1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
GGGAGCCTCAAGTCAGAGGCCCAGCTCGGATTTGTAAATAGCGAGGAGGATGGTGGAGGTGGAGAGCAACTCCCAGACTTGTGATGTTGACTATGTCAAGgtaagtaatttagcttacatgagataatgtgtttgataattaatatcctaccattcaaatgtctatatctatgtatcttataaaagcaaaccccactagctttcaatctcaacatttaaggctttcaacatgcttgcag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G116700_T01 |
intron # | 7 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TGGTGGAGGTGGAGAGCAACTCCCAGACTTGTGATGTTGACTATGTCAAG ATGGTCGATGGTGATGGAGGAGCCTCTTTAATCGCTGAAGTCTTCATTGTGEST: gi|78023115|gb|DV491502.1|DV491502
genomic: TGGTGGAGGTGGAGAGCAACTCCCAGACTTGTGATGTTGACTATGTCAAGgtaagtaatt ... atgcttgcagATGGTCGATGGTGATGGAGGAGCCTCTTTAATCGCTGAAGTCTTCATTGTG
EST: TGGTGGAGGTGGAGAGCAACTCCCAGACTTGTGATGTTGACTATGTCAAG ATGGTCGATGGTGATGGAGGAGCCTCTTTAATCGCTGAAGTCTTCATTGTGEST: gi|67027006|gb|CO455755.1|CO455755
genomic: TGGTGGAGGTGGAGAGCAACTCCCAGACTTGTGATGTTGACTATGTCAAGgtaagtaatt ... atgcttgcagATGGTCGATGGTGATGGAGGAGCCTCTTTAATCGCTGAAGTCTTCATTGTG
EST: TGGTGGAGGTGGAGAGCAACTCCCAGACTTGTGATGTTGACTATGTCAAG ATGGTCGATGGTGATGGAGGAGCCTCTTTAATCGCTGAAGTCTTCATTGTGEST: gi|101400222|gb|EB821933.1|EB821933
genomic: TGGTGGAGGTGGAGAGCAACTCCCAGACTTGTGATGTTGACTATGTCAAGgtaagtaatt ... atgcttgcagATGGTCGATGGTGATGGAGGAGCCTCTTTAATCGCTGAAGTCTTCATTGTG
EST: TGGTGGAGGTGGAGAGCAACTCCCAGACTTGTGATGTTGACTATGTCAAG ATGGTCGATGGTGATGGAGGAGCCTCTTTAATCGCTGAAGTCTTCATTGTGEST: gi|7137977|gb|AW499367.1|AW499367
genomic: TGGTGGAGGTGGAGAGCAACTCCCAGACTTGTGATGTTGACTATGTCAAGgtaagtaatt ... atgcttgcagATGGTCGATGGTGATGGAGGAGCCTCTTTAATCGCTGAAGTCTTCATTGTG
EST: TGGTGGAGGTGGAGAGCAACTCCCAGACTTGTGATGTTGACTATGTCAAG ATGGTCGATGGTGATGGAGGAGCCTCTTTAATCGCTGAAGTCTTCATTGTGEST: gi|113704153|gb|EE681657.1|EE681657
genomic: TGGTGGAGGTGGAGAGCAACTCCCAGACTTGTGATGTTGACTATGTCAAGgtaagtaatt ... atgcttgcagATGGTCGATGGTGATGGAGGAGCCTCTTTAATCGCTGAAGTCTTCATTGTG
EST: TGGTGGAGGTGGAGAGCAACTCCCAGACTTGTGATGTTGACTATGTCAAG ATGGTCGATGGTGATGGAGGAGCCTCTTTAATCGCTGAAGTCTTCATTGTG
genomic: TGGTGGAGGTGGAGAGCAACTCCCAGACTTGTGATGTTGACTATGTCAAGgtaagtaatt ... atgcttgcagATGGTCGATGGTGATGGAGGAGCCTCTTTAATCGCTGAAGTCTTCATTGTG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GGGAGCCTCAAGTCAGAGGCCCAGCTCGGATTTGTAAATAGCGAGGAGGATGGTGGAGGTGGAGAGCAACTCCCAGACTTGTGATGTTGACTATGTCAAGgtaagtaatttagcttacatgagataatgtgtttgataattaatatcctaccattcaaatgtctatatctatgtatcttataaaagcaaaccccactagctttcaatctcaacatttaaggctttcaacatgcttgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA