaatgaaaattatgcttaaatgattaattctgagtgcattgtgctaacttctag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G16180.2
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT4G16180.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os03g19690.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
TTAGCCCTGTTGGTCATCAGTCTACCCATGATATCTTTTCTGGTCAGTTAGCAGCGTTGGTAGCTACTACAATTGAGCATGTCATAGCTCCTGATGTCAGgtaata-tgatatgtgagactttacgtc-------------cttctagcaatgaaaatta--tgcttaaatgattaattctgagtgcattgtgctaacttctag
||    ||    ||  |   || || || ||||| |||  ||| ||| | |  | |||  |  | ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| |  |   | || |   |||   ||             | |||  ||| |  ||||      |  | | || || |    ||  |  ||  | ||||    
TTGCTGCTCCCAGTGCTAGTTCAACACAAGATATTTTTATTGGGCAGCTTGGTGGGTTAATTTCAACTACCATTGAGCATGTTATTGCTCCTGATGTCAGgtattgcttgaaagttaccgtttggatcacagttgctttatcatctgacaaagttaattggtaattccattaatcaaatgattgtctaaagtattcactt----