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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtcagttctacctatgcctttgtgtaacgattgaaattctaaattgtgcagattatttttagttcctccaatctctcctaaaagctattttgcagAAATGTGCAGGTGGTCTCGGAAACATGACCTTTAATTGATTGAGAATCGATTGGCACCCAGGGGGGCTGGCGCCTTCCTATACCTTTTGATTAACTTCTC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G156218_T03
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60356139|gb|DN223112.1|DN223112
EST:     CTCCTGATTTCCGCGATTAGGTGACATGATTATTTCTTCAGTAATTGCAA                         AAATGTGCAGGTGGTCTCGGAAACATGACCTTTAATTGATTGAGAATCGAT
genomic: CTCCTGATTTCCGCGATTAGGTGACATGATTATTTCTTCAGTAATTGCAAgtcagttcta ... tattttgcagAAATGTGCAGGTGGTCTCGGAAACATGACCTTTAATTGATTGAGAATCGAT
EST: gi|74234556|gb|DT642470.1|DT642470
EST:     CTCCTGATTTCCGCGATTAGGTGACATGATTATTTCTTCAGTAATTGCAA                         AAATGTGCAGGTGGTCTCGGAAACATGACCTTTAATTGATTGAGAATCGAT
genomic: CTCCTGATTTCCGCGATTAGGTGACATGATTATTTCTTCAGTAATTGCAAgtcagttcta ... tattttgcagAAATGTGCAGGTGGTCTCGGAAACATGACCTTTAATTGATTGAGAATCGAT
EST: gi|71332306|gb|DR803091.1|DR803091
EST:     CTCCTGATTTCCGCGATTAGGTGACATGATTATTTCTTCAGTAATTGCAA                         AAATGTGCAGGTGGTCTCGGAAACATGACCTTTAATTGATTGAGAATCGAT
genomic: CTCCTGATTTCCGCGATTAGGTGACATGATTATTTCTTCAGTAATTGCAAgtcagttcta ... tattttgcagAAATGTGCAGGTGGTCTCGGAAACATGACCTTTAATTGATTGAGAATCGAT
EST: gi|71332305|gb|DR803090.1|DR803090
EST:     CTCCTGATTTCCGCGATTAGGTGACATGATTATTTCTTCAGTAATTGCAA                         AAATGTGCAGGTGGTCTCGGAAACATGACCTTTAATTGATTGAGAATCGAT
genomic: CTCCTGATTTCCGCGATTAGGTGACATGATTATTTCTTCAGTAATTGCAAgtcagttcta ... tattttgcagAAATGTGCAGGTGGTCTCGGAAACATGACCTTTAATTGATTGAGAATCGAT
EST: gi|74234555|gb|DT642469.1|DT642469
EST:     CTCCTGATTTCCGCGATTAGGTGACATGATTATTTCTTCAGTAATTGCAA                         AAATGTGCAGGTGGTCTCGGAAACATGACCTTTAATTGATTGAGAATCGAT
genomic: CTCCTGATTTCCGCGATTAGGTGACATGATTATTTCTTCAGTAATTGCAAgtcagttcta ... tattttgcagAAATGTGCAGGTGGTCTCGGAAACATGACCTTTAATTGATTGAGAATCGAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaattgtgcagattatttttagttcctccaatctctcctaaaagctattttgcagAAATGTGCAGGTGGTCTCGGAAACATGACCTTTAATTGATTGAGAATCGATTGGCACCCAGGGGGGCTGGCGCCTTCCTATACCTTTTGATTAACTTCTC
                                   tcctaaa  putative branch site (score: 2)
 ctatttt  putative PPT
 agattatttttagtt  TA-rich tract