Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTCCTTTCCATGAGGATTGCCTCCATGAGCCCAGTGCTATATGGGTTCGGACTGGATAGTGATGGCCTCCATGACCACGCACAAgtatggaacagcaaaatcatttttttgtcagctaaaaatacggtcaataagctgatgtttaaatgtgaactgtaaaattgcgctgatgtgtttcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G882527_T01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G882527_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os08g42470.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
TTCCTTTCCATGAGGATTGCCTCCATGAGCCCAGTGCTATATGGGTTCGGACTGGATAGTGATGGCCTCCATGACCACGCACAAgtatggaacagcaaaatcatttttttgtcagctaaaaatacggtcaat-aagctgatgtttaaatgtgaactgtaaaattgcgctgatgtgtttcag
||||| |||||||||||||| || |||||||||||| | ||||| || ||| |||| || ||||||||||||||||| | | |  | |  |      ||||  || |    | | ||||| || |    ||| ||  |  ||| ||||  |  | |    |||     | || | ||||||
TTCCTATCCATGAGGATTGCTTCAATGAGCCCAGTGTTGTATGGCTTTGGAATGGACAGCGATGGCCTCCATGACCAAgtaaatatctaaat-----aaatatttgtaccttgaactaaatatgcctaaaattaatttcttgtgtaaagttagatt----aatgttcttaatctttttcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86475112|gb|DY241482.1|DY241482
EST:     GGCCTCCATGACCCCGCAC--                         AA-ATGGGAGTCATGTTCCAGGAAGCCCTTGCAATGGCAGGTCCAGTGCTG
genomic: GGCCTCCATGACCACGCACAAgtatggaaca ... tgtgtttcagAAGATGGGAGTCATGTTCCAGGAAGCCCTTGCAATGGCAGGTCCAGTGCTG
EST: gi|94480072|gb|EB709030.1|EB709030
EST:     TGCTATATGGGTTGGGACTGGATAGTGAGGGCCTCCATGACCACGCACAA                         AAGATGGGAGTCATGTTCCAGGAAGCCCTTGCAATGGCAGGTCCAGTGCTG
genomic: TGCTATATGGGTTCGGACTGGATAGTGATGGCCTCCATGACCACGCACAAgtatggaaca ... tgtgtttcagAAGATGGGAGTCATGTTCCAGGAAGCCCTTGCAATGGCAGGTCCAGTGCTG
EST: gi|101392951|gb|EB818406.1|EB818406
EST:     TGCTATATGGGTTCGGACTGGATAGTGATGGCCTCCATGACCACGCACAA                         AAGATGGGAGTCATGTTCCAGGAAGCCCTTGCAATGGCAGGTCCAGTGCTG
genomic: TGCTATATGGGTTCGGACTGGATAGTGATGGCCTCCATGACCACGCACAAgtatggaaca ... tgtgtttcagAAGATGGGAGTCATGTTCCAGGAAGCCCTTGCAATGGCAGGTCCAGTGCTG
EST: gi|78024412|gb|DV492799.1|DV492799
EST:     GACCACGCACAA                         AAGATGGGAGTCATGTTCCAGGAAGCCCTTGCAATGGCAGGTCCAGTGTTG
genomic: GACCACGCACAAgtatggaaca ... tgtgtttcagAAGATGGGAGTCATGTTCCAGGAAGCCCTTGCAATGGCAGGTCCAGTGCTG
EST: gi|60342009|gb|DN208982.1|DN208982
EST:     TGCTATATGGGTTCGGACTGGATAGTGATGGCCTCCATGACCACGCACAA                         AAGATGGGAGTCATGTTCCAGGAAGCCCTTGCAATGGCAGGTCCAGTGCTG
genomic: TGCTATATGGGTTCGGACTGGATAGTGATGGCCTCCATGACCACGCACAAgtatggaaca ... tgtgtttcagAAGATGGGAGTCATGTTCCAGGAAGCCCTTGCAATGGCAGGTCCAGTGCTG
EST: gi|14243392|gb|BG841045.2|BG841045
EST:     TGCTATATGGGTTCGGACTGGATAGTGATGGCCTCCATGACCACGCACAA                         AAGATGGGAGTCATGTTCCAGGAAGCCCTTGCAATGGCAGGTCCAGTGCTG
genomic: TGCTATATGGGTTCGGACTGGATAGTGATGGCCTCCATGACCACGCACAAgtatggaaca ... tgtgtttcagAAGATGGGAGTCATGTTCCAGGAAGCCCTTGCAATGGCAGGTCCAGTGCTG
EST: gi|71769016|gb|DR966953.1|DR966953
EST:     TGCTATATGGGTTCGGACTGGATAGTGATGGCCTCCATGACCACGCACAA                         AAGATGGGAGTCATGTTCCAGGAAGCCCTTGCAATGGCAGGTCCAGTGCTG
genomic: TGCTATATGGGTTCGGACTGGATAGTGATGGCCTCCATGACCACGCACAAgtatggaaca ... tgtgtttcagAAGATGGGAGTCATGTTCCAGGAAGCCCTTGCAATGGCAGGTCCAGTGCTG