1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
GTCTATGTATGGAGCAAACAAAATCCTTATATTCACATGAGTTTCCTTGGTCTGTTCACCTTCACAGCAGCTTACCTACCATGGgtgagtttaactctctcgtttccctaaacttccaccggaatgaataaataacatcttctgcaaattctggcttttgcag
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT4G04860.1 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ACATGAGTTTCCTTGGTCTGTTCACCTTCACAGCAGCTTACCTACCATGG GTGCTTCTTGGCTTCTCTATCCTTGTTGGTGCCAGEST: gi|164016400|gb|ES194426.1|ES194426
genomic: ACATGAGTTTCCTTGGTCTGTTCACCTTCACAGCAGCTTACCTACCATGGgtgagtttaa ... gcttttgcagGTGCTTCTTGGCTTCTCTATCCTTGTTGGTGCCAG
EST: GTTTCCTTGGTCTGTTCACCTTCACAGCAGCTTACCTACCATGG GTGCTTCTTGGCTTCTATATCCTTGTTGGTGCCAGTGCTTGGGTGGATCTT
genomic: GTTTCCTTGGTCTGTTCACCTTCACAGCAGCTTACCTACCATGGgtgagtttaa ... gcttttgcagGTGCTTCTTGGCTTCTCTATCCTTGTTGGTGCCAGTGCTTGGGTGGATCTT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTCTATGTATGGAGCAAACAAAATCCTTATATTCACATGAGTTTCCTTGGTCTGTTCACCTTCACAGCAGCTTACCTACCATGGgtgagtttaactctctcgtttccctaaacttccaccggaatgaataaataacatcttctgcaaattctggcttttgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT