Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgcctttttttttttttgtagctttattgcccagtaattcagactaattatagtagcatattccttgatttcagACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGAAATCGTGCCAAAGCCTCTTCATCTGGTGATGCTGAAGCTTCTCAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv14s0066g02630.t01
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351053969|gb|FQ441735.1|FQ441735
EST:     CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAG                         ACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
genomic: CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAGgtatgccttt ... ttgatttcagACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
EST: gi|351048068|gb|FQ441240.1|FQ441240
EST:     CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAG                         ACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
genomic: CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAGgtatgccttt ... ttgatttcagACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
EST: gi|351037774|gb|FQ464215.1|FQ464215
EST:     CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAG                         ACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
genomic: CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAGgtatgccttt ... ttgatttcagACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
EST: gi|22013971|gb|BQ799005.1|BQ799005
EST:     CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAG                         ACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
genomic: CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAGgtatgccttt ... ttgatttcagACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
EST: gi|71862039|gb|DT011094.1|DT011094
EST:     CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAG                         ACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
genomic: CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAGgtatgccttt ... ttgatttcagACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
EST: gi|352791526|gb|FQ481105.1|FQ481105
EST:     CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAG                         ACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
genomic: CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAGgtatgccttt ... ttgatttcagACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
EST: gi|351044652|gb|FQ443183.1|FQ443183
EST:     CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAG                         ACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
genomic: CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAGgtatgccttt ... ttgatttcagACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
EST: gi|351053260|gb|FQ459128.1|FQ459128
EST:     CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAG                         ACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
genomic: CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAGgtatgccttt ... ttgatttcagACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
EST: gi|161715992|gb|FC068763.1|FC068763
EST:     CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAG                         ACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
genomic: CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAGgtatgccttt ... ttgatttcagACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
EST: gi|110422874|gb|EC989207.1|EC989207
EST:     CCACAATTGAAATGGAGGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAG                         ACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
genomic: CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAGgtatgccttt ... ttgatttcagACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
EST: gi|352789973|gb|FQ479583.1|FQ479583
EST:     CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAG                         ACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
genomic: CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAGgtatgccttt ... ttgatttcagACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
EST: gi|351046157|gb|FQ442535.1|FQ442535
EST:     CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAG                         ACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
genomic: CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAGgtatgccttt ... ttgatttcagACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
EST: gi|351037634|gb|FQ462618.1|FQ462618
EST:     CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAG                         ACACCCATGATCAGTTATGTCAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
genomic: CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAGgtatgccttt ... ttgatttcagACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
EST: gi|351039234|gb|FQ457909.1|FQ457909
EST:     CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAG                         ACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
genomic: CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAGgtatgccttt ... ttgatttcagACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
EST: gi|351042381|gb|FQ442848.1|FQ442848
EST:     CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAG                         ACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
genomic: CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAGgtatgccttt ... ttgatttcagACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
EST: gi|351056907|gb|FQ443534.1|FQ443534
EST:     CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAG                         ACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
genomic: CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAGgtatgccttt ... ttgatttcagACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
EST: gi|110731309|gb|EE105610.1|EE105610
EST:     CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACCGCCGATGAG                         ACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA
genomic: CCACAATTGAAATGGATGGTATTACAGAAACTGATTATACTGCCGATGAGgtatgccttt ... ttgatttcagACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agctttattgcccagtaattcagactaattatagtagcatattccttgatttcagACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGAAATCGTGCCAAAGCCTCTTCATCTGGTGATGCTGAAGCTTCTCAG
                                       tattcctt  CT-rich tract
                         taattatagta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgcctttttttttttttgtagctttattgcccagtaattcagactaattatagtagcatattccttgatttcagACACCCATGATCAGTTATGTTAATGTGCATGCTGTTCTGGAAGGACGAAGAAATCGTGCCAAAGCCTCTTCATCTGGTGATGCTGAAGCTTCTCAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC