1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
gtaagcaggttgaccaccttgaagtactccccagatgtttctgctctgcttttgcttcatatagctgtcgtgctttcagGTATGTAGCACCAGAGTATGCAATGACAGGACACTTGCTTGTAAAAAGCGATGTATATAGCTATGGAGTTGTTCTACTTGAACTACTTACTGGGAGGAGG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g14932.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCGGAAGGTTGCACAAATTATCTCTCAACACGTGTTATGGGAACATTCGG GTATGTAGCACCAGAGTATGCAATGACAGGACACTTGCTTGTAAAAAGCGAEST: gi|88902229|gb|CI374837.1|CI374837
genomic: CCGGAAGGTTGCACAAATTATCTCTCAACACGTGTTATGGGAACATTCGGgtaagcaggt ... gtgctttcagGTATGTAGCACCAGAGTATGCAATGACAGGACACTTGCTTGTAAAAAGCGA
EST: CCGGAAGGTTGCACAAATTATCTCTCAACACCTGTTATGGGAACATTCGG GTATGTAGCACCAGAGTATGCAATGACAGGACACTTGCTTGTAAAAAGCGAEST: gi|3763864|gb|AU030603.1|AU030603
genomic: CCGGAAGGTTGCACAAATTATCTCTCAACACGTGTTATGGGAACATTCGGgtaagcaggt ... gtgctttcagGTATGTAGCACCAGAGTATGCAATGACAGGACACTTGCTTGTAAAAAGCGA
EST: CCGGAAG-TTGCACAAATTATCTCTCAACACGTGTTATGGGA-CATTCGG GTATGTAGCACCAGAGTATGCCATGACAGGACACTTGCTTGTNAAA-GCGAEST: gi|29619813|gb|CB624825.1|CB624825
genomic: CCGGAAGGTTGCACAAATTATCTCTCAACACGTGTTATGGGAACATTCGGgtaagcaggt ... gtgctttcagGTATGTAGCACCAGAGTATGCAATGACAGGACACTTGCTTGTAAAAAGCGA
EST: CCGGAAGGTTGCACAAATTATCTCTCAACACGTGTTATGGGAACATTCGG GTATGTAGCACCAGAGTATGCAATGACAGGACACTTGCTTGTAAAAAGCGAEST: gi|29628587|gb|CB633598.1|CB633598
genomic: CCGGAAGGTTGCACAAATTATCTCTCAACACGTGTTATGGGAACATTCGGgtaagcaggt ... gtgctttcagGTATGTAGCACCAGAGTATGCAATGACAGGACACTTGCTTGTAAAAAGCGA
EST: CCGGAAGGTTGCACAAATTATCTCTCAACACGTGTTATGGGAACATTCGG GTATGTAGCACCAGAGTATGCAATGACAGGACACTTGCTTGTAAAAAGCGA
genomic: CCGGAAGGTTGCACAAATTATCTCTCAACACGTGTTATGGGAACATTCGGgtaagcaggt ... gtgctttcagGTATGTAGCACCAGAGTATGCAATGACAGGACACTTGCTTGTAAAAAGCGA
tactccccagatgtttctgctctgcttttgcttcatatagctgtcgtgctttcagGTATGTAGCACCAGAGTATGCAATGACAGGACACTTGCTTGTAAAAAGCGATGTATATAGCTATGGAGTTGTTCTACTTGAACTACTTACTGGGAGGAGG
tgctttc CT-rich tract
ttcatata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagcaggttgaccaccttgaagtactccccagatgtttctgctctgcttttgcttcatatagctgtcgtgctttcagGTATGTAGCACCAGAGTATGCAATGACAGGACACTTGCTTGTAAAAAGCGATGTATATAGCTATGGAGTTGTTCTACTTGAACTACTTACTGGGAGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG