Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGCGGCGTAGAACCTAGCAAGTGCTTGGTTTTTGAAGACGCTCCTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGGAATgtaagggtatctactgttttagatacacgatttttgcaaccatttgtactacaactcttgctacttatgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G102231_T02
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G102231_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os08g14580.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
GGCGGCGTAGAACCTAGCAAGTGCTTGGTTTTTGAAGACGCTCCTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGGAATgtaag-ggtatctactgttttagatacacgatttttgcaaccatt-tgtact-acaactc-ttgctacttatgcag
|||    ||||||| || || |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| || ||||| |||||||| |||||||||| |     |||   |  | || |   |   ||   |  |||   || | | || |  ||| | ||| |||||
GGCAATATAGAACCAAGTAACTGCTTGGTATTTGAAGACGCACCTTCTGGTGTTGCCGCAGCAAAAAATGCTGGAATgtaagtgaccattacatgtacatatcctaaacaattatgagtattgcatattgataatttattggttcttttgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|50338090|gb|CO533216.1|CO533216
EST:     GTTTTTGAAGACGCTCCTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGGAAT                         GTCTGTAGTGATGGTCCCGGATCCCAGGCTGGATGTTTCGTATCACAAAGG
genomic: GTTTTTGAAGACGCTCCTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGGAATgtaagggtat ... acttatgcagGTCTGTAGTGATGGTCCCGGATCCAAGGCTGGATGTTTCGTATCACAAAGG
EST: gi|18181520|gb|BM382730.1|BM382730
EST:     GTTTTTGAAGACGCTCCTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGGAAT                         GTCTGTAGTGATGGTCCCGGATCCAAGGCTGGATGTTTCGTATCACAAAGG
genomic: GTTTTTGAAGACGCTCCTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGGAATgtaagggtat ... acttatgcagGTCTGTAGTGATGGTCCCGGATCCAAGGCTGGATGTTTCGTATCACAAAGG
EST: gi|211004136|gb|FL435012.1|FL435012
EST:     GTTTTTGAAGACGCTCCTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGGAAT                         GTCTGTAGTGATGGTCCCGGATCCAAGGCTGGATGTTTCGTATCACAAAGG
genomic: GTTTTTGAAGACGCTCCTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGGAATgtaagggtat ... acttatgcagGTCTGTAGTGATGGTCCCGGATCCAAGGCTGGATGTTTCGTATCACAAAGG
EST: gi|148994252|gb|EE034006.2|EE034006
EST:     GTTTTTGAAGACGCTCCTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGGAAT                         GTCTGTAGTGATGGTCCCGGATCCNAGGCTGGATGTTTCGTATCACAAAGG
genomic: GTTTTTGAAGACGCTCCTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGGAATgtaagggtat ... acttatgcagGTCTGTAGTGATGGTCCCGGATCCAAGGCTGGATGTTTCGTATCACAAAGG
EST: gi|149013687|gb|EE043137.2|EE043137
EST:     GTTTTTGAAGACGCTCCTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGGAAT                         GTCTGTAGTGATGGTCC
genomic: GTTTTTGAAGACGCTCCTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGGAATgtaagggtat ... acttatgcagGTCTGTAGTGATGGTCC
EST: gi|148954134|gb|EC899535.2|EC899535
EST:     GTTTTTGAAGACGCTCCTTCGGGTGTAGCGGCAGCGAAAAATGCCGGAAT                         GTCTGTAGTGATGGTCCCGGATCCAGGGCTGGATGTTTCGTATCACAAAGG
genomic: GTTTTTGAAGACGCTCCTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGGAATgtaagggtat ... acttatgcagGTCTGTAGTGATGGTCCCGGATCCAAGGCTGGATGTTTCGTATCACAAAGG
EST: gi|4572923|gb|AI586572.1|AI586572
EST:     GTTTTTGAAGACGCTCCTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGAAAT                         GTCTGTAGTGATGGTCCCGGATCCAAGGCTGGATGTTTCGTATCACAAAGG
genomic: GTTTTTGAAGACGCTCCTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGGAATgtaagggtat ... acttatgcagGTCTGTAGTGATGGTCCCGGATCCAAGGCTGGATGTTTCGTATCACAAAGG
EST: gi|67011472|gb|CO440221.1|CO440221
EST:     GTTTTTGAAGACGCTCCTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGGAAT                         GTCTGTAGTGATGGTCCCGGATCCAAGGCTGGATGTTTCGTATCACAAAGG
genomic: GTTTTTGAAGACGCTCCTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGGAATgtaagggtat ... acttatgcagGTCTGTAGTGATGGTCCCGGATCCAAGGCTGGATGTTTCGTATCACAAAGG
EST: gi|5649952|gb|AI920312.1|AI920312
EST:     GTTTTTGAAGACGCTCCTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGGAAT                         GTCTGTAGTGATGGTCCCGGATCCAAGGCTGGATGTTTCGTATCACAAAGG
genomic: GTTTTTGAAGACGCTCCTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGGAATgtaagggtat ... acttatgcagGTCTGTAGTGATGGTCCCGGATCCAAGGCTGGATGTTTCGTATCACAAAGG
EST: gi|14245028|gb|BG842966.2|BG842966
EST:     GTTTTTGAAGACGCTCCTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGGAAT                         GTCTGTAGTGATGGTCCCGGATCCAAGGCTGGATGTTTCGTATCACAAAGG
genomic: GTTTTTGAAGACGCTCCTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGGAATgtaagggtat ... acttatgcagGTCTGTAGTGATGGTCCCGGATCCAAGGCTGGATGTTTCGTATCACAAAGG
EST: gi|4572860|gb|AI586509.1|AI586509
EST:     GTTTTTGAAGACGCTCCTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGGAAT                         GTCTGTAGTGATGGTCCCGGATCCAAGGCTGGATGTTTCGTATCACAAAGG
genomic: GTTTTTGAAGACGCTCCTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGGAATgtaagggtat ... acttatgcagGTCTGTAGTGATGGTCCCGGATCCAAGGCTGGATGTTTCGTATCACAAAGG
EST: gi|50325634|gb|CO520760.1|CO520760
EST:     GTTTTTGAAGACGCTCCTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGGAAT                         GTCTGTAGTGATGGTCCCGGATCCAAGGCTGGATGTTTCGTATCACAAAGG
genomic: GTTTTTGAAGACGCTCCTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGGAATgtaagggtat ... acttatgcagGTCTGTAGTGATGGTCCCGGATCCAAGGCTGGATGTTTCGTATCACAAAGG
EST: gi|71773066|gb|DR970984.1|DR970984
EST:     GCTTTTGAAGACGCTCCTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGGAAT                         GTCTGTAGTGATGGTCCCGGATCCAGGGCTGGATGTTTCGGATCACAAAGG
genomic: GTTTTTGAAGACGCTCCTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGGAATgtaagggtat ... acttatgcagGTCTGTAGTGATGGTCCCGGATCCAAGGCTGGATGTTTCGTATCACAAAGG
EST: gi|71759278|gb|DR957215.1|DR957215
EST:     GTTTTTGAAGACGCTCCTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGGAAT                         GTCTGTAGTGATGGTCCCGGATCCAAGGCTGGATGTTTCGTATCACAAAGG
genomic: GTTTTTGAAGACGCTCCTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGGAATgtaagggtat ... acttatgcagGTCTGTAGTGATGGTCCCGGATCCAAGGCTGGATGTTTCGTATCACAAAGG
EST: gi|50338089|gb|CO533215.1|CO533215
EST:     GTTTTTGAAGACGCTCCTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGGAAT                         GTCTGTAGTGATGGTCCCGGATCCAAGGCTGGATGTTTCGTATCACAAAGG
genomic: GTTTTTGAAGACGCTCCTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGGAATgtaagggtat ... acttatgcagGTCTGTAGTGATGGTCCCGGATCCAAGGCTGGATGTTTCGTATCACAAAGG
EST: gi|44901216|gb|CK827761.1|CK827761
EST:     GTTTTTGAAGACGCTCCTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGGAAT                         GTCTGTAGTGATGGTCCCGGATCCAAGGCTGGATGTTTCGTATCACAAAGG
genomic: GTTTTTGAAGACGCTCCTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGGAATgtaagggtat ... acttatgcagGTCTGTAGTGATGGTCCCGGATCCAAGGCTGGATGTTTCGTATCACAAAGG
EST: gi|24764320|gb|CA399485.1|CA399485
EST:     GTTTTTGAAGACGCTCCTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGGAAT                         GTCTGTAGTGATGGTCCCGGATCCAAGGCTGGATGTTTCGTATCACAAAGG
genomic: GTTTTTGAAGACGCTCCTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGGAATgtaagggtat ... acttatgcagGTCTGTAGTGATGGTCCCGGATCCAAGGCTGGATGTTTCGTATCACAAAGG
EST: gi|211035715|gb|FL440361.1|FL440361
EST:     TTTTGAAGACGNCNTCYTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGGAAT                         GTCTGTAGTGATGGTCCCGGATCCAAGGCTGGATGTTTCGTATCACAAAGG
genomic: TTTTGAAGACG-C-TCCTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGGAATgtaagggtat ... acttatgcagGTCTGTAGTGATGGTCCCGGATCCAAGGCTGGATGTTTCGTATCACAAAGG
EST: gi|13249934|gb|BG360839.1|BG360839
EST:     TCCTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGGAAT                         GTCTGTAGTGATGGTCCCGGATCCAAGGCTGGATGTTTCGTATCACAAAGG
genomic: TCCTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGGAATgtaagggtat ... acttatgcagGTCTGTAGTGATGGTCCCGGATCCAAGGCTGGATGTTTCGTATCACAAAGG
EST: gi|60346823|gb|DN213796.1|DN213796
EST:     GTTTTTGAAGACGCTCCTTCGGGTGTAGCTGCGGCGAAAAATGCCGGAAT                         GTCTGTAGTGATGG
genomic: GTTTTTGAAGACGCTCCTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGGAATgtaagggtat ... acttatgcagGTCTGTAGTGATGG
EST: gi|5649953|gb|AI920313.1|AI920313
EST:     GTTTTTGAAGACGCTCCTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGGAAT                         GTCTGTAGTGATGGTCCCGGATCCAAGGCTGGATGTTTCGTATCACAAAGG
genomic: GTTTTTGAAGACGCTCCTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGGAATgtaagggtat ... acttatgcagGTCTGTAGTGATGGTCCCGGATCCAAGGCTGGATGTTTCGTATCACAAAGG
EST: gi|149013686|gb|EE043136.2|EE043136
EST:     GTTTTTGAAGACGCTCCTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGGAAT                         GTCTGTAGTGATGGTCCCGGATCCAAGGCTGGATGTTTCGTATCACAAAGG
genomic: GTTTTTGAAGACGCTCCTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGGAATgtaagggtat ... acttatgcagGTCTGTAGTGATGGTCCCGGATCCAAGGCTGGATGTTTCGTATCACAAAGG
EST: gi|13558434|gb|BG549790.1|BG549790
EST:     GTTTTTGAAGACGCTCCTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGGAAT                         GTCTGTAGTGATGGTCCCGGATCCAAGGCTGGATGTTTCGTATCACAAAGG
genomic: GTTTTTGAAGACGCTCCTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGGAATgtaagggtat ... acttatgcagGTCTGTAGTGATGGTCCCGGATCCAAGGCTGGATGTTTCGTATCACAAAGG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 45 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 50

GGCGGCGTAGAACCTAGCAAGTGCTTGGTTTTTGAAGACGCTCCTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGGAATgtaagggtat ... acttatgcagGTCTGTAGTGATGGTCCCGGATCCAAGGCTGGATGTTTCGTATCACAAAGGAGCTGACCAAGTTCTCAGTTCATTGCTGGACTTCAAACCTGCCGAATGG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 74

GGCGGCGTAGAACCTAGCAAGTGCTTGGTTTTTGAAGACGCTCCTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGGAATgtaagggtat ... acttatgcagGTCTGTAGTGATGGTCCCGGATCCAAGGCTGGATGTTTCGTATCACAAAGGAGCTGACCAAGTTCTCAGTTCATTGCTGGACTTCAAACCTGCCGAATGG


Block sizes: 48 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 62

GGCGGCGTAGAACCTAGCAAGTGCTTGGTTTTTGAAGACGCTCCTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGGAATgtaagggtat ... acttatgcagGTCTGTAGTGATGGTCCCGGATCCAAGGCTGGATGTTTCGTATCACAAAGGAGCTGACCAAGTTCTCAGTTCATTGCTGGACTTCAAACCTGCCGAATGG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 73

GGCGGCGTAGAACCTAGCAAGTGCTTGGTTTTTGAAGACGCTCCTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGGAATgtaagggtat ... acttatgcagGTCTGTAGTGATGGTCCCGGATCCAAGGCTGGATGTTTCGTATCACAAAGGAGCTGACCAAGTTCTCAGTTCATTGCTGGACTTCAAACCTGCCGAATGG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGCGGCGTAGAACCTAGCAAGTGCTTGGTTTTTGAAGACGCTCCTTCGGGTGTAGCTGCAGCGAAAAATGCCGGAATgtaagggtatctactgttttagatacacgatttttgcaaccatttgtactacaactcttgctacttatgcag

- - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGCAG