Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTCAAGCCAAACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAGgtaaataaatatttttcccatatggattattcaagaagttaattgatcgttctgtgacttcgttacatgcattatgcacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G324886_T01
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G324886_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os01g55270.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
TTCAAGCCAAACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAGgtaaataaatatttttccca--tatggattat---tcaagaagttaattgatcgttctgtgacttcgttacatgcattatgc-acag----------
|||||||||| |||||  ||||| || ||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||| |  ||    ||  |   |||  | ||   |  |||  | ||    | ||   |  |    |||       || ||| ||            
TTCAAGCCAAGCATGGCTAAGGAGAAGGATCCAATGTCTGGAATTATGGATTTGATGAAGgtaaacacctacccgtcataatgatgagtcatgacttcagacttgaacaattagtctggaaatcctgttctgactgttgtgctacttatgtctgcag

upper sequence: GRMZM2G324886_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv10s0003g03510.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
TTCAAGCCAAACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAGgtaa-ataaatatttttcccatatggattattcaagaagttaattgatcgttctgtgacttcgttacatgcattatgcacag---------------------------------------------------------------------
 | |||||| |  |||||||||||  |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| | ||     |  || |  |      | |  |      |   ||   |  | |||  | |    ||||||  || | ||                                                                      
CTGAAGCCAGATCTGGACAAGGAACGAGATCCTATGGCAGGAATTATGGACTTAATGAAGgtgagatttccttcatttctgtgcttgctgtgtatatgtatgtgtgggtgcac-gtggatacaa-gcatgcac-atactcaaccttattttgatgattttatttttgctttatgctattccattctgaaaactgtgatatgcaaattgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|21432386|gb|BQ547876.1|BQ547876
EST:     ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAG                         AACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
genomic: ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAGgtaaataaat ... ttatgcacagAACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
EST: gi|110947916|gb|EE168073.1|EE168073
EST:     ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAG                         AACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
genomic: ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAGgtaaataaat ... ttatgcacagAACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
EST: gi|211168821|gb|FL450568.1|FL450568
EST:     ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAG                         AACATGTATGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
genomic: ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAGgtaaataaat ... ttatgcacagAACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
EST: gi|211265894|gb|FL475742.1|FL475742
EST:     ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAG                         AACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
genomic: ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAGgtaaataaat ... ttatgcacagAACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
EST: gi|71297780|gb|DR784843.1|DR784843
EST:     ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAG                         AACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
genomic: ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAGgtaaataaat ... ttatgcacagAACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
EST: gi|111193385|gb|EE291521.1|EE291521
EST:     ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAG                         AACATGTACGAGGAGGGGGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
genomic: ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAGgtaaataaat ... ttatgcacagAACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
EST: gi|166435961|gb|EG078983.1|EG078983
EST:     ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAG                         AACATGTACGAGGAGGGC
genomic: ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAGgtaaataaat ... ttatgcacagAACATGTACGAGGAGGGC
EST: gi|148986540|gb|EE030297.2|EE030297
EST:     ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAG                         AACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
genomic: ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAGgtaaataaat ... ttatgcacagAACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
EST: gi|149071899|gb|EE160286.2|EE160286
EST:     ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAG                         AACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
genomic: ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAGgtaaataaat ... ttatgcacagAACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
EST: gi|60394085|gb|DN226955.1|DN226955
EST:     ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAG                         AACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
genomic: ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAGgtaaataaat ... ttatgcacagAACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
EST: gi|37397713|gb|CF636164.1|CF636164
EST:     ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAG                         AACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
genomic: ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAGgtaaataaat ... ttatgcacagAACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
EST: gi|91871531|gb|EB401488.1|EB401488
EST:     ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAG                         AACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
genomic: ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAGgtaaataaat ... ttatgcacagAACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
EST: gi|5847273|gb|AW000352.1|AW000352
EST:     ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAG                         AACATGTATGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
genomic: ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAGgtaaataaat ... ttatgcacagAACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
EST: gi|60356548|gb|DN223521.1|DN223521
EST:     ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAG                         AACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
genomic: ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAGgtaaataaat ... ttatgcacagAACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
EST: gi|148986541|gb|EE030298.2|EE030298
EST:     ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAG                         AACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
genomic: ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAGgtaaataaat ... ttatgcacagAACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
EST: gi|91872606|gb|EB402563.1|EB402563
EST:     ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAG                         AACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
genomic: ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAGgtaaataaat ... ttatgcacagAACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
EST: gi|6828099|gb|AW331742.1|AW331742
EST:     ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAG                         AACATGTATGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCCCAATAGCCAAAGCT
genomic: ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAGgtaaataaat ... ttatgcacagAACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
EST: gi|12968051|gb|BG264998.1|BG264998
EST:     CCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAG                         AACATGTACGAGGAGGGCGACCGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGC
genomic: CCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAGgtaaataaat ... ttatgcacagAACATGTACGAGGAGGGCGA-CGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGC
EST: gi|149105902|gb|EE291522.2|EE291522
EST:     ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAG                         AACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
genomic: ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAGgtaaataaat ... ttatgcacagAACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
EST: gi|149107865|gb|EE292225.2|EE292225
EST:     ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAG                         AACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
genomic: ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAGgtaaataaat ... ttatgcacagAACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
EST: gi|211101846|gb|FL135638.1|FL135638
EST:     ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAG                         AACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
genomic: ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAGgtaaataaat ... ttatgcacagAACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
EST: gi|149071898|gb|EE160285.2|EE160285
EST:     ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAG                         AACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCCCAATAGCCAAAGCT
genomic: ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAGgtaaataaat ... ttatgcacagAACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
EST: gi|148932418|gb|EC876110.2|EC876110
EST:     ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAG                         AACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
genomic: ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAGgtaaataaat ... ttatgcacagAACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
EST: gi|9731242|gb|BE509994.1|BE509994
EST:     ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAG                         AACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
genomic: ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAGgtaaataaat ... ttatgcacagAACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
EST: gi|5525553|gb|AI861446.1|AI861446
EST:     ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAG                         AACATGTATGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
genomic: ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAGgtaaataaat ... ttatgcacagAACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
EST: gi|40337170|gb|CK371240.1|CK371240
EST:     ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAG                         AACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
genomic: ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAGgtaaataaat ... ttatgcacagAACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
EST: gi|60359174|gb|DN226147.1|DN226147
EST:     ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAG                         AACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
genomic: ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAGgtaaataaat ... ttatgcacagAACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
EST: gi|211324693|gb|FL456196.1|FL456196
EST:     ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAG                         AACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
genomic: ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAGgtaaataaat ... ttatgcacagAACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
EST: gi|6828100|gb|AW331743.1|AW331743
EST:     ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAG                         AACATGTATGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
genomic: ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAGgtaaataaat ... ttatgcacagAACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
EST: gi|7031246|gb|AW461134.1|AW461134
EST:     ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAG                         AACATGTATGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
genomic: ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAGgtaaataaat ... ttatgcacagAACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
EST: gi|211119756|gb|FL005495.1|FL005495
EST:     ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAG                         AACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
genomic: ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAGgtaaataaat ... ttatgcacagAACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
EST: gi|211168822|gb|FL450569.1|FL450569
EST:     ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAG                         AACATGTATGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
genomic: ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAGgtaaataaat ... ttatgcacagAACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
EST: gi|211064088|gb|FL320247.1|FL320247
EST:     ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAG                         AACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
genomic: ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAGgtaaataaat ... ttatgcacagAACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
EST: gi|110194211|gb|EC876109.1|EC876109
EST:     ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAG                         AACATGTACGAGGAGGGGGAGGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
genomic: ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAGgtaaataaat ... ttatgcacagAACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
EST: gi|21432134|gb|BQ547624.1|BQ547624
EST:     ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAG                         AACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
genomic: ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAGgtaaataaat ... ttatgcacagAACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
EST: gi|71311759|gb|DR792324.1|DR792324
EST:     ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAG                         AACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
genomic: ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAGgtaaataaat ... ttatgcacagAACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
EST: gi|12968052|gb|BG264999.1|BG264999
EST:     ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAG                         AACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
genomic: ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAGgtaaataaat ... ttatgcacagAACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
EST: gi|60396099|gb|DN228968.1|DN228968
EST:     ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAG                         AACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
genomic: ACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAGgtaaataaat ... ttatgcacagAACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCT
EST: gi|211120548|gb|FL005517.1|FL005517
EST:     CATGGACAAGGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAG                         AACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGA
genomic: CATGGACAAGG-AAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAGgtaaataaat ... ttatgcacagAACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 374

TTCAAGCCAAACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAGgtaaataaat ... ttatgcacagAACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCTTGGTCTGATGCCAGGTCTGGGAAGACGACTGATTCGATGAGCGGATTAC


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 379

TTCAAGCCAAACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAGgtaaataaat ... ttatgcacagAACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCTTGGTCTGATGCCAGGTCTGGGAAGACGACTGATTCGATGAGCGGATTAC


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 349

TTCAAGCCAAACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAGgtaaataaat ... ttatgcacagAACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCTTGGTCTGATGCCAGGTCTGGGAAGACGACTGATTCGATGAGCGGATTAC


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 279

TTCAAGCCAAACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAGgtaaataaat ... ttatgcacagAACATGTACGAGGAGGGCGACGAGGATATGAAGCGCACAATAGCCAAAGCTTGGTCTGATGCCAGGTCTGGGAAGACGACTGATTCGATGAGCGGATTAC


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTCAAGCCAAACATGGACAAGGAAAAAGATCCGATGTCAGGAATTATGGACTTAATGAAGgtaaataaatatttttcccatatggattattcaagaagttaattgatcgttctgtgacttcgttacatgcattatgcacag

- - - - -  CATGGA
- - - - - - - - - AAGGAA