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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gttagattatataatctgggcaaataagctagactgtttgtttgcctcttaggattatttaatccagattatataatctggggggtaaacaaacaggcccTTAATCTCTGATGATGGACCGTGCTTTGTTTCCTGAATTAATACATGCCAACTGTTTAGTTTTGTAGTATGGAATGTGGATTTATTTAAGACAAGTTGTC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G077143_T05
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78544708|gb|DV622206.1|DV622206
EST:     CATGCTTGTTTCCTGGATTATTTATAGCTGTGTCCCGATGCACAGCAAAT                         TTAATCTCTGATGATGGACCGTGCTTGTGTTTCCTGAATTAATACATGCC
genomic: CATGCTTGTTTCCTGGATTATTTATAGCTGTGTCCCGATGCAC-GCAAATttagggcctg ... aaacaggcccTTAATCTCTGATGATGGACCGTGCTT-TGTTTCCTGAATTAATACATGCC
EST: gi|32911025|gb|CF015837.1|CF015837
EST:     CATGCTTGTTTCCTGGATTATTTATAGCTGTGTCCCGATGCACGGCAAAT                         TTAATCTCTGATGATGGACCGTGCTTGTGTTTCCTGAATTAATACATGCC
genomic: CATGCTTGTTTCCTGGATTATTTATAGCTGTGTCCCGATGCACG-CAAATttagggcctg ... aaacaggcccTTAATCTCTGATGATGGACCGTGCTT-TGTTTCCTGAATTAATACATGCC
EST: gi|32846453|gb|CD986134.1|CD986134
EST:     CATGCTTGTTTCCTGGATTATTTATAGCTGTGTCCCGATGCACGGCAAAT                         TTAATCTCTGATGATGGACCGTGCTTGTGTTTCCTG
genomic: CATGCTTGTTTCCTGGATTATTTATAGCTGTGTCCCGATGCACG-CAAATttagggcctg ... aaacaggcccTTAATCTCTGATGATGGACCGTGCTT-TGTTTCCTG
EST: gi|78080406|gb|DV508818.1|DV508818
EST:     CATGCTTGTTTCCTGGATTATTTATAGCTGTGTCCCGATGCACAGCAAAT                         TTAATCTCTGATGATGGACCGTGCTTGTGTTTCCTGAATTAATACCTGCC
genomic: CATGCTTGTTTCCTGGATTATTTATAGCTGTGTCCCGATGCAC-GCAAATttagggcctg ... aaacaggcccTTAATCTCTGATGATGGACCGTGCTT-TGTTTCCTGAATTAATACATGCC
EST: gi|58029679|gb|CX725106.1|CX725106
EST:     CATGCTTGTTTCCTGGATTATTTATAGCTGTGTCCCGATGCACAGCAAAT                         TTAATCTCTGATGATGGACCGTGCTTGTGTTTCCTGAATTAATACATGCC
genomic: CATGCTTGTTTCCTGGATTATTTATAGCTGTGTCCCGATGCAC-GCAAATttagggcctg ... aaacaggcccTTAATCTCTGATGATGGACCGTGCTT-TGTTTCCTGAATTAATACATGCC
EST: gi|211205864|gb|FL456096.1|FL456096
EST:     CATGCTTGTTTCCTGGATTATTTATAGCTGTGTCCCGATGCACAGCAAAT                         TTAATCTCTGATGATGGACCGTGCTTGTGTTTCCTGAATTAATACATGCC
genomic: CATGCTTGTTTCCTGGATTATTTATAGCTGTGTCCCGATGCAC-GCAAATttagggcctg ... aaacaggcccTTAATCTCTGATGATGGACCGTGCTT-TGTTTCCTGAATTAATACATGCC
EST: gi|60349354|gb|DN216327.1|DN216327
EST:     CATGCTTGTTTCCTGGATTATTTATAGCTGTGTCCCGATGCACAGCAAAT                         TTAATCTCTGATGATGGACCGTGCTTGTGTTTCCTGAATTAATACATGCC
genomic: CATGCTTGTTTCCTGGATTATTTATAGCTGTGTCCCGATGCAC-GCAAATttagggcctg ... aaacaggcccTTAATCTCTGATGATGGACCGTGCTT-TGTTTCCTGAATTAATACATGCC
EST: gi|87156355|gb|DY401144.1|DY401144
EST:     CCATGCTTGTTTCCTGGATTATTTATAGCTGTGTCCCGATGCACGCAAAT                         TTAATCTCTGATGATGGACCGTGC
genomic: CCATGCTTGTTTCCTGGATTATTTATAGCTGTGTCCCGATGCACGCAAATttagggcctg ... aaacaggcccTTAATCTCTGATGATGGACCGTGC
EST: gi|33093164|gb|CF053158.1|CF053158
EST:     CATGCTTGTTTCCTGGATTATTTATAGCTGTGTCCCGATGCACAGCAAAT                         TTAATCTCTGATGATGGGCCGTGCTTGTGTTTCCTGAATTAATACATGCC
genomic: CATGCTTGTTTCCTGGATTATTTATAGCTGTGTCCCGATGCAC-GCAAATttagggcctg ... aaacaggcccTTAATCTCTGATGATGGACCGTGCTT-TGTTTCCTGAATTAATACATGCC
EST: gi|33091898|gb|CF051892.1|CF051892
EST:     CATGCTTGTTTCCTGGATTATTTATAGCTGTGTCCCGATGCACGGCAAAT                         TTAATCTCTGATGATGGACCGTGCTTGTGTTTCCTGAATTAATACATGCC
genomic: CATGCTTGTTTCCTGGATTATTTATAGCTGTGTCCCGATGCACG-CAAATttagggcctg ... aaacaggcccTTAATCTCTGATGATGGACCGTGCTT-TGTTTCCTGAATTAATACATGCC
EST: gi|32940249|gb|CF045068.1|CF045068
EST:     CATGCTTGTTTCCTGGATTATTTATAGCTGTGTCCCGATGCCCAGCAAAT                         TTAATCTCTGATGATGGACCGTGCTTGTGTTTCCTGAATTAATACATGCC
genomic: CATGCTTGTTTCCTGGATTATTTATAGCTGTGTCCCGATGCAC-GCAAATttagggcctg ... aaacaggcccTTAATCTCTGATGATGGACCGTGCTT-TGTTTCCTGAATTAATACATGCC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctcttaggattatttaatccagattatataatctggggggtaaacaaacaggcccTTAATCTCTGATGATGGACCGTGCTTTGTTTCCTGAATTAATACATGCCAACTGTTTAGTTTTGTAGTATGGAATGTGGATTTATTTAAGACAAGTTGTC
           atttaat  putative branch site (score: 4)
        attatttaatccagat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttagattatataatctgggcaaataagctagactgtttgtttgcctcttaggattatttaatccagattatataatctggggggtaaacaaacaggcccTTAATCTCTGATGATGGACCGTGCTTTGTTTCCTGAATTAATACATGCCAACTGTTTAGTTTTGTAGTATGGAATGTGGATTTATTTAAGACAAGTTGTC

- - - - - - - - - -gcaaataa
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