1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' |
gtatgtaagatgttgaaatcaaattgatggatacctcatgacttataaatgaaacatgatctttgttatcactatctttgattaattgacttccctcactgaacaacgtaaacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTCTGTTTAATTGAGCTTGGACATTTGAGAGAAGCTGAGGAAGCTGCTAGGA
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G27110.2 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTCEST: gi|116423243|gb|EG465835.1|EG465835
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTCEST: gi|116378181|gb|EG420773.1|EG420773
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTCEST: gi|116428736|gb|EG471328.1|EG471328
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTCEST: gi|116452156|gb|EG494748.1|EG494748
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTCEST: gi|116452140|gb|EG494732.1|EG494732
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTCEST: gi|116452146|gb|EG494738.1|EG494738
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTCEST: gi|116423249|gb|EG465841.1|EG465841
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTCEST: gi|116428741|gb|EG471333.1|EG471333
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTCEST: gi|116428746|gb|EG471338.1|EG471338
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTCEST: gi|116401614|gb|EG444206.1|EG444206
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG ATTCTACCGCAGAEST: gi|116452138|gb|EG494730.1|EG494730
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGA
EST: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTCEST: gi|116423251|gb|EG465843.1|EG465843
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTCEST: gi|116428724|gb|EG471316.1|EG471316
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTCEST: gi|116378186|gb|EG420778.1|EG420778
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTCEST: gi|116452152|gb|EG494744.1|EG494744
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCCCTTTTCCGGAAG ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTCEST: gi|116423255|gb|EG465847.1|EG465847
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTCEST: gi|116423246|gb|EG465838.1|EG465838
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: CGTGTCCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTCEST: gi|116428726|gb|EG471318.1|EG471318
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTCEST: gi|116452144|gb|EG494736.1|EG494736
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTCEST: gi|116452142|gb|EG494734.1|EG494734
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTCEST: gi|116423254|gb|EG465846.1|EG465846
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTCEST: gi|116423222|gb|EG465814.1|EG465814
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG ATTCTACCGCAGAATGAAGACCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTCEST: gi|116452150|gb|EG494742.1|EG494742
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTCEST: gi|116423221|gb|EG465813.1|EG465813
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG ATTCTACCGCAGAATGAAGACCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTCEST: gi|116428743|gb|EG471335.1|EG471335
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTCEST: gi|116428737|gb|EG471329.1|EG471329
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTTCGGAAG ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTCEST: gi|116423252|gb|EG465844.1|EG465844
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTCEST: gi|116423245|gb|EG465837.1|EG465837
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: CGTGTCCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTCEST: gi|116452135|gb|EG494727.1|EG494727
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTCEST: gi|116452149|gb|EG494741.1|EG494741
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTCEST: gi|116428729|gb|EG471321.1|EG471321
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTCEST: gi|116428721|gb|EG471313.1|EG471313
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTTCGGAAG ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTCEST: gi|116423247|gb|EG465839.1|EG465839
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTCEST: gi|116423242|gb|EG465834.1|EG465834
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTCEST: gi|116428745|gb|EG471337.1|EG471337
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTCEST: gi|116423253|gb|EG465845.1|EG465845
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTCEST: gi|116428731|gb|EG471323.1|EG471323
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
EST: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAG ATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
genomic: TGTGTTCCTACATGGGTCGACACGATCTCTCTTTGCCTCTTTTCCGGAAGgtatgtaaga ... aacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTC
ttatcactatctttgattaattgacttccctcactgaacaacgtaaacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTCTGTTTAATTGAGCTTGGACATTTGAGAGAAGCTGAGGAAGCTGCTAGGA
ccctcac putative branch site (score: 3)
tatctttgattaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgtaagatgttgaaatcaaattgatggatacctcatgacttataaatgaaacatgatctttgttatcactatctttgattaattgacttccctcactgaacaacgtaaacttggcagATTCTACCGCAGAATGAAGGCCAAGTTTATGTTAATGGTATGCTTGCATTCTGTTTAATTGAGCTTGGACATTTGAGAGAAGCTGAGGAAGCTGCTAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT