Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGAACTCAGTAATGGCGACGTATCCTTCTGTGATTGAGAGAACCGTTGCTTCGTCTCTTCTTCTCCTTTCCTATGGACCAGTGTTCTTCTCACCTAAAAGgttcgcagaacccaatctcgtttcaatttctgtgttaattttgaggctcgcggttttagatctgtgttatcttccttgtttgattatgattatcgtattgggtgattattag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G57440.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116376518|gb|EG419110.1|EG419110
EST:     TCCTCTCTTCTTCTCCTTTCCTATGGACCAGTGTTCTTCTCACCTAAAAG                         GTCGGAATCTGTAGAGGAATCGAGCTATGTGAGGAAGTGGTGTCACGAAGG
genomic: TCGTCTCTTCTTCTCCTTTCCTATGGACCAGTGTTCTTCTCACCTAAAAGgttcgcagaa ... tgattattagGTCGGAATCTGTAGAGGAATCGAGCTATGTGAGGAAGTGGTGTCACGAAGG
EST: gi|116376528|gb|EG419120.1|EG419120
EST:     TCGTCTCTTCTTCTCCTTTCCTATGGACCAGTGTTCTTCTCACCTAAAAG                         GTCGGAATCTGTAGAGGAATCGAGCTATGTGAGGAAGTGGTGTCACGAAGG
genomic: TCGTCTCTTCTTCTCCTTTCCTATGGACCAGTGTTCTTCTCACCTAAAAGgttcgcagaa ... tgattattagGTCGGAATCTGTAGAGGAATCGAGCTATGTGAGGAAGTGGTGTCACGAAGG
EST: gi|116376722|gb|EG419314.1|EG419314
EST:     TCGTCTCTTCTTCTCCTTTCCTATGGACCAGTGTTCTTCTCACCTAAAAG                         GTCGGAATCTGTAGAGGAATCGAGCTATGTGAGGAAGTGGTGTCACGAAGG
genomic: TCGTCTCTTCTTCTCCTTTCCTATGGACCAGTGTTCTTCTCACCTAAAAGgttcgcagaa ... tgattattagGTCGGAATCTGTAGAGGAATCGAGCTATGTGAGGAAGTGGTGTCACGAAGG
EST: gi|116376709|gb|EG419301.1|EG419301
EST:     TCGTCTCTTCTTCTCCTTTCCTATGGACCAGTGTTCTTCTCACCTAAAAG                         GTCGGAATCTGTAGAGGAATCGAGCTATGTGAGGAAGCGGTGTCACGAAGG
genomic: TCGTCTCTTCTTCTCCTTTCCTATGGACCAGTGTTCTTCTCACCTAAAAGgttcgcagaa ... tgattattagGTCGGAATCTGTAGAGGAATCGAGCTATGTGAGGAAGTGGTGTCACGAAGG
EST: gi|116376723|gb|EG419315.1|EG419315
EST:     TCGTCTCTTCTTCTCCTTTCCTATGGACCAGTGTTCTTCTCACCTAAAAG                         GTCGGAATCTGTAGAGGAATCGAGCTATGTGAGGAAGTGGTGTCACGAAGG
genomic: TCGTCTCTTCTTCTCCTTTCCTATGGACCAGTGTTCTTCTCACCTAAAAGgttcgcagaa ... tgattattagGTCGGAATCTGTAGAGGAATCGAGCTATGTGAGGAAGTGGTGTCACGAAGG
EST: gi|116376526|gb|EG419118.1|EG419118
EST:     TCGTCTCTTCTTCTCCTTTCCTATGGACCAGTGTTCTTCTCACCTAAAAG                         GTCGGAATCTGTAGAGGAATCGAGCTATGTGAGGAAGTGGTGTCACGAAGG
genomic: TCGTCTCTTCTTCTCCTTTCCTATGGACCAGTGTTCTTCTCACCTAAAAGgttcgcagaa ... tgattattagGTCGGAATCTGTAGAGGAATCGAGCTATGTGAGGAAGTGGTGTCACGAAGG
EST: gi|116376708|gb|EG419300.1|EG419300
EST:     TCGTCTCTTCTTCTCCTTTCCTATGGACCAGTGTTCTTCTCACCTAAAAG                         GTCGGAATCTGTAGAGGAATCGAGCTATGTGAGGAAGCGGTGTCACGAAGG
genomic: TCGTCTCTTCTTCTCCTTTCCTATGGACCAGTGTTCTTCTCACCTAAAAGgttcgcagaa ... tgattattagGTCGGAATCTGTAGAGGAATCGAGCTATGTGAGGAAGTGGTGTCACGAAGG
EST: gi|116376721|gb|EG419313.1|EG419313
EST:     TCGTCTCTTCTTCTCCTTTCCTATGGACCAGTGTTCTTCTCACCTAAAAG                         GTCGGAATCTGTAGAGGAATCGAGCTATGTGAGGAAGTGGTGTCACGAAGG
genomic: TCGTCTCTTCTTCTCCTTTCCTATGGACCAGTGTTCTTCTCACCTAAAAGgttcgcagaa ... tgattattagGTCGGAATCTGTAGAGGAATCGAGCTATGTGAGGAAGTGGTGTCACGAAGG