Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gataagaaaattattgacacatggctatgacatttcttctgcactttttgcggtttcataaaatcattcacttatcttaaaatctggtttctttttttagGTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGGTATCCAACAATCCAATGGTTCCCGAAAGGATCCTTGGAGCCCAAAAA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G128171_T04
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G128171_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os01g23740.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
-----------------------------------------------------------------------------------gataagaaaattattg----acacatggctatgacatttcttc---tgcactttttg---cggtttcataaaatcattcacttatcttaaaatctggtttctttttttagGTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGGTATCCAACAATCCAATGGTTCCCGAAAGGATCCTTGGAGCCCAAAAA
                                                                                   | | |||||||  ||     |  |||    |||| || | ||    | | | |||||    ||||| ||||||| |   | |     |  ||     |||||   ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||
gtatgttctcaagttcaatacctgctaattatttgggcattgcttgaaaatattttctcatctccatcctgctactcagaggtggtcagaaaatggttagaacatgcatattcatgaaatgtgttgccatcctcattttgatttggtttgataaaattaaggattctcacttcaactctatttctcgctttagGTTGATTGCGATGAGCACAAGAGTGTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCTGGGTACCCAACAATTCAATGGTTCCCCAAAGGATCCCTGGAGCCCAAAAA

upper sequence: GRMZM2G128171_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA01G25050.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
gataagaaaattattgacacatggctatgacatttcttctgcactttttgcggtttcataaaatcattcacttatcttaaaatctggtttctttttt----tagGTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGGTATCCAACAATCCAATGGTTCCCGAAAGGATCCTTGGAGCCCAAAAA
          ||||||   |     | |  | ||     ||    ||  |   ||||||      |  || | |  | | |   |  ||| |  | |    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||| || ||||| || ||||||||  | || ||||||||
-------gttttattgtttcc--attttacctttctcagtgaggattcagtaatttcat-----tacccattaaattgacagcttaatttttaatgtaatgtagGTTGACTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAATATGGAGTCTCTGGGTACCCAACAATTCAGTGGTTTCCAAAAGGATCTCTTGAACCCAAAAA

upper sequence: GRMZM2G128171_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA02G01750.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
gataagaaaattattgacacatggctatgacatttcttctgcactttt---tgcggtttcataaa----atcattcacttatcttaaaatctggtttctttttt----tagGTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGGTATCCAACAATCCAATGGTTCCCGAAAGGATCCTTGGAGCCCAAAAA
           |      |  |   ||| |  |   || | |  || |   || || ||||  ||    || |  || | |  | | |   |  ||| |  | |    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||| || ||||| || ||||||||  | || ||||||||
-----------tgcctgtatgtttttattatttccattttacctttctcagtgaggattcagtaatttcattacccattaaattgacagcttaatttttaatgtaatgtagGTTGACTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAATATGGAGTCTCTGGGTACCCAACAATTCAGTGGTTTCCAAAAGGATCTCTTGAACCCAAAAA

upper sequence: GRMZM2G128171_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA10G01820.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
gataagaaaattattgacacatggctatgacatttcttc-tgcactttttgcggtttcataaaatcattcacttatcttaaaatctggtttctttttt----tagGTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGGTATCCAACAATCCAATGGTTCCCGAAAGGATCCTTGGAGCCCAAAAA
  |  | |  || |||     |   | || |||||||   ||    ||       ||||| |  | ||| | ||  |  |||   |  ||| |  | |    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| || ||||| || ||||||||  | ||  |||||||
--tttgtacgtttttgttgtttctttttggcatttctcaatgatgattcaataacttcattacct-attaaattgac--aaagcttactttttaatgtaatgtagGTTGACTGTGATGAGCATAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTCTCTGGGTACCCAACAATTCAGTGGTTTCCAAAAGGATCTCTTGAAGCCAAAAA

upper sequence: GRMZM2G128171_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA06G24520.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
gataagaaaattattgacacatggctatgacatttcttctgcactttttgcggtttcataaaatcattcacttatcttaaaatctggtttctttttt----tagGTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGGTATCCAACAATCCAATGGTTCCCGAAAGGATCCTTGGAGCCCAAAAA
                                                          |||  |||||  |  |  | | |   |  ||| |  | |    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||| || ||||| || ||||||||  | || ||||||||
---------------------------------------------------------gtaatttcattacccaaattgacagcttaatttttaatgtaatgtagGTTGACTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAATATGGAGTCTCTGGGTACCCAACAATTCAGTGGTTTCCAAAAGGATCTCTTGAACCCAAAAA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211244865|gb|FL145185.1|FL145185
EST:     AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAG                         GTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTNTGCAGCAAGTATNGAGTTTCCGGG
genomic: AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAGgtatatgtat ... ctttttttagGTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
EST: gi|211242633|gb|FL145173.1|FL145173
EST:     AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAG                         GTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
genomic: AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAGgtatatgtat ... ctttttttagGTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
EST: gi|211247099|gb|FL145197.1|FL145197
EST:     AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAG                         GTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
genomic: AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAGgtatatgtat ... ctttttttagGTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
EST: gi|211249334|gb|FL145212.1|FL145212
EST:     AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAG                         GTTGATTGTGATGAGCACARGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
genomic: AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAGgtatatgtat ... ctttttttagGTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
EST: gi|211242622|gb|FL145162.1|FL145162
EST:     AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAG                         GTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
genomic: AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAGgtatatgtat ... ctttttttagGTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
EST: gi|211247104|gb|FL145202.1|FL145202
EST:     AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAG                         GTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
genomic: AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAGgtatatgtat ... ctttttttagGTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
EST: gi|211244855|gb|FL145175.1|FL145175
EST:     AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAG                         GTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
genomic: AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAGgtatatgtat ... ctttttttagGTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
EST: gi|211247098|gb|FL145196.1|FL145196
EST:     AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAG                         GTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTMCGGG
genomic: AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAGgtatatgtat ... ctttttttagGTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
EST: gi|211249335|gb|FL145213.1|FL145213
EST:     AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAG                         GTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
genomic: AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAGgtatatgtat ... ctttttttagGTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
EST: gi|211244858|gb|FL145178.1|FL145178
EST:     AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAG                         GTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
genomic: AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAGgtatatgtat ... ctttttttagGTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
EST: gi|211242621|gb|FL145161.1|FL145161
EST:     AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAG                         GTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
genomic: AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAGgtatatgtat ... ctttttttagGTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
EST: gi|211242632|gb|FL145172.1|FL145172
EST:     AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAG                         GTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
genomic: AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAGgtatatgtat ... ctttttttagGTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
EST: gi|211249340|gb|FL145218.1|FL145218
EST:     AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAG                         GTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
genomic: AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAGgtatatgtat ... ctttttttagGTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
EST: gi|211251556|gb|FL145219.1|FL145219
EST:     AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAG                         GTTGATTGTKATGAGCACAAGAGTTTG--CAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
genomic: AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAGgtatatgtat ... ctttttttagGTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
EST: gi|211247097|gb|FL145195.1|FL145195
EST:     AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAG                         GTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
genomic: AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAGgtatatgtat ... ctttttttagGTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
EST: gi|211249328|gb|FL145206.1|FL145206
EST:     AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAG                         GTTGATTGTAATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
genomic: AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAGgtatatgtat ... ctttttttagGTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
EST: gi|211247101|gb|FL145199.1|FL145199
EST:     AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAG                         GTTGATTGTGCATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGG
genomic: AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAGgtatatgtat ... ctttttttagGTTGATTGTG-ATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGG
EST: gi|211251557|gb|FL145220.1|FL145220
EST:     AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAG                         GTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
genomic: AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAGgtatatgtat ... ctttttttagGTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
EST: gi|211242629|gb|FL145169.1|FL145169
EST:     AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAG                         GTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
genomic: AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAGgtatatgtat ... ctttttttagGTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
EST: gi|211249333|gb|FL145211.1|FL145211
EST:     AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAG                         GTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
genomic: AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAGgtatatgtat ... ctttttttagGTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
EST: gi|211249326|gb|FL145204.1|FL145204
EST:     AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAG                         GTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
genomic: AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAGgtatatgtat ... ctttttttagGTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
EST: gi|211249332|gb|FL145210.1|FL145210
EST:     AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAG                         GTTGAGTKGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGG
genomic: AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAGgtatatgtat ... ctttttttagGTTGATT-GTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGG
EST: gi|211247093|gb|FL145191.1|FL145191
EST:     AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAG                         GTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
genomic: AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAGgtatatgtat ... ctttttttagGTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
EST: gi|211249331|gb|FL145209.1|FL145209
EST:     AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCDGTCTTGATTGCTAAG                         GTTGATTGTAATGAGCACAAGWGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
genomic: AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAGgtatatgtat ... ctttttttagGTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
EST: gi|211249330|gb|FL145208.1|FL145208
EST:     AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAG                         GTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
genomic: AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAGgtatatgtat ... ctttttttagGTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
EST: gi|211249337|gb|FL145215.1|FL145215
EST:     AA-GACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAG                         GTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
genomic: AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAGgtatatgtat ... ctttttttagGTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
EST: gi|211242628|gb|FL145168.1|FL145168
EST:     AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAG                         GTTGATTGTKATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
genomic: AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAGgtatatgtat ... ctttttttagGTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
EST: gi|211244860|gb|FL145180.1|FL145180
EST:     AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAG                         GTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
genomic: AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAGgtatatgtat ... ctttttttagGTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
EST: gi|211247100|gb|FL145198.1|FL145198
EST:     AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAG                         GTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
genomic: AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAGgtatatgtat ... ctttttttagGTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
EST: gi|78117464|gb|DV535851.1|DV535851
EST:     AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAG                         GTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
genomic: AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAGgtatatgtat ... ctttttttagGTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
EST: gi|211249329|gb|FL145207.1|FL145207
EST:     AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAG                         GTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
genomic: AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAGgtatatgtat ... ctttttttagGTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
EST: gi|211247094|gb|FL145192.1|FL145192
EST:     ARAGACTTNGTGCAAGTTTTAAGARAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAG                         GTTGATTCTGATGAGCACAAGAGTTTNTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
genomic: AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAGgtatatgtat ... ctttttttagGTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
EST: gi|211251558|gb|FL145221.1|FL145221
EST:     AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAG                         GTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
genomic: AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAGgtatatgtat ... ctttttttagGTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
EST: gi|211247092|gb|FL145190.1|FL145190
EST:     AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAG                         GTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
genomic: AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAGgtatatgtat ... ctttttttagGTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
EST: gi|211247105|gb|FL145203.1|FL145203
EST:     AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAG                         GTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
genomic: AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAGgtatatgtat ... ctttttttagGTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
EST: gi|211244862|gb|FL145182.1|FL145182
EST:     AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAG                         GTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
genomic: AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAGgtatatgtat ... ctttttttagGTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
EST: gi|211244868|gb|FL145188.1|FL145188
EST:     AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAG                         GTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
genomic: AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAGgtatatgtat ... ctttttttagGTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
EST: gi|211244856|gb|FL145176.1|FL145176
EST:     AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAG                         GTTGATTGTNATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG
genomic: AAAGACTTGGTGCAAGTTTTAAGAAAGCTAAATCTGTCTTGATTGCTAAGgtatatgtat ... ctttttttagGTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttgcggtttcataaaatcattcacttatcttaaaatctggtttctttttttagGTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGGTATCCAACAATCCAATGGTTCCCGAAAGGATCCTTGGAGCCCAAAAA
                                     tctggtttcttttttt  CT-rich tract
        tttcataaaatcatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gataagaaaattattgacacatggctatgacatttcttctgcactttttgcggtttcataaaatcattcacttatcttaaaatctggtttctttttttagGTTGATTGTGATGAGCACAAGAGTTTGTGCAGCAAGTATGGAGTTTCCGGGTATCCAACAATCCAATGGTTCCCGAAAGGATCCTTGGAGCCCAAAAA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG