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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGGCCCATAAATTACTACAACCCGCAGACAAAACTTTAAGGACCATGGCTATTGAATTTGCTGAATACCAGgtataccaatatagatctatgtcggaaaaaattaaccaatagtgttaccatctgcatatcaatcatctactgcgtatcactttctcttagttgttgcaatattttccctatctaatgcatccagacatgcttcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G44340.2
intron # 15
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT3G44340.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 15
lower sequence: Vv19s0014g05310.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 14
GAGGCCCATAAATTACTACAACCCGCAGACAAAACTTTAAGGACCATGGCTATTGAATTTGCTGAATACCAGgtataccaatatagatctatgtcggaaaaaattaaccaatagtgttaccatctgcatatcaatcatctactgcgtatcactttctcttag--ttgttgcaatattttccctatctaatgcatccagacatgcttcag
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GAGGCCCATAAATTACTCCAACCAGCAGACAAAACTCTGAAAACAATGGCAATTGAATTTGCTGAGTATCAGgtaaagcaat-tagttttattatg------att--ctgattgggttatgatttgagtactcatagatttatgtaaatctttatatcttaaacttttttcag------------------------------------