Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   		42  
 5'  3'   		43  
 5'  3'   		44  
 5'  3'   		45  
 5'  3'   		46  
 5'  3'   		47  
 5'  3'   		48  
 5'  3'   		49  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttagtttattccatcagcatgcttcattttccgataacctttgatcctctgactaaatttgattacatgatctgagatatctcccatgtgaactttgaaatagGTCTTTACCTTCAGCCAGAAGATTTCTGTCAATTTCCAGCTTTTACTGAGGTTTATACAAGGTCTATCCTTATTGATGGCTCTAGCTGGCATAATCGTAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G07160.1
intron # 48
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT3G07160.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 48
lower sequence: GLYMA10G44150.1 (Glycine max), 3'ss of exon 49
gttagtttattccatcagcatgcttcattttccgataacctttgatcctctgactaaatttgattacatgatctga-gatatctcccatgtgaactttgaaatagGTCTTTACCTTCAGCCAGAAGATTTCTGTCAATTTCCAGCTTTTACTGAGGTTTATACAAGGTCTATCCTTATTGATGGCTCTAGCTGGCATAATCGTAG
             |  |  |||| |  | ||       | ||| |   | |   |   |   |||   |    ||| | |||||    |     ||    ||||||| || ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||| |  || | |||||||||||  | ||| | ||| | || || |||||  || | ||||
----------gtgaaaaatatgcattgtgtttgtgatccatttaaatgtgtatgttggtc--attttgtatcttgatgctatcttttgttcttgctc---aatagGTATTCACCTTTAGCCAGAAGATATCGGTCAATTTCCAGCTTCTTTTGCGCTTTATACAAGGAGTCTCCCTTTTGGTTGCACTGGCTGGTTTAGTTGTAG

upper sequence: AT3G07160.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 48
lower sequence: GLYMA20G38860.1 (Glycine max), 3'ss of exon 51
gttagtttattccatcagcatgcttcattttccgataacctttgatcctctgactaaatttgattacatgatctga-gatatctcccatgtgaactttgaaatagGTCTTTACCTTCAGCCAGAAGATTTCTGTCAATTTCCAGCTTTTACTGAGGTTTATACAAGGTCTATCCTTATTGATGGCTCTAGCTGGCATAATCGTAG
             |  |  |||  |  | ||       | |||     | |   |   |   |||   |    ||| | |||||   ||      |    ||||||| || ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||| |  || | |||||||||||  | ||| | ||  | || || |||||  || | ||||
----------gtgaaaaatatgtgttgtgtttgtgctccatttagatgtgtatgttggt--aattttgtatcttgatgctatcttttattc---ttgaacaatagGTATTCACCTTTAGCCAGAAGATATCGGTCAATTTCCAGCTTCTTTTGCGCTTTATACAAGGAATCTCCCTTTTAGTTGCACTGGCTGGTTTAGTTGTAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116477106|gb|EG519698.1|EG519698
EST:     TGTACGGTTGGTCATGGGTTGCATTTGCAATGATTATAGTTCTTTTCAAG                         GTCTTTACCTTCAGCCAGAAGATTTCTGTCAATTTCCAGCTTTTACTGAGG
genomic: TGTACGGTTGGTCATGGGTTGCATTTGCAATGATTATAGTTCTTTTCAAGgttagtttat ... tttgaaatagGTCTTTACCTTCAGCCAGAAGATTTCTGTCAATTTCCAGCTTTTACTGAGG
EST: gi|86039421|gb|DR335176.1|DR335176
EST:     AATGATTATAGTTCTTTTCAAG                         GTCTTTACCTTCAGCCAGAAGATTTCTGTCAATTTCCAGCTTTTACTGAGG
genomic: AATGATTATAGTTCTTTTCAAGgttagtttat ... tttgaaatagGTCTTTACCTTCAGCCAGAAGATTTCTGTCAATTTCCAGCTTTTACTGAGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctgactaaatttgattacatgatctgagatatctcccatgtgaactttgaaatagGTCTTTACCTTCAGCCAGAAGATTTCTGTCAATTTCCAGCTTTTACTGAGGTTTATACAAGGTCTATCCTTATTGATGGCTCTAGCTGGCATAATCGTAG
     taaatttgattacat  TA-rich tract