Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAATTCGCGCCGCCGAATTATCAGCAAGCTAATGTTAACCTATCTGTTGGGAGGCCATGGAGCACTGGTTTGTTTGATTGTCAAGCAGACCAAGCCAATGgtattgtatcccaaatacacttttaaacgagattatagatatttatatttcttgcaagagattcataatttaattgactcactaatctttaaaaactttgttgtgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G52200.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|124749460|gb|EH839590.1|EH839590
EST:     GAGGCCATGGAGCACTGGTTTGTTTGATTGTCAAGCAGACCAAGCCAATG                         CCGTTTTGGCCACAATTGTACCTTGTGTAACATTTGGACAAA
genomic: GAGGCCATGGAGCACTGGTTTGTTTGATTGTCAAGCAGACCAAGCCAATGgtattgtatc ... tgttgtgcagCCGTTTTGACCACAATTGTACCTTGTGTAACATTTGGACAAA
EST: gi|125241618|gb|EL255703.1|EL255703
EST:     ACCAAGCCAATG                         CCGTTTTGACCACAATTGTACCTTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAG
genomic: ACCAAGCCAATGgtattgtatc ... tgttgtgcagCCGTTTTGACCACAATTGTACCTTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAG
EST: gi|19874528|gb|AU235359.1|AU235359
EST:     GAGGCCATGGAGCACTGGTTTGTTTGATTGTCAAGCAGACCAAGCCAATG                         CCGTTTTGACCACAATTGTACCTTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAG
genomic: GAGGCCATGGAGCACTGGTTTGTTTGATTGTCAAGCAGACCAAGCCAATGgtattgtatc ... tgttgtgcagCCGTTTTGACCACAATTGTACCTTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAG
EST: gi|125240526|gb|EL254611.1|EL254611
EST:     CATGGAGCACTGGTTTGTTTGATTGTCAAGCAGACCAAGCCAATG                         CCGTTTTGACCACAATTGTA
genomic: CATGGAGCACTGGTTTGTTTGATTGTCAAGCAGACCAAGCCAATGgtattgtatc ... tgttgtgcagCCGTTTTGACCACAATTGTA
EST: gi|116416370|gb|EG458962.1|EG458962
EST:     GAGGCCATGGAGCACTGGCTTGTTTGATTGTCAAGCAGACCAAGCCAATG                         CCGTTTTGACCACAATTGTACCTTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAG
genomic: GAGGCCATGGAGCACTGGTTTGTTTGATTGTCAAGCAGACCAAGCCAATGgtattgtatc ... tgttgtgcagCCGTTTTGACCACAATTGTACCTTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAG
EST: gi|86076824|gb|DR372581.1|DR372581
EST:     GAGGCCATGGAGCACTGGTTTGTTTGATTGTCAAGCAGACCAAGCCAATG                         CCGTTTTGACCACAATTGTACCTTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAG
genomic: GAGGCCATGGAGCACTGGTTTGTTTGATTGTCAAGCAGACCAAGCCAATGgtattgtatc ... tgttgtgcagCCGTTTTGACCACAATTGTACCTTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAG
EST: gi|301501054|gb|HO206594.1|HO206594
EST:     GAGGCCATGGAGCACTGGTTTGTTTGATTGTCAAGCAGACCAAGCCAATG                         CCGTTTTGACCACAATTGTACCTTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAG
genomic: GAGGCCATGGAGCACTGGTTTGTTTGATTGTCAAGCAGACCAAGCCAATGgtattgtatc ... tgttgtgcagCCGTTTTGACCACAATTGTACCTTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAG
EST: gi|124739026|gb|EH830188.1|EH830188
EST:     GAGGCCATGGAGCACTGGTTTGTTTGATTGTCAAGCAGACCAAGCCAATG                         CCGTTTTGACCACAATTGTACCTTGTGTAAC
genomic: GAGGCCATGGAGCACTGGTTTGTTTGATTGTCAAGCAGACCAAGCCAATGgtattgtatc ... tgttgtgcagCCGTTTTGACCACAATTGTACCTTGTGTAAC
EST: gi|124828649|gb|EH913485.1|EH913485
EST:     CCAAGCCAATG                         CCGTTTTGACCACAATTGTACCTTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAG
genomic: CCAAGCCAATGgtattgtatc ... tgttgtgcagCCGTTTTGACCACAATTGTACCTTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAG
EST: gi|124841612|gb|EH926049.1|EH926049
EST:     ACCAAGCCAATG                         CCGTTTTGACCACAATTGTACCTTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAG
genomic: ACCAAGCCAATGgtattgtatc ... tgttgtgcagCCGTTTTGACCACAATTGTACCTTGTGTAACATTTGGACAAATAGCAGAAG
EST: gi|124797112|gb|EH886791.1|EH886791
EST:     GAGGCCATGGAGCACTGGTTTGTTTGATTGTCAAGCAGACCAAGCCAATG                         CCGTTTTGACCACAATTGTACCTTGTGTAACATTT
genomic: GAGGCCATGGAGCACTGGTTTGTTTGATTGTCAAGCAGACCAAGCCAATGgtattgtatc ... tgttgtgcagCCGTTTTGACCACAATTGTACCTTGTGTAACATTT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CAATTCGCGCCGCCGAATTATCAGCAAGCTAATGTTAACCTATCTGTTGGGAGGCCATGGAGCACTGGTTTGTTTGATTGTCAAGCAGACCAAGCCAATGgtattgtatcccaaatacacttttaaacgagattatagatatttatatttcttgcaagagattcataatttaattgactcactaatctttaaaaactttgttgtgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA