1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
gtatgtggtttatttgtcatatatacgctctatttagcttgtaaatttcttggaactatctgattgcctgctatttcaagtagATGGTGGTATCACGACTGTCACAACCGGATATACAAGAAAGAGGGTGGCTTCTTGATGGTTACCCAAGGAGCTTCAGTCAAGCACAACACCTTGAAAATT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G030628_T01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAGAATACATGGACAATGGAAAGCTTGTGCCGGACCAAGTTGTGACAGAT ATGGTGGTATCACGACTGTCACAACCGGATATACAAGAAAGAGGGTGGCTTEST: gi|211468826|gb|FL048935.1|FL048935
genomic: AAGAATACATGGACAATGGAAAGCTTGTGCCGGACCAAGTTGTGACAGATgtatgtggtt ... tttcaagtagATGGTGGTATCACGACTGTCACAACCGGATATACAAGAAAGAGGGTGGCTT
EST: AAGAATACATGGACAATGGAAAGCTTGTGCCGGACCAAGTTGTGACAGAT ATGGTGGTATCACGACTGTCACAACCAGATATACAAGAAAGAGGGTGGCTTEST: gi|211468828|gb|FL048937.1|FL048937
genomic: AAGAATACATGGACAATGGAAAGCTTGTGCCGGACCAAGTTGTGACAGATgtatgtggtt ... tttcaagtagATGGTGGTATCACGACTGTCACAACCGGATATACAAGAAAGAGGGTGGCTT
EST: AAGAATACATGGACAATGGAAAGCTTGTGCCGGACCAAGTTGTGACAGAT ATGGTGGTATCACGACTGTCACAACCAGATATACAAGAAAGAGGGTGGCTTEST: gi|211468823|gb|FL048932.1|FL048932
genomic: AAGAATACATGGACAATGGAAAGCTTGTGCCGGACCAAGTTGTGACAGATgtatgtggtt ... tttcaagtagATGGTGGTATCACGACTGTCACAACCGGATATACAAGAAAGAGGGTGGCTT
EST: AAGAATACATGGACAATGGAAAGCTTGTGCCGGACCAAGTTGTGACAGAT ATGGTGGTATCACGACTGTCACAACCAGATATACAAGAAAGAGGGTGGCTTEST: gi|93014324|gb|EB639844.1|EB639844
genomic: AAGAATACATGGACAATGGAAAGCTTGTGCCGGACCAAGTTGTGACAGATgtatgtggtt ... tttcaagtagATGGTGGTATCACGACTGTCACAACCGGATATACAAGAAAGAGGGTGGCTT
EST: AAGAATACATGGACAATGGAAAGCTTGTGCCGGACCAAGTTGTGACAGAT ATGGTGGTATCACGACTGTCACAACCGGATATACAAGAAAGAGGGTGGCTTEST: gi|211468834|gb|FL048943.1|FL048943
genomic: AAGAATACATGGACAATGGAAAGCTTGTGCCGGACCAAGTTGTGACAGATgtatgtggtt ... tttcaagtagATGGTGGTATCACGACTGTCACAACCGGATATACAAGAAAGAGGGTGGCTT
EST: AAGAATACATGGACAATGGAAAGCTTGTGCCGGACCAAGTTGTGACAGAT ATGGTGGTATCACGACTGTCACAACCAGATATACAAGAAAGAGGGTGGCTTEST: gi|211468829|gb|FL048938.1|FL048938
genomic: AAGAATACATGGACAATGGAAAGCTTGTGCCGGACCAAGTTGTGACAGATgtatgtggtt ... tttcaagtagATGGTGGTATCACGACTGTCACAACCGGATATACAAGAAAGAGGGTGGCTT
EST: AAGAATACATGGACAATGGAAAGCTTGTGCCGGACCAAGTTGTGACAGAT ATGGTGGTATCACGACTGTCACAACCGGATATACAAGAAAGAGGGTGGCTTEST: gi|211468825|gb|FL048934.1|FL048934
genomic: AAGAATACATGGACAATGGAAAGCTTGTGCCGGACCAAGTTGTGACAGATgtatgtggtt ... tttcaagtagATGGTGGTATCACGACTGTCACAACCGGATATACAAGAAAGAGGGTGGCTT
EST: AAGAATACATGGACAATGGAAAGCTTGTGCCGGACCAAGTTGTGACAGAT ATGGTGGTATCACGACTGTCACAACCGGATATACAAGAAAGAGGGTGGCTTEST: gi|76282827|gb|DV022395.1|DV022395
genomic: AAGAATACATGGACAATGGAAAGCTTGTGCCGGACCAAGTTGTGACAGATgtatgtggtt ... tttcaagtagATGGTGGTATCACGACTGTCACAACCGGATATACAAGAAAGAGGGTGGCTT
EST: AAGAATACATGGACAATGGAAAGCTTGTGCCGGACCAAGTTGTGACAGAT ATGGTGGTATCACGACTGTCACAACCGGATATACAAGAAAGAGGGTGGCTTEST: gi|91874212|gb|EB404169.1|EB404169
genomic: AAGAATACATGGACAATGGAAAGCTTGTGCCGGACCAAGTTGTGACAGATgtatgtggtt ... tttcaagtagATGGTGGTATCACGACTGTCACAACCGGATATACAAGAAAGAGGGTGGCTT
EST: AAGAATACATGGACAATGGAAAGCTTGTGCCGGACCAAGTTGTGACAGAT ATGGTGGTATCACGACTGTCACAACCGGATATACAAGAAAGAGGGTGGCTTEST: gi|211471358|gb|FL048948.1|FL048948
genomic: AAGAATACATGGACAATGGAAAGCTTGTGCCGGACCAAGTTGTGACAGATgtatgtggtt ... tttcaagtagATGGTGGTATCACGACTGTCACAACCGGATATACAAGAAAGAGGGTGGCTT
EST: AAGAATACATGGACAATGGAAAGCTTGTGCCGGACCAAGTTGTGACAGAT ATGGTGGTATCACGACTGTCACAACCAGATATACAAGAAAGAGGGTGGCTTEST: gi|211184345|gb|FL140051.1|FL140051
genomic: AAGAATACATGGACAATGGAAAGCTTGTGCCGGACCAAGTTGTGACAGATgtatgtggtt ... tttcaagtagATGGTGGTATCACGACTGTCACAACCGGATATACAAGAAAGAGGGTGGCTT
EST: AAGAATACATGGACAATGGAAAGCTTGTGCCGGACCAAGTTGTGACAGAT ATGGTGGTATCACGACTGTCACAACCGGATATACAAGAAAGAGGGTGGCTTEST: gi|211468836|gb|FL048945.1|FL048945
genomic: AAGAATACATGGACAATGGAAAGCTTGTGCCGGACCAAGTTGTGACAGATgtatgtggtt ... tttcaagtagATGGTGGTATCACGACTGTCACAACCGGATATACAAGAAAGAGGGTGGCTT
EST: AAGAATACATGGACAATGGAAAGCTTGTGCCGGACCAAGTTGTGACAGAT ATGGTGGTATCACGACTGTCACAACCGGATATACAAGAAAGAGGGTGGCTTEST: gi|211471359|gb|FL048949.1|FL048949
genomic: AAGAATACATGGACAATGGAAAGCTTGTGCCGGACCAAGTTGTGACAGATgtatgtggtt ... tttcaagtagATGGTGGTATCACGACTGTCACAACCGGATATACAAGAAAGAGGGTGGCTT
EST: AAGAATACATGGACAATGGAAAGCTTGTGCCGGACCAAGTTGTGACAGAT ATGGTGGTATCACGACTGTCACAACCGGATATACAAGAAAGAGGGTGGCTTEST: gi|211468827|gb|FL048936.1|FL048936
genomic: AAGAATACATGGACAATGGAAAGCTTGTGCCGGACCAAGTTGTGACAGATgtatgtggtt ... tttcaagtagATGGTGGTATCACGACTGTCACAACCGGATATACAAGAAAGAGGGTGGCTT
EST: AAGAATACATGGACAATGGAAAGCTTGTGCCGGACCAAGTTGTGACAGAT ATGGTGGTATCACGACTGTCACAACCGGATATACAAGAAAGAGGGTGGCTTEST: gi|211468824|gb|FL048933.1|FL048933
genomic: AAGAATACATGGACAATGGAAAGCTTGTGCCGGACCAAGTTGTGACAGATgtatgtggtt ... tttcaagtagATGGTGGTATCACGACTGTCACAACCGGATATACAAGAAAGAGGGTGGCTT
EST: AAGAATACATGGACAATGGAAAGCTTGTGCCGGACCAAGTTGTGACAGAT ATGGTGGTATCACGACTGTCACAACCGGATATACAAGAAAGAGGGTGGCTTEST: gi|71301850|gb|DR786994.1|DR786994
genomic: AAGAATACATGGACAATGGAAAGCTTGTGCCGGACCAAGTTGTGACAGATgtatgtggtt ... tttcaagtagATGGTGGTATCACGACTGTCACAACCGGATATACAAGAAAGAGGGTGGCTT
EST: AAGAATACATGGACAATGGAAAGCTTGTGCCGGACCAAGTTGTGACAGAT ATGGTGGTATCACGACTGTCACAACCGGATATACAAGAAAGAGGGTGGCTTEST: gi|211468831|gb|FL048940.1|FL048940
genomic: AAGAATACATGGACAATGGAAAGCTTGTGCCGGACCAAGTTGTGACAGATgtatgtggtt ... tttcaagtagATGGTGGTATCACGACTGTCACAACCGGATATACAAGAAAGAGGGTGGCTT
EST: AAGAATACATGGACAATGGAAAGCTTGTGCCGGACCAAGTTGTGACAGAT ATGGTGGTATCACGACTGTCACAACCAGATATACAAGAAAGAGGGTGGCTT
genomic: AAGAATACATGGACAATGGAAAGCTTGTGCCGGACCAAGTTGTGACAGATgtatgtggtt ... tttcaagtagATGGTGGTATCACGACTGTCACAACCGGATATACAAGAAAGAGGGTGGCTT
tctatttagcttgtaaatttcttggaactatctgattgcctgctatttcaagtagATGGTGGTATCACGACTGTCACAACCGGATATACAAGAAAGAGGGTGGCTTCTTGATGGTTACCCAAGGAGCTTCAGTCAAGCACAACACCTTGAAAATT
atctgat putative branch site (score: 50)
ctatttc putative PPT
ttgtaaattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgtggtttatttgtcatatatacgctctatttagcttgtaaatttcttggaactatctgattgcctgctatttcaagtagATGGTGGTATCACGACTGTCACAACCGGATATACAAGAAAGAGGGTGGCTTCTTGATGGTTACCCAAGGAGCTTCAGTCAAGCACAACACCTTGAAAATT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT