Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtactttcttttctttttcctaaataactaactgtcactattgttccttgttgatctcgtgcttctgttcttctgagaaaggaaacgcttttttcttagccatatcggctcatggaggggtagtttttgttgaacatgtttcgattttgcagGGGATCTTAATTAATGGGCAGTTTCCAGGGCCTCAAATAGATGCTGTTACAAATGACAACTTGATTATCAATGTCTATAACTACCTCAGAGAACCGTTCC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G01580.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|10237960|gb|BE806848.1|BE806848
EST:     CTTGGAAGGTCACCTATGGTGACATCTATCCTCTTGGTGTCAAGCAACAA                         GGGATCTTAATT
genomic: CTTGGAAGGTCACCTATGGTGACATCTATCCTCTTGGTGTCAAGCAACAAgtactttctt ... gattttgcagGGGATCTTAATT
EST: gi|9204473|gb|BE330697.1|BE330697
EST:     CTTGGAAGGTCACCTATGGTGACATCTATCCTCTTGGTGTCAAGCAACAA                         GGGATCTTAATTAATGGGCAGTTTCCAGGGCCTCAAATAGATGCTGTTACA
genomic: CTTGGAAGGTCACCTATGGTGACATCTATCCTCTTGGTGTCAAGCAACAAgtactttctt ... gattttgcagGGGATCTTAATTAATGGGCAGTTTCCAGGGCCTCAAATAGATGCTGTTACA
EST: gi|16997237|gb|BM086609.1|BM086609
EST:     TTACAAGCAACAACTTAACGCTTAACAACAGCACTCTCCCTAATCCTTCTGTGTATGCAAAATGAGACCATGCAAATGCAAATGCAATG
genomic: TTACAAGCAACAACTTAACGCTTAACAACAGCACTCTCCCTAATCCTTCTGTGTATGCAAAATGAGACCATGCAAATGCAAATGCAATG
EST: gi|7588537|gb|AW704260.1|AW704260
EST:     TTCACATTACAAGCAACAACTTAACGCTTAACAACAGCACTCTCCCTAATCCTTCTGTGTATGCAAAATGAGACCATGCAAATGCAAATGCAATG
genomic: TTCACATTACAAGCAACAACTTAACGCTTAACAACAGCACTCTCCCTAATCCTTCTGTGTATGCAAAATGAGACCATGCAAATGCAAATGCAATG
EST: gi|213598785|gb|DB968256.1|DB968256
EST:     ATCTATAATGTAAAGGGAAGGGAGGTTCACATTCACATTACAAGCAACAACTTAACGCTTAACAACAGCACTCTCCCTAATCCTTCTGTGTATGCAAAATGAGACCATGCAAATGCAAATGCAATG
genomic: ATCTATAATGTAAAGGGAAGGGAGGTTCACATTCACATTACAAGCAACAACTTAACGCTTAACAACAGCACTCTCCCTAATCCTTCTGTGTATGCAAAATGAGACCATGCAAATGCAAATGCAATG
EST: gi|213618027|gb|DB963660.1|DB963660
EST:     ATCTATAATGTAAAGGGAAGGGAGGTTCACATTCACATTACAAGCAACAACTTAACGCTTAACAACAGCACTCTCCCTAATCCTTCTGTGTATGCAAAATGAGACCATGCAAATGCAAATGCAATG
genomic: ATCTATAATGTAAAGGGAAGGGAGGTTCACATTCACATTACAAGCAACAACTTAACGCTTAACAACAGCACTCTCCCTAATCCTTCTGTGTATGCAAAATGAGACCATGCAAATGCAAATGCAATG
EST: gi|193347125|gb|FK310211.1|FK310211
EST:     CTTGGAAGGTCACCTATGGTGACATCTATCCTCTTGGTGTCAAGCAACAA                         GGGATCTTAATTAATGGGCAGTTTCCAGGGCCTCAAATAGATGCTGTTACA
genomic: CTTGGAAGGTCACCTATGGTGACATCTATCCTCTTGGTGTCAAGCAACAAgtactttctt ... gattttgcagGGGATCTTAATTAATGGGCAGTTTCCAGGGCCTCAAATAGATGCTGTTACA
EST: gi|7926178|gb|AW832204.1|AW832204
EST:     GGTTCACATTCACATTACAAGCAACAACTTAACGCTTAACAACAGCACTCTCCCTAATCCTTCTGTGTATGCAAAATGAGACCATGCAAATGCAAATGCAATG
genomic: GGTTCACATTCACATTACAAGCAACAACTTAACGCTTAACAACAGCACTCTCCCTAATCCTTCTGTGTATGCAAAATGAGACCATGCAAATGCAAATGCAATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agccatatcggctcatggaggggtagtttttgttgaacatgtttcgattttgcagGGGATCTTAATTAATGGGCAGTTTCCAGGGCCTCAAATAGATGCTGTTACAAATGACAACTTGATTATCAATGTCTATAACTACCTCAGAGAACCGTTCC
                       tagttttt  TA-rich tract