1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
gtatgttctgctttacacaatttgaaaccgaaatcagattcttcattaaatatgatgtttttaatagcaaatattgcgttgtttatgcagCTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGATGATGCCGGCTTTATGCTCTCACTGGGTGATGGGATCAAAGTATAGAGAAAAAATGAGGAGAAAATT
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G52200.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTGATGGATGAAGGAGAGATGA CTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGATGATGCCGGCTTTATGCTEST: gi|125241618|gb|EL255703.1|EL255703
genomic: GTGATGGATGAAGGAGAGATGAgtatgttctg ... gtttatgcagCTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGATGATGCCGGCTTTATGCT
EST: TTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAGTGATGGATGAAGGAGAGATGA CTTGTCCTCTTGEST: gi|19874528|gb|AU235359.1|AU235359
genomic: TTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAGTGATGGATGAAGGAGAGATGAgtatgttctg ... gtttatgcagCTTGTCCTCTTG
EST: TTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAGTGATGGATGAAGGAGAGATGA CTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGATGATGCCGGCTTTATGCTEST: gi|125103250|gb|EL157726.1|EL157726
genomic: TTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAGTGATGGATGAAGGAGAGATGAgtatgttctg ... gtttatgcagCTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGATGATGCCGGCTTTATGCT
EST: AAGTGATGGATGAAGGAGAGATGA CTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGATGATGCCGGCTTTATGCTEST: gi|125234613|gb|EL248698.1|EL248698
genomic: AAGTGATGGATGAAGGAGAGATGAgtatgttctg ... gtttatgcagCTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGATGATGCCGGCTTTATGCT
EST: TGGATGAAGGAGAGATGA CTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGATGATGCCGGCTTTATGCTEST: gi|116416370|gb|EG458962.1|EG458962
genomic: TGGATGAAGGAGAGATGAgtatgttctg ... gtttatgcagCTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGATGATGCCGGCTTTATGCT
EST: TTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAGTGATGGATGAAGGAGAGATGA CTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGATGATGCCGGCTTTATGCTEST: gi|86076824|gb|DR372581.1|DR372581
genomic: TTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAGTGATGGATGAAGGAGAGATGAgtatgttctg ... gtttatgcagCTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGATGATGCCGGCTTTATGCT
EST: TTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAGTGATGGATGAAGGAGAGATGA CTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGATGATGCCGGCTTTATGCTEST: gi|301501054|gb|HO206594.1|HO206594
genomic: TTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAGTGATGGATGAAGGAGAGATGAgtatgttctg ... gtttatgcagCTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGATGATGCCGGCTTTATGCT
EST: TTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAGTGATGGATGAAGGAGAGATGA CTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGATGATGCCGGCTTTATGCTEST: gi|124844650|gb|EH929087.1|EH929087
genomic: TTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAGTGATGGATGAAGGAGAGATGAgtatgttctg ... gtttatgcagCTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGATGATGCCGGCTTTATGCT
EST: TTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAGTGATGGATGAAGGAGAGATGA CTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGATEST: gi|125172150|gb|EL194562.1|EL194562
genomic: TTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAGTGATGGATGAAGGAGAGATGAgtatgttctg ... gtttatgcagCTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGAT
EST: TGAAGGAGAGATGA CTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGATGATGCCGGCTTTATGCTEST: gi|125103051|gb|EL157590.1|EL157590
genomic: TGAAGGAGAGATGAgtatgttctg ... gtttatgcagCTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGATGATGCCGGCTTTATGCT
EST: TGGATGAAGGAGAGATGA CTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGATGATGCCGGCTTTATGCTEST: gi|124828649|gb|EH913485.1|EH913485
genomic: TGGATGAAGGAGAGATGAgtatgttctg ... gtttatgcagCTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGATGATGCCGGCTTTATGCT
EST: TTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAGTGATGGATGAAGGNGAGATGA CTTGTCCTCTTGGAACTTTCAEST: gi|125286108|gb|EL300193.1|EL300193
genomic: TTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAGTGATGGATGAAGGAGAGATGAgtatgttctg ... gtttatgcagCTTGTCCTCTTGGAACTTTCA
EST: TTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAGTGATGGATGAAGGAGAGATGA CTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGAEST: gi|125246413|gb|EL260498.1|EL260498
genomic: TTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAGTGATGGATGAAGGAGAGATGAgtatgttctg ... gtttatgcagCTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGA
EST: GAAGGAGAGATGA CTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGATGATGCCGGCTTTATGCTEST: gi|124841612|gb|EH926049.1|EH926049
genomic: GAAGGAGAGATGAgtatgttctg ... gtttatgcagCTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGATGATGCCGGCTTTATGCT
EST: TTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAGTGATGGATGAAGGAGAGATGA CTTGTCCTCTTGGAEST: gi|124824556|gb|EH909422.1|EH909422
genomic: TTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAGTGATGGATGAAGGAGAGATGAgtatgttctg ... gtttatgcagCTTGTCCTCTTGGA
EST: ATGGATGAAGGAGAGATGA CTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGATGATGCCGGCTTTATGCT
genomic: ATGGATGAAGGAGAGATGAgtatgttctg ... gtttatgcagCTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGATGATGCCGGCTTTATGCT
agattcttcattaaatatgatgtttttaatagcaaatattgcgttgtttatgcagCTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGATGATGCCGGCTTTATGCTCTCACTGGGTGATGGGATCAAAGTATAGAGAAAAAATGAGGAGAAAATT
ttttaat putative branch site (score: 3)
ttcattaaatatgatg TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgttctgctttacacaatttgaaaccgaaatcagattcttcattaaatatgatgtttttaatagcaaatattgcgttgtttatgcagCTTGTCCTCTTGGAACTTTCATGTACTTATTGATGATGCCGGCTTTATGCTCTCACTGGGTGATGGGATCAAAGTATAGAGAAAAAATGAGGAGAAAATT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA