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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAAGCCAGCAAGCTTATCATTAAGCGATCAACTACAATGGATGGCCAGCTTTTCCTTATCAAGCATCTCCTTATCTTGAGAGAACAGgttacggctgatctatcttaagtttgcttcttttgctattaagtgatgattttaaacaattttttattttccag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G73430.1
intron # 19
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G73430.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 19
lower sequence: LOC_Os08g34970.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 19
AAAGCCAGCAAGCTTATCATTAAGCGATCAACTACAATGGATGGCCAGCTTTTCCTTATCAAGCATCTCCTTATCTTGAGAGAACAGgt--tacggctgatc---tatcttaagtttgcttcttttgctat---taagt-----gatgattttaaacaattttttat---tttccag
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AATGCAAGCAAGGTCATTGCAAAAAAAGCAACTGCAATGGATGGACAGCTTTTCCTAATTAAGCACCTTCTTATTTTAAGAGAACAGgtgatacaatttgtacagtatgtcaagtcaaaattttatagcatgcataagtccatcgggcaactcatgtggtactatacatgttttcag

upper sequence: AT1G73430.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 19
lower sequence: Vv11s0016g00350.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 20
AAAGCCAGCAAGCTTATCATTAAGCGATCAACTACAATGGATGGCCAGCTTTTCCTTATCAAGCATCTCCTTATCTTGAGAGAACAGgtta-cggctgatctatcttaagtttgcttcttttgctattaagtgatgattttaaacaattt--tttat-tttccag---------------
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AAAGCAAGCAAACTCGTTGTAAAGAGATCATCACCAATGGATGGACAGCTTTTCCTTATAAAGCATCTTCTTATTTTAAGGGAGCAGgttatcttcccattttcttttcttttgtttcctaggcaattatttgaataagtaaaactgtatgactaatatttccaaattttgattttccag