Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGCAACACTCCATCGTAGACATGCGTCCTCAACAGAGAATGGCTCAGCTTTGCGAGCTTACAGGGGTCAAACTTATAACgtaattatactttatgaaattcttttttgatttctctctttaaaactgatttaacaacacatcgttggtctttgtgtgtag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G27680.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|124757452|gb|EH847582.1|EH847582
EST:     CAACAGAGAATGGCTCAGCTTTGCGAGCTTACAGGGGTCAAACTTATAAC                         ATATGGGACAGTTATGGGTGGTCTCTTGTCAGAGAAGTTT
genomic: CAACAGAGAATGGCTCAGCTTTGCGAGCTTACAGGGGTCAAACTTATAACgtaattatac ... ttgtgtgtagATATGGGACAGTTATGGGTGGTCTCTTGTCAGAGAAGTTT
EST: gi|125267164|gb|EL281249.1|EL281249
EST:     CAACAGAGAATGGCTCAGCTTTGCGAGCTTACAGGGGTCAAACTTATAAC                         ATATGGGACAGTTATGGGTGGTCTCTTGTCAGAGAAGTTTCTTGATA
genomic: CAACAGAGAATGGCTCAGCTTTGCGAGCTTACAGGGGTCAAACTTATAACgtaattatac ... ttgtgtgtagATATGGGACAGTTATGGGTGGTCTCTTGTCAGAGAAGTTTCTTGATA
EST: gi|164044534|gb|ES135737.1|ES135737
EST:     CAACAGAGAATGTCTCAGCTTTGCGAGCTTACAGGGGTCAAACTTATAAC                         ATATGGGACAGTTATGGGTGGTCTCTTGTC
genomic: CAACAGAGAATGGCTCAGCTTTGCGAGCTTACAGGGGTCAAACTTATAACgtaattatac ... ttgtgtgtagATATGGGACAGTTATGGGTGGTCTCTTGTC
EST: gi|86075241|gb|DR370998.1|DR370998
EST:     CAACAGAGAATGGCTCAGCTTTGCGAGCTTACAGGGGTCAAACTTATAAC                         ATATGGGACAGTTATGGGTGGTCTCTTGTCAGAGAAGTTTCTTGATACCAA
genomic: CAACAGAGAATGGCTCAGCTTTGCGAGCTTACAGGGGTCAAACTTATAACgtaattatac ... ttgtgtgtagATATGGGACAGTTATGGGTGGTCTCTTGTCAGAGAAGTTTCTTGATACCAA
EST: gi|124865799|gb|EH950236.1|EH950236
EST:     CAACAGAGAATGGCTCAGCTTTGCGAGCTTACAGGGGTCAAACTTATAAC                         ATATGGGACAGTTATGGG
genomic: CAACAGAGAATGGCTCAGCTTTGCGAGCTTACAGGGGTCAAACTTATAACgtaattatac ... ttgtgtgtagATATGGGACAGTTATGGG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTGCAACACTCCATCGTAGACATGCGTCCTCAACAGAGAATGGCTCAGCTTTGCGAGCTTACAGGGGTCAAACTTATAACgtaattatactttatgaaattcttttttgatttctctctttaaaactgatttaacaacacatcgttggtctttgtgtgtag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT