1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...agacaaatataacctttgattgttgaattgttgactgtgtgttgtatcccgcatagcatgatattaaaaattaaaaatggcttgaatcctatgattgcagAGGCTGTCCAAGAAGTGAAGTAACGGCACGGAGGTGCTTGGATCTCTTGAAACCCAAATTGAATAATCTTGAAGAGGACTCATGGGAGGAACTTAATACA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G056849_T01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTGTCTGAGATTGTATGCCACTGCCCGTCCTTGGAGATATTGAGATGTGG AGGCTGTCCAAGAAGTGAAGTAACGGCACGGAGGTGCTTGGATCTCTTGAA
genomic: GTGTCTGAGATTGTATGCCACTGCCCGTCCTTGGAGATATTGAGATGTGGgtacgacttc ... atgattgcagAGGCTGTCCAAGAAGTGAAGTAACGGCACGGAGGTGCTTGGATCTCTTGAA
atcccgcatagcatgatattaaaaattaaaaatggcttgaatcctatgattgcagAGGCTGTCCAAGAAGTGAAGTAACGGCACGGAGGTGCTTGGATCTCTTGAAACCCAAATTGAATAATCTTGAAGAGGACTCATGGGAGGAACTTAATACA
atagcatgatattaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| agacaaatataacctttgattgttgaattgttgactgtgtgttgtatcccgcatagcatgatattaaaaattaaaaatggcttgaatcctatgattgcagAGGCTGTCCAAGAAGTGAAGTAACGGCACGGAGGTGCTTGGATCTCTTGAAACCCAAATTGAATAATCTTGAAGAGGACTCATGGGAGGAACTTAATACA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
agacaaa
- - - - - - - - - -ttgttga
- - - - - - - - - - tgttgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtgttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cccgcat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcatgat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaaatgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgaatcc