Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgtctgattatctcttattttacaaaccctgttgcctttattaagatgaaagttgcagtgcttggtttactagttttacttacctggattgtgaactcagttcatgttacatcgttttacaagcaacttgttaaccatacaatatcttattcagGTAAATGGCTATAATAATTTCCGTGTTGTCCATTCCTTCTACCGATCAAAGTACTTCTTGACATTGGAGGAAGATGGAACTTCCCAAAAAAGTCAACAGT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G17450.2
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116456408|gb|EG499000.1|EG499000
EST:     CTTGTGACTGCATTGTAGATGTACTTCAAACATTTGGGGTAGCTTTGAAG                         GTAAATGGCTATAATAATTTCCGTGTTGTCCATTCCTTCTACCGATCAAAG
genomic: CTTGTGACTGCATTGTAGATGTACTTCAAACATTTGGGGTAGCTTTGAAGgtttgtctga ... tcttattcagGTAAATGGCTATAATAATTTCCGTGTTGTCCATTCCTTCTACCGATCAAAG
EST: gi|124857578|gb|EH942015.1|EH942015
EST:     TTGGGGTAGCTTTGAAG                         GTAAATGGCTATAATAATTTCCGTGTTGTCCATTCCTTCTACCGATCAAAG
genomic: TTGGGGTAGCTTTGAAGgtttgtctga ... tcttattcagGTAAATGGCTATAATAATTTCCGTGTTGTCCATTCCTTCTACCGATCAAAG
EST: gi|116456419|gb|EG499011.1|EG499011
EST:     TTTGGGGTAGCTTTGAAG                         GTAAATGGCTATAATAATTTCCGTGTTGTCCATTCCTTCTACCGATCAAAG
genomic: TTTGGGGTAGCTTTGAAGgtttgtctga ... tcttattcagGTAAATGGCTATAATAATTTCCGTGTTGTCCATTCCTTCTACCGATCAAAG
EST: gi|116456409|gb|EG499001.1|EG499001
EST:     CTTGTGACTGCATTGTAGATGTACTTCAAACATTTGGGGTAGCTTTGAAG                         GTAAATGGCTATAATAATTTCCGTGTTGTCCATTCCTTCTACCGATCAAAG
genomic: CTTGTGACTGCATTGTAGATGTACTTCAAACATTTGGGGTAGCTTTGAAGgtttgtctga ... tcttattcagGTAAATGGCTATAATAATTTCCGTGTTGTCCATTCCTTCTACCGATCAAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttcatgttacatcgttttacaagcaacttgttaaccatacaatatcttattcagGTAAATGGCTATAATAATTTCCGTGTTGTCCATTCCTTCTACCGATCAAAGTACTTCTTGACATTGGAGGAAGATGGAACTTCCCAAAAAAGTCAACAGT
                             tgttaac  putative branch site (score: 2)
                                             tcttattc  putative PPT
                                     atacaatatcttatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtttgtctgattatctcttattttacaaaccctgttgcctttattaagatgaaagttgcagtgcttggtttactagttttacttacctggattgtgaactcagttcatgttacatcgttttacaagcaacttgttaaccatacaatatcttattcagGTAAATGGCTATAATAATTTCCGTGTTGTCCATTCCTTCTACCGATCAAAGTACTTCTTGACATTGGAGGAAGATGGAACTTCCCAAAAAAGTCAACAGT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GATGGA