1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
CCGCGCCTCCCAGCTCCAGAAGGAGGGCAAGAAGATCATCTTCACCAACGTCGGCAACCCGCACGCCCTCGGCCAGAAGCCGCTCACCTTCCCGCGCCAGgtcagggtcgccatctcatccgcatcgcatcctcatggagttggttgctcgacgacgccttctcttctttcttacccagacggcacttcatcccgttcccgtgcgcag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM5G840582_T03 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TCGGCAACCCGCACGCCCTCGGCCAGAAGCCGCTCACCTTCCCGCGCCAG GTGGTGGCGCTGTGCCAGGCTCCGTTCCTCCTCGATGACCCCAATGTCGGCEST: gi|148974460|gb|EE025239.2|EE025239
genomic: TCGGCAACCCGCACGCCCTCGGCCAGAAGCCGCTCACCTTCCCGCGCCAGgtcagggtcg ... ccgtgcgcagGTGGTGGCGCTGTGCCAGGCTCCGTTCCTCCTCGATGACCCCAATGTCGGC
EST: TCGGCAACCCGCACGCCCTCGGCCAGAAGCCGCTCACCTTCCCGCGCCAG GTGGTGGCGCTGTGCCAGGCTCCGTTCCTCCTCGATGACCCCAATGTCGGCEST: gi|149026983|gb|EE046321.2|EE046321
genomic: TCGGCAACCCGCACGCCCTCGGCCAGAAGCCGCTCACCTTCCCGCGCCAGgtcagggtcg ... ccgtgcgcagGTGGTGGCGCTGTGCCAGGCTCCGTTCCTCCTCGATGACCCCAATGTCGGC
EST: TCGGCAACCCGCACGCCCTCGGCCAGAAGCCGCTCACCTTCCCGCGCCAG GTGGTGGCGCTGTGCCAGGCTCCGTTCCTCCTCGATGACCCCAATGTCGGCEST: gi|211033758|gb|FL005921.1|FL005921
genomic: TCGGCAACCCGCACGCCCTCGGCCAGAAGCCGCTCACCTTCCCGCGCCAGgtcagggtcg ... ccgtgcgcagGTGGTGGCGCTGTGCCAGGCTCCGTTCCTCCTCGATGACCCCAATGTCGGC
EST: TCGGCAACCCGCACGCCCTCGGCCAGAAGCCGCTCACCTTCCCGCGCCAG GTGGTGGCGCTGTGCCAGGCTCCGTTCCTCCTCGATGACCCCAATGTCGGCEST: gi|148940269|gb|EC885045.2|EC885045
genomic: TCGGCAACCCGCACGCCCTCGGCCAGAAGCCGCTCACCTTCCCGCGCCAGgtcagggtcg ... ccgtgcgcagGTGGTGGCGCTGTGCCAGGCTCCGTTCCTCCTCGATGACCCCAATGTCGGC
EST: TCGGCAACCCGCACGCCCTCGGCCAGAAGCCGCTCACCTTCCCGCGCCAG GTGGTGGCGCTGTGCCAGGCTCCGTTCCTCCTCGATGACCCCAATGTCGGCEST: gi|149070661|gb|EE159075.2|EE159075
genomic: TCGGCAACCCGCACGCCCTCGGCCAGAAGCCGCTCACCTTCCCGCGCCAGgtcagggtcg ... ccgtgcgcagGTGGTGGCGCTGTGCCAGGCTCCGTTCCTCCTCGATGACCCCAATGTCGGC
EST: TCGGCAACCCGCACGCCCTCGGCCAGAAGCCGCTCACCTTCCCGCGCCAG GTGGTGGCGCTGTGCCAGGCTCCGTTCCTCCTCGATGACCCCAATGTCGGCEST: gi|91048303|gb|EB158721.1|EB158721
genomic: TCGGCAACCCGCACGCCCTCGGCCAGAAGCCGCTCACCTTCCCGCGCCAGgtcagggtcg ... ccgtgcgcagGTGGTGGCGCTGTGCCAGGCTCCGTTCCTCCTCGATGACCCCAATGTCGGC
EST: TCGGCAACCCGCACGCCCTCGGCCAGAAGCCGCTCACCTTCCCGCGCCAG GTGGTGGCGCTGTGCCAGGCTCCGTTCCTCCTCGATGACCCCAATGTCGGCEST: gi|78112476|gb|DV530870.1|DV530870
genomic: TCGGCAACCCGCACGCCCTCGGCCAGAAGCCGCTCACCTTCCCGCGCCAGgtcagggtcg ... ccgtgcgcagGTGGTGGCGCTGTGCCAGGCTCCGTTCCTCCTCGATGACCCCAATGTCGGC
EST: TCGGCAACCCGCACGCCCTCGGCCAGAAGCCGCTCACCTTCCCGCGCCAG GTGGTGGCGCTGTGCCAGGCTCCGTTCCTCCTCGATGACCCCAATGTCGGCEST: gi|211033757|gb|FL005920.1|FL005920
genomic: TCGGCAACCCGCACGCCCTCGGCCAGAAGCCGCTCACCTTCCCGCGCCAGgtcagggtcg ... ccgtgcgcagGTGGTGGCGCTGTGCCAGGCTCCGTTCCTCCTCGATGACCCCAATGTCGGC
EST: TCGGCAACCCGCACGCCCTCGGCCAGAAGCCGCTCACCTTCCCGCGCCAG GTGGTGGCGCTGTGCCAGGCTCCGTTCCTCCTCGATGACCCCAATGTCGGCEST: gi|149041122|gb|EE046896.2|EE046896
genomic: TCGGCAACCCGCACGCCCTCGGCCAGAAGCCGCTCACCTTCCCGCGCCAGgtcagggtcg ... ccgtgcgcagGTGGTGGCGCTGTGCCAGGCTCCGTTCCTCCTCGATGACCCCAATGTCGGC
EST: TCGGCAACCCGCACGCCCTCGGCCAGAAGCCGCTCACCTTCCCGCGCCAG GTGGTGGCGCTGTGCCAGGCTCCGTTCCTCCTCGATGACCCCAATGTCGGC
genomic: TCGGCAACCCGCACGCCCTCGGCCAGAAGCCGCTCACCTTCCCGCGCCAGgtcagggtcg ... ccgtgcgcagGTGGTGGCGCTGTGCCAGGCTCCGTTCCTCCTCGATGACCCCAATGTCGGC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CCGCGCCTCCCAGCTCCAGAAGGAGGGCAAGAAGATCATCTTCACCAACGTCGGCAACCCGCACGCCCTCGGCCAGAAGCCGCTCACCTTCCCGCGCCAGgtcagggtcgccatctcatccgcatcgcatcctcatggagttggttgctcgacgacgccttctcttctttcttacccagacggcacttcatcccgttcccgtgcgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC