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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACAAAATGACATCCACTCTCCACAGATCACTATAAGGGAGTCCCTACTCTTTTCTGCTTTCATGCGCCTTCCTAAGGAGGTCACTGACCAAGAAAAGAAGgtgctttcttgttctactcacagtatctactaacaactgatgtctgtagttattgaggtgaattaagtctaagttggtttacatgtctttag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G000614_T02
intron # 14
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G000614_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 14
lower sequence: LOC_Os01g52560.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
ACAAAATGACATCCACTCTCCACAGATCACTATAAGGGAGTCCCTACTCTTTTCTGCTTTCATGCGCCTTCCTAAGGAGGTCACTGACCAAGAAAAGAAGgtgctttcttgttcta-------ctcacagtatctactaacaactgatgtctgtagttattgaggtgaattaagtctaagttggtttacatg---tctttag--------------------------------------------------------------
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GCAAAATGACATCCACTCCCCACAGATTACTGTAAGGGAGTCCCTACTTTTCTCTGCTTTCCTGCGCCTGCCTAAGGAGGTCAATGATCAAGAAAAGAAGgtttgttcttgtgttatgcccttcttacaatatcaactatcaacttgtgtcaatatgcagtgagttttatgcta-ctaactttactgcgataaaatcttgaatgaacatttcctttttttaatgagggatggataagttgattaaggtggacctttgtatgtag
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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ACAAAATGACATCCACTCTCCACAGATCACTATAAGGGAGTCCCTACTCTTTTCTGCTTTCATGCGCCTTCCTAAGGAGGTCACTGACCAAGAAAAGAAGgtgctttcttgttctactcacagtatctactaacaactgatgtctgtagttattgaggtgaattaagtctaagttggtttacatgtctttag

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