Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   
9  
 5'  3'   
10  
 5'  3'   
11  
 5'  3'   
12  
 5'  3'   
13  
 5'  3'   
14  
 5'  3'   
15  
 5'  3'   
16  
 5'  3'   
17  
 5'  3'   
18  
 5'  3'   
19  
 5'  3'   
20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   
22  
 5'  3'   
23  
 5'  3'   
24  
 5'  3'   
25  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTGGATCTGTTAGTGATGAAAGCGTTGGACGTTCGAGTCTGTTGGATCAAATCAAACTTGAATTCGAAGgtatctcaagatcttgatcttagtgattgtgtttatggtgtgaaacatgaaaggcccttatttattttactatatagttaatcagaaattgatgtttagtaaagtttttgtatataattgtgtatcatgattaattgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G52410.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|164235839|gb|ES034978.1|ES034978
EST:     AAGCGTTGGACGTTCGAGTCTGTTGGATCAAATCAAACTTGAATTCGAAG                         CTCATCACAATAGTATTAACCAAG
genomic: AAGCGTTGGACGTTCGAGTCTGTTGGATCAAATCAAACTTGAATTCGAAGgtatctcaag ... ttaattgcagCTCATCACAATAGTATTAACCAAG
EST: gi|164099909|gb|ES064834.1|ES064834
EST:     CAAATCAAACTTGAATTCGAAG                         CTCATCACAATAGTATTAACCAAGCTGGATCTGATGGTGTCAAGGCTGAAT
genomic: CAAATCAAACTTGAATTCGAAGgtatctcaag ... ttaattgcagCTCATCACAATAGTATTAACCAAGCTGGATCTGATGGTGTCAAGGCTGAAT
EST: gi|164121825|gb|ES058933.1|ES058933
EST:     AAGCGTTGGACGTTCGAGTCTGTTGGATCAAATCAAACTTGAATTCGAAG                         CTCATCACAATACGTATTAACCAAGCTGGATCTGATGGTGTC
genomic: AAGCGTTGGACGTTCGAGTCTGTTGGATCAAATCAAACTTGAATTCGAAGgtatctcaag ... ttaattgcagCTCATCACAATA-GTATTAACCAAGCTGGATCTGATGGTGTC