Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTGCTTCCACCAAATCAACAGAAGTACTCAAACATAGTCATGCTTAGATCAGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTGgtaagttcatgagcgtatttggtacactaataaggtgtttggtttgagaaataagttagtccattatcttctcactcacttttttgtttggttttgtaga...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G105192_T05
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G105192_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os02g01100.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
TTGCTTCCACCAAATCAACAGAAGTACTCAAACATAGTCATGCTTAGATCAGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTGgtaagttcatgagcgtatttggtacactaataaggtgtttggt-ttgagaaataagttagtccattatcttctcactcacttttttgtttggttttgtaga
||||| || |||||||| ||||||||  | |||||| |||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||     | |||  |   |   |  | |    |   |||| ||||    |||     || | |||          ||||   |          
TTGCTGCCTCCAAATCAGCAGAAGTATGCGAACATAATCATGCTTAGATCCTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTGgtatgttcat-----tctttttttttcctgttggttaccagtcgttgacaaattgaatagcggcataacatctgttcttaagctttgacag----------

upper sequence: GRMZM2G105192_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os02g01100.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 9
TTGCTTCCACCAAATCAACAGAAGTACTCAAACATAGTCATGCTTAGATCAGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTGgtaagttcatgagcgtatttggtacactaataaggtgtttggt-ttgagaaataagttagtc-cattatcttctcactcacttttttgtttggttttgtaga
||||| || |||||||| ||||||||  | |||||| |||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||     | |||  |   |   |  | |    |   |||| ||||    |||   ||| |  |     || |                      
TTGCTGCCTCCAAATCAGCAGAAGTATGCGAACATAATCATGCTTAGATCCTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTGgtatgttcat-----tctttttttttcctgttggttaccagtcgttgacaaattgaatagcggcataacatctgttcttaag--------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|16926851|gb|BM079919.1|BM079919
EST:     AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTG                         GACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
genomic: AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTGgtaagttcat ... gttttgacagGACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
EST: gi|16922011|gb|BM075387.1|BM075387
EST:     AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTG                         GACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
genomic: AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTGgtaagttcat ... gttttgacagGACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
EST: gi|17929411|gb|BM266371.1|BM266371
EST:     AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTG                         GACTTGTGATGGCATTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
genomic: AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTGgtaagttcat ... gttttgacagGACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
EST: gi|110220376|gb|EC902274.1|EC902274
EST:     AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTG                         GACTTGGGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
genomic: AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTGgtaagttcat ... gttttgacagGACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
EST: gi|18162838|gb|BM332677.1|BM332677
EST:     AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTG                         GACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
genomic: AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTGgtaagttcat ... gttttgacagGACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
EST: gi|29544356|gb|CB604736.1|CB604736
EST:     AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTG                         GACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
genomic: AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTGgtaagttcat ... gttttgacagGACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
EST: gi|17932564|gb|BM269524.1|BM269524
EST:     AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTG                         GACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
genomic: AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTGgtaagttcat ... gttttgacagGACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
EST: gi|18173199|gb|BM348587.1|BM348587
EST:     AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTG                         GACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
genomic: AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTGgtaagttcat ... gttttgacagGACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
EST: gi|113700925|gb|EE678429.1|EE678429
EST:     AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTG                         GACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
genomic: AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTGgtaagttcat ... gttttgacagGACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
EST: gi|18166790|gb|BM336629.1|BM336629
EST:     AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTG                         GACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
genomic: AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTGgtaagttcat ... gttttgacagGACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
EST: gi|71426676|gb|DR807726.1|DR807726
EST:     AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTG                         GACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
genomic: AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTGgtaagttcat ... gttttgacagGACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
EST: gi|67019146|gb|CO447895.1|CO447895
EST:     AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTG                         GACTTTTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
genomic: AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTGgtaagttcat ... gttttgacagGACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
EST: gi|110522223|gb|EE026407.1|EE026407
EST:     AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTG                         GACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
genomic: AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTGgtaagttcat ... gttttgacagGACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
EST: gi|91876287|gb|EB406244.1|EB406244
EST:     AGCCCTGGGGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTG                         GACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
genomic: AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTGgtaagttcat ... gttttgacagGACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
EST: gi|76288379|gb|DV027947.1|DV027947
EST:     AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTG                         GACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
genomic: AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTGgtaagttcat ... gttttgacagGACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
EST: gi|71446062|gb|DR827112.1|DR827112
EST:     AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTG                         GACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
genomic: AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTGgtaagttcat ... gttttgacagGACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTGCTTCCACCAAATCAACAGAAGTACTCAAACATAGTCATGCTTAGATCAGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTGgtaagttcatgagcgtatttggtacactaataaggtgtttggtttgagaaataagttagtccattatcttctcactcacttttttgtttggttttgtaga

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTCCTC