Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaattatactttatgaaattcttttttgatttctctctttaaaactgatttaacaacacatcgttggtctttgtgtgtagATATGGGACAGTTATGGGTGGTCTCTTGTCAGAGAAGTTTCTTGATACCAATCTAACAATCCCTTTTGCTGGCCCTCGCTTGAATACTCCATCTCTCCAA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G27680.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|124757452|gb|EH847582.1|EH847582
EST:     CAACAGAGAATGGCTCAGCTTTGCGAGCTTACAGGGGTCAAACTTATAAC                         ATATGGGACAGTTATGGGTGGTCTCTTGTCAGAGAAGTTT
genomic: CAACAGAGAATGGCTCAGCTTTGCGAGCTTACAGGGGTCAAACTTATAACgtaattatac ... ttgtgtgtagATATGGGACAGTTATGGGTGGTCTCTTGTCAGAGAAGTTT
EST: gi|125267164|gb|EL281249.1|EL281249
EST:     CAACAGAGAATGGCTCAGCTTTGCGAGCTTACAGGGGTCAAACTTATAAC                         ATATGGGACAGTTATGGGTGGTCTCTTGTCAGAGAAGTTTCTTGATA
genomic: CAACAGAGAATGGCTCAGCTTTGCGAGCTTACAGGGGTCAAACTTATAACgtaattatac ... ttgtgtgtagATATGGGACAGTTATGGGTGGTCTCTTGTCAGAGAAGTTTCTTGATA
EST: gi|164044534|gb|ES135737.1|ES135737
EST:     CAACAGAGAATGTCTCAGCTTTGCGAGCTTACAGGGGTCAAACTTATAAC                         ATATGGGACAGTTATGGGTGGTCTCTTGTC
genomic: CAACAGAGAATGGCTCAGCTTTGCGAGCTTACAGGGGTCAAACTTATAACgtaattatac ... ttgtgtgtagATATGGGACAGTTATGGGTGGTCTCTTGTC
EST: gi|86075241|gb|DR370998.1|DR370998
EST:     CAACAGAGAATGGCTCAGCTTTGCGAGCTTACAGGGGTCAAACTTATAAC                         ATATGGGACAGTTATGGGTGGTCTCTTGTCAGAGAAGTTTCTTGATACCAA
genomic: CAACAGAGAATGGCTCAGCTTTGCGAGCTTACAGGGGTCAAACTTATAACgtaattatac ... ttgtgtgtagATATGGGACAGTTATGGGTGGTCTCTTGTCAGAGAAGTTTCTTGATACCAA
EST: gi|124865799|gb|EH950236.1|EH950236
EST:     CAACAGAGAATGGCTCAGCTTTGCGAGCTTACAGGGGTCAAACTTATAAC                         ATATGGGACAGTTATGGG
genomic: CAACAGAGAATGGCTCAGCTTTGCGAGCTTACAGGGGTCAAACTTATAACgtaattatac ... ttgtgtgtagATATGGGACAGTTATGGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgatttctctctttaaaactgatttaacaacacatcgttggtctttgtgtgtagATATGGGACAGTTATGGGTGGTCTCTTGTCAGAGAAGTTTCTTGATACCAATCTAACAATCCCTTTTGCTGGCCCTCGCTTGAATACTCCATCTCTCCAA
                      atttaac  putative branch site (score: 3)
                                          tctttgt  putative PPT
            tttaaaactgatttaa  TA-rich tract