1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtatggaacagcaaaatcatttttttgtcagctaaaaatacggtcaataagctgatgtttaaatgtgaactgtaaaattgcgctgatgtgtttcagAAGATGGGAGTCATGTTCCAGGAAGCCCTTGCAATGGCAGGTCCAGTGCTGAGCCAAGCCAGCCCAGCAGCTCCATCTGAAGCCATCATGGACACCACCA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM5G882527_T01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGCCTCCATGACCCCGCAC-- AA-ATGGGAGTCATGTTCCAGGAAGCCCTTGCAATGGCAGGTCCAGTGCTGEST: gi|94480072|gb|EB709030.1|EB709030
genomic: GGCCTCCATGACCACGCACAAgtatggaaca ... tgtgtttcagAAGATGGGAGTCATGTTCCAGGAAGCCCTTGCAATGGCAGGTCCAGTGCTG
EST: TGCTATATGGGTTGGGACTGGATAGTGAGGGCCTCCATGACCACGCACAA AAGATGGGAGTCATGTTCCAGGAAGCCCTTGCAATGGCAGGTCCAGTGCTGEST: gi|101392951|gb|EB818406.1|EB818406
genomic: TGCTATATGGGTTCGGACTGGATAGTGATGGCCTCCATGACCACGCACAAgtatggaaca ... tgtgtttcagAAGATGGGAGTCATGTTCCAGGAAGCCCTTGCAATGGCAGGTCCAGTGCTG
EST: TGCTATATGGGTTCGGACTGGATAGTGATGGCCTCCATGACCACGCACAA AAGATGGGAGTCATGTTCCAGGAAGCCCTTGCAATGGCAGGTCCAGTGCTGEST: gi|78024412|gb|DV492799.1|DV492799
genomic: TGCTATATGGGTTCGGACTGGATAGTGATGGCCTCCATGACCACGCACAAgtatggaaca ... tgtgtttcagAAGATGGGAGTCATGTTCCAGGAAGCCCTTGCAATGGCAGGTCCAGTGCTG
EST: GACCACGCACAA AAGATGGGAGTCATGTTCCAGGAAGCCCTTGCAATGGCAGGTCCAGTGTTGEST: gi|60342009|gb|DN208982.1|DN208982
genomic: GACCACGCACAAgtatggaaca ... tgtgtttcagAAGATGGGAGTCATGTTCCAGGAAGCCCTTGCAATGGCAGGTCCAGTGCTG
EST: TGCTATATGGGTTCGGACTGGATAGTGATGGCCTCCATGACCACGCACAA AAGATGGGAGTCATGTTCCAGGAAGCCCTTGCAATGGCAGGTCCAGTGCTGEST: gi|14243392|gb|BG841045.2|BG841045
genomic: TGCTATATGGGTTCGGACTGGATAGTGATGGCCTCCATGACCACGCACAAgtatggaaca ... tgtgtttcagAAGATGGGAGTCATGTTCCAGGAAGCCCTTGCAATGGCAGGTCCAGTGCTG
EST: TGCTATATGGGTTCGGACTGGATAGTGATGGCCTCCATGACCACGCACAA AAGATGGGAGTCATGTTCCAGGAAGCCCTTGCAATGGCAGGTCCAGTGCTGEST: gi|71769016|gb|DR966953.1|DR966953
genomic: TGCTATATGGGTTCGGACTGGATAGTGATGGCCTCCATGACCACGCACAAgtatggaaca ... tgtgtttcagAAGATGGGAGTCATGTTCCAGGAAGCCCTTGCAATGGCAGGTCCAGTGCTG
EST: TGCTATATGGGTTCGGACTGGATAGTGATGGCCTCCATGACCACGCACAA AAGATGGGAGTCATGTTCCAGGAAGCCCTTGCAATGGCAGGTCCAGTGCTG
genomic: TGCTATATGGGTTCGGACTGGATAGTGATGGCCTCCATGACCACGCACAAgtatggaaca ... tgtgtttcagAAGATGGGAGTCATGTTCCAGGAAGCCCTTGCAATGGCAGGTCCAGTGCTG
ggtcaataagctgatgtttaaatgtgaactgtaaaattgcgctgatgtgtttcagAAGATGGGAGTCATGTTCCAGGAAGCCCTTGCAATGGCAGGTCCAGTGCTGAGCCAAGCCAGCCCAGCAGCTCCATCTGAAGCCATCATGGACACCACCA
cgctgat putative branch site (score: 4)
atgtttaaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatggaacagcaaaatcatttttttgtcagctaaaaatacggtcaataagctgatgtttaaatgtgaactgtaaaattgcgctgatgtgtttcagAAGATGGGAGTCATGTTCCAGGAAGCCCTTGCAATGGCAGGTCCAGTGCTGAGCCAAGCCAGCCCAGCAGCTCCATCTGAAGCCATCATGGACACCACCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA