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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtctgaaccagacatgcgtatatctatttacttattttctatcattaccttacatacttgttctgcgataatatgcagTGTCTCCTCCTTGGCATCTTTCATGTCCAATCAAGAAACCAGCTTTGTAACTCTAGGTCAACGAGTATTGGCAAAACCCTTAAA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G07160.1
intron # 36
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT3G07160.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 36
lower sequence: GLYMA20G38860.1 (Glycine max), 3'ss of exon 39
---------gtctgaaccagacatgcgtatatctattt-acttatttt--ctatcattacc-ttacatacttgttctgcgataatatgcagTGTCTCCTCCTTGGCATCTTTCATGTCCAATCAAGAAACCAGCTTTGTAACTCTAGGTCAACGAGTATTGGCAAAACCCTTAAA
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gtatgtgctgcttacatcctttgatagtgtccttttcggacttggttttgctgcatttgtggctgtgtaaagtctctgttactgtgtgcagTGTCTCATCTTTAGCATCATTTATGTCCAATCAAGAAACTAGTTTTGTGACTTTGGGGCAGCGAGTTTTAGCAAATCCATTGAA

upper sequence: AT3G07160.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 36
lower sequence: Vv06s0004g01200.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 34
------------gtctgaaccagacatgcgtatatctatttacttattttctatcatt--accttacatactt-gttctgcgataatatgcagTGTCTCCTCCTTGGCATCTTTCATGTCCAATCAAGAAACCAGCTTTGTAACTCTAGGTCAACGAGTATTGGCAAAACCCTTAAA
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gtacttttccacatagtagcttagcacttgaatgcttgttttctgactgataattatttcattttacctgataagttatacatgattttgcagTGTCTCTTCTTTAGCCTTATTTATGTCCAATCAAGAAACTAGCTTTGTTACTCTAGGCCAGCGTGTTCTGGCAAAACCTTTAAA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|124800108|gb|EH889773.1|EH889773
EST:     ATTCGACCACCTACTATTCTTGGAGTTAGGGAACATGTCTTTACTGGAAG                         TGTCTCCTCCTTGGCATCTTTCATG
genomic: ATTCGACCACCTACTATTCTTGGAGTTAGGGAACATGTCTTTACTGGAAGgtctgaacca ... taatatgcagTGTCTCCTCCTTGGCATCTTTCATG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctatttacttattttctatcattaccttacatacttgttctgcgataatatgcagTGTCTCCTCCTTGGCATCTTTCATGTCCAATCAAGAAACCAGCTTTGTAACTCTAGGTCAACGAGTATTGGCAAAACCCTTAAA
                       accttac  putative branch site (score: 3)
        ttattttctatcatta  TA-rich tract