Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCGTTTTGACCACAATTGTACCTTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAGTGATGGATGAAGGAGAGATGAgtatgttctgctttacacaatttgaaaccgaaatcagattcttcattaaatatgatgtttttaatagcaaatattgcgttgtttatgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G52200.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|125183633|gb|EL198587.1|EL198587
EST:     GTGATGGATGAAGGAGAGATGA                         CTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGATGATGCCGGCTTTATGCT
genomic: GTGATGGATGAAGGAGAGATGAgtatgttctg ... gtttatgcagCTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGATGATGCCGGCTTTATGCT
EST: gi|125241618|gb|EL255703.1|EL255703
EST:     TTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAGTGATGGATGAAGGAGAGATGA                         CTTGTCCTCTTG
genomic: TTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAGTGATGGATGAAGGAGAGATGAgtatgttctg ... gtttatgcagCTTGTCCTCTTG
EST: gi|19874528|gb|AU235359.1|AU235359
EST:     TTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAGTGATGGATGAAGGAGAGATGA                         CTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGATGATGCCGGCTTTATGCT
genomic: TTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAGTGATGGATGAAGGAGAGATGAgtatgttctg ... gtttatgcagCTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGATGATGCCGGCTTTATGCT
EST: gi|125103250|gb|EL157726.1|EL157726
EST:     AAGTGATGGATGAAGGAGAGATGA                         CTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGATGATGCCGGCTTTATGCT
genomic: AAGTGATGGATGAAGGAGAGATGAgtatgttctg ... gtttatgcagCTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGATGATGCCGGCTTTATGCT
EST: gi|125234613|gb|EL248698.1|EL248698
EST:     TGGATGAAGGAGAGATGA                         CTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGATGATGCCGGCTTTATGCT
genomic: TGGATGAAGGAGAGATGAgtatgttctg ... gtttatgcagCTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGATGATGCCGGCTTTATGCT
EST: gi|116416370|gb|EG458962.1|EG458962
EST:     TTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAGTGATGGATGAAGGAGAGATGA                         CTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGATGATGCCGGCTTTATGCT
genomic: TTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAGTGATGGATGAAGGAGAGATGAgtatgttctg ... gtttatgcagCTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGATGATGCCGGCTTTATGCT
EST: gi|86076824|gb|DR372581.1|DR372581
EST:     TTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAGTGATGGATGAAGGAGAGATGA                         CTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGATGATGCCGGCTTTATGCT
genomic: TTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAGTGATGGATGAAGGAGAGATGAgtatgttctg ... gtttatgcagCTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGATGATGCCGGCTTTATGCT
EST: gi|301501054|gb|HO206594.1|HO206594
EST:     TTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAGTGATGGATGAAGGAGAGATGA                         CTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGATGATGCCGGCTTTATGCT
genomic: TTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAGTGATGGATGAAGGAGAGATGAgtatgttctg ... gtttatgcagCTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGATGATGCCGGCTTTATGCT
EST: gi|124844650|gb|EH929087.1|EH929087
EST:     TTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAGTGATGGATGAAGGAGAGATGA                         CTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGAT
genomic: TTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAGTGATGGATGAAGGAGAGATGAgtatgttctg ... gtttatgcagCTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGAT
EST: gi|125172150|gb|EL194562.1|EL194562
EST:     TGAAGGAGAGATGA                         CTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGATGATGCCGGCTTTATGCT
genomic: TGAAGGAGAGATGAgtatgttctg ... gtttatgcagCTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGATGATGCCGGCTTTATGCT
EST: gi|125103051|gb|EL157590.1|EL157590
EST:     TGGATGAAGGAGAGATGA                         CTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGATGATGCCGGCTTTATGCT
genomic: TGGATGAAGGAGAGATGAgtatgttctg ... gtttatgcagCTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGATGATGCCGGCTTTATGCT
EST: gi|124828649|gb|EH913485.1|EH913485
EST:     TTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAGTGATGGATGAAGGNGAGATGA                         CTTGTCCTCTTGGAACTTTCA
genomic: TTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAGTGATGGATGAAGGAGAGATGAgtatgttctg ... gtttatgcagCTTGTCCTCTTGGAACTTTCA
EST: gi|125286108|gb|EL300193.1|EL300193
EST:     TTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAGTGATGGATGAAGGAGAGATGA                         CTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGA
genomic: TTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAGTGATGGATGAAGGAGAGATGAgtatgttctg ... gtttatgcagCTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGA
EST: gi|125246413|gb|EL260498.1|EL260498
EST:     GAAGGAGAGATGA                         CTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGATGATGCCGGCTTTATGCT
genomic: GAAGGAGAGATGAgtatgttctg ... gtttatgcagCTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGATGATGCCGGCTTTATGCT
EST: gi|124841612|gb|EH926049.1|EH926049
EST:     TTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAGTGATGGATGAAGGAGAGATGA                         CTTGTCCTCTTGGA
genomic: TTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAGTGATGGATGAAGGAGAGATGAgtatgttctg ... gtttatgcagCTTGTCCTCTTGGA
EST: gi|124824556|gb|EH909422.1|EH909422
EST:     ATGGATGAAGGAGAGATGA                         CTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGATGATGCCGGCTTTATGCT
genomic: ATGGATGAAGGAGAGATGAgtatgttctg ... gtttatgcagCTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGATGATGCCGGCTTTATGCT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CCGTTTTGACCACAATTGTACCTTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAGTGATGGATGAAGGAGAGATGAgtatgttctgctttacacaatttgaaaccgaaatcagattcttcattaaatatgatgtttttaatagcaaatattgcgttgtttatgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGATG